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万見
- PDB-3wfp: tRNA processing enzyme (apo form 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wfp
タイトルtRNA processing enzyme (apo form 2)
要素Poly A polymerase
キーワードTRANSFERASE / Terminal Nucleotide Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


CTP:tRNA cytidylyltransferase activity / tRNA processing / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / tRNA binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase, RNA and SrmB- binding domain / Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A / HDIG domain / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CC-adding tRNA nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.005 Å
データ登録者Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Translocation and rotation of tRNA during template-independent RNA polymerization by tRNA nucleotidyltransferase
著者: Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly A polymerase
B: Poly A polymerase
C: Poly A polymerase
D: Poly A polymerase
E: Poly A polymerase
F: Poly A polymerase
G: Poly A polymerase
H: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)447,39816
ポリマ－446,6298
非ポリマー7698
水00
1
A: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9252
ポリマ－55,8291
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9252
ポリマ－55,8291
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9252
ポリマ－55,8291
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9252
ポリマ－55,8291
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9252
ポリマ－55,8291
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9252
ポリマ－55,8291
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9252
ポリマ－55,8291
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9252
ポリマ－55,8291
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
A: Poly A polymerase
B: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8494
ポリマ－111,6572
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area41710 Å2
手法PISA
10
C: Poly A polymerase
D: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8494
ポリマ－111,6572
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area36640 Å2
手法PISA
11
E: Poly A polymerase
F: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8494
ポリマ－111,6572
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area35460 Å2
手法PISA
12
G: Poly A polymerase
H: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8494
ポリマ－111,6572
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area35250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.910, 138.360, 147.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Poly A polymerase


分子量: 55828.664 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア), (組換発現) synthetic construct (人工物)
株: VF5 / 遺伝子: pcnB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67911, CCA tRNA nucleotidyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
配列の詳細THE AUTHORS CRYSTALLIZED THE FRAGMENT PROTEIN, RESIDUES 16-512 FOR ALL CHAINS. THE AUTHORS KNOW THE ...THE AUTHORS CRYSTALLIZED THE FRAGMENT PROTEIN, RESIDUES 16-512 FOR ALL CHAINS. THE AUTHORS KNOW THE COMPLETE SEQUENCE. THE SEQUENCE OF RESIDUES 451-512 (THE UNK PART) IS AS FOLLOWS. (451)IQKPLLNGDEIMEILGIKPGKIVGILKKALLEAQIDGKVETKEEAIEFIKRSTKNLKPLDEG(512) THE AUTHORS COULD OBSERVE A PART OF C-TERMINAL RESIDUES 451-512 OF ONLY CHAIN A AND B. BUT THEY ARE NOT SURE WHICH PART CORRESPONDS WITH THESE OBSERVED RESIDUES. SO THE RESIDUE NUMBERS OF UNK ARE MEANINGLESS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器日付: 2010年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→20 Å / Num. obs: 34980 / Biso Wilson estimate: 68.62 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WFO

3wfo


解像度: 4.005→19.969 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7558 / SU ML: 0.74 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 31.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3139 1732 5 %
Rwork0.2575 --
obs0.2604 34646 86.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 317.23 Å2 / Biso mean: 142.6656 Å2 / Biso min: 45.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.005→19.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27524 0 40 0 27564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00328124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78137898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0344158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.04910564
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.0051-4.12190.4865190.356936638512
4.1219-4.25370.4213630.31751198126138
4.2537-4.40420.31261390.29692880301991
4.4042-4.57850.37471600.300231613321100
4.5785-4.78410.35051750.285431383313100
4.7841-5.03260.37441590.249331533312100
5.0326-5.34220.30251820.248531673349100
5.3422-5.74550.27881560.254831453301100
5.7455-6.30710.33161850.26131573342100
6.3071-7.18240.32381430.270131893332100
7.1824-8.91310.2821730.23231673340100
8.9131-19.96930.23751780.2013193337199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.69760.64741.60272.3051-1.46018.64320.2456-0.3795-0.01050.3416-0.03080.2891-0.5209-0.4358-0.20050.7088-0.05770.02530.5013-0.07290.655114.5673-12.2242147.0916
23.15120.88462.10171.7662.96937.6723-0.26940.1553-0.0618-0.25420.2931-0.3422-0.19861.4423-0.04320.8018-0.04160.10020.92690.16650.682242.1703-10.7108126.3367
37.09161.38011.82831.6777-0.09053.74590.1121-0.37790.3081-0.36480.17640.56-0.0838-0.9248-0.23130.96050.1255-0.09231.18030.20640.7752-17.6542-5.144352.7486
45.5936-0.8503-0.19052.0796-1.20356.4748-0.27630.0870.40240.27280.28720.07780.1036-0.2577-0.00450.9106-0.029-0.26821.1373-0.00280.63630.5483-6.330682.1745
52.9492-0.9335-0.31282.44671.11394.64130.2840.13271.04220.02830.03020.3764-1.8025-0.703-0.25261.28740.08970.28990.6321-0.00831.53699.3745-46.6219110.978
62.66350.41262.45582.36242.25126.74290.13860.72-0.0491-0.25480.0912-0.28890.21091.3656-0.26520.86580.15610.30710.7999-0.00950.804633.2751-70.2681104.3517
72.6511.07830.10790.85010.58764.9990.20950.040.11130.23470.2125-0.2532-1.4634-0.3728-0.43121.65640.10030.46790.76850.40472.022-21.2022-45.442166.3195
81.67771.04460.48333.7115-2.93713.55850.02880.1060.09340.65840.64731.1607-0.4415-1.4224-0.68711.1210.04680.47491.7488-0.01311.4193-50.3917-63.6724169.1151
90.44810.7015-0.61681.2921-1.09150.94060.01280.43740.3482-0.39130.38621.4898-1.1408-0.6279-0.18132.27150.0652-1.0438-0.006-0.02281.9202-2.959919.233114.5972
101.17511.8631-0.35342.8716-0.57320.119-0.1393-0.8529-0.48831.18480.054-0.3376-0.4175-0.60750.08791.0530.0045-0.62282.98720.0270.81454.670824.7429159.3679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 17:450)A17 - 450
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESSEQ 17:450)B17 - 450
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND (RESSEQ 17:448)C17 - 448
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND (RESSEQ 17:448)D17 - 448
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E AND (RESSEQ 17:448)E17 - 448
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F AND (RESSEQ 17:448)F17 - 448
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G AND (RESSEQ 17:448)G17 - 448
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H AND (RESSEQ 17:448)H17 - 448
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 461:501)A - I461 - 501
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 461:504)B - J461 - 504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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