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- PDB-3wpt: Crystal structure of closed dimer of human importin-alpha1 (Rch1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wpt
タイトルCrystal structure of closed dimer of human importin-alpha1 (Rch1)
要素Importin subunit alpha-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Arm repeat / All Alpha protein / Armadillo repeat / Closed dimer / Nuclear transport / importin-beta / NLS-carring proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / regulation of DNA recombination / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / regulation of DNA recombination / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / DNA metabolic process / positive regulation of type I interferon production / ISG15 antiviral mechanism / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / histone deacetylase binding / protein import into nucleus / host cell / nuclear membrane / Estrogen-dependent gene expression / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.629 Å
データ登録者Miyatake, H. / Sanjoh, A. / Matsuda, G. / Tatsumi, Y. / Dohmae, N. / Aida, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of closed dimer of human importin-alpha1 (Rch1)
著者: Miyatake, H.
履歴
登録2014年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: Importin subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,35119
ポリマ－91,5472
非ポリマー1,80417
水3,585199
1
A: Importin subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,94112
ポリマ－45,7731
非ポリマー1,16711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Importin subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4107
ポリマ－45,7731
非ポリマー6376
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.299, 139.299, 141.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Rch1 / Karyopherin subunit alpha-2 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 45773.355 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 75-497 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA2, RCH1, SRP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52292
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 50MM MES, 100MM AMMONIUM SULFATE, 10MM MGCL, 15-20%(w/v) PEG8000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月23日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.629→46.51 Å / Num. obs: 40635 / % possible obs: 96.96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 48.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 31.83
反射 シェル解像度: 2.629→2.723 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 4.86 / Num. unique all: 3701 / Rsym value: 0.391 / % possible all: 90.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JDQ

2jdq


解像度: 2.629→46.505 Å / FOM work R set: 0.8636 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.49 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2001 4.93 %RANDOM
Rwork0.1896 ---
obs0.191 40606 96.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.17 Å2 / Biso mean: 55.14 Å2 / Biso min: 23.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.629→46.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6428 0 119 199 6746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7819015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291087
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0092444
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6292-2.69490.31291120.2922510262289
2.6949-2.76780.27711120.23942616272893
2.7678-2.84920.25421320.2372656278895
2.8492-2.94120.28291400.23072699283996
2.9412-3.04630.25171540.22212675282996
3.0463-3.16820.26381410.21452732287397
3.1682-3.31240.25611490.22372775292498
3.3124-3.48690.23271450.21732753289898
3.4869-3.70530.2351410.19562796293799
3.7053-3.99130.18591570.16372780293798
3.9913-4.39270.19921550.1522831298699
4.3927-5.02760.15341570.148428563013100
5.0276-6.33170.24461580.200628993057100
6.3317-46.51250.18081480.16923029317798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.10970.322-0.71462.9057-0.58692.72330.1261-0.6255-0.35150.3622-0.3663-0.47830.39990.160.18630.5551-0.0704-0.07360.48280.1080.378754.567180.680871.8318
21.93771.16361.98951.2491.74232.74240.0601-0.27330.14020.074-0.08610.0743-0.0296-0.07880.02110.3606-0.00980.03410.3780.07240.387931.022879.166649.5661
31.9985-0.51460.35083.796-0.56471.563-0.08860.1141-0.2555-0.18980.14630.34290.3295-0.2416-0.06460.3745-0.06080.03430.37180.03770.41616.7553.15429.0895
43.17020.0103-0.96621.21220.71411.63660.1011-0.11660.1631-0.0662-0.1018-0.115-0.27170.1668-0.00910.4177-0.0340.04950.32130.10110.353719.545648.38753.5381
53.53991.82520.01592.6239-0.60821.1763-0.0909-0.2367-0.39690.02490.0596-0.03010.0455-0.19780.00630.31180.01270.00630.34390.06570.374449.801654.167649.334
61.46-0.092-0.4643.92651.39621.28530.1148-0.1219-0.04220.09830.0373-0.5326-0.0950.1162-0.14110.32680.0286-0.02040.31910.05620.322266.519583.925850.9601
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 75 THROUGH 175 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 176 THROUGH 362 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 363 THROUGH 496 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 75 THROUGH 202 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 203 THROUGH 348 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 349 THROUGH 497 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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