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万見
- PDB-3whx: Crystal structure of anti-prostaglandin E2 Fab fragment PGE1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3whx
タイトルCrystal structure of anti-prostaglandin E2 Fab fragment PGE1 complex
要素
  • mAb Fab H fragment
  • mAb Fab L fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunogloblin / Anti-Prostaglandin E2 antibody / Prostaglandin E2
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-XPG
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sugahara, M. / Ago, H. / Saino, H. / Miyano, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of anti-Prostaglandin E2 Fab fragment with Prostaglandin E2
著者: Sugahara, M. / Ago, H. / Saino, H. / Miyano, M. / Kurahashi, Y. / Aoyama, S. / Takehira, M. / Yutani, K. / Yamamoto, S.
履歴
登録2013年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mAb Fab H fragment
B: mAb Fab L fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7593
ポリマ－47,4052
非ポリマー3541
水13,565753
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.460, 82.030, 82.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 mAb Fab H fragment


分子量: 23511.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma
#2: 抗体 mAb Fab L fragment


分子量: 23893.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma
#3: 化合物 ChemComp-XPG / 7-[(1R,3R)-3-hydroxy-2-[(1E,3S)-3-hydroxyoct-1-en-1-yl]-5-oxocyclopentyl]heptanoic acid / Prostaglandin E1 / プロスタグランジンE1


分子量: 354.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H34O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: oil-microbatch / pH: 6
詳細: 0.1M bis-tris-HCl, 25%(w/v) PEG3350 , pH 6.0, OIL-MICROBATCH, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月25日
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBL CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.05 Å / Num. obs: 53198 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 7665 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DDQ

2ddq


解像度: 1.7→26.763 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.895 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.27 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: The structure was refined also REFMAC5 and CNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1897 2698 5.08 %RANDOM
Rwork0.1679 ---
obs0.169 53128 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.08 Å2 / Biso mean: 19.3299 Å2 / Biso min: 2.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3241 0 25 753 4019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9764733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1631218
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.76080.23662760.202349655241
1.7608-1.83130.21362580.182749695227
1.8313-1.91460.19452560.178150005256
1.9146-2.01550.19522620.176149955257
2.0155-2.14170.19572810.168749865267
2.1417-2.3070.20572380.172250445282
2.307-2.5390.18912810.17350095290
2.539-2.9060.20293040.175450435347
2.906-3.65980.17512620.160651125374
3.6598-26.76660.17042800.152753075587

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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