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- PDB-3vol: X-ray Crystal Structure of PAS-HAMP Aer2 in the CN-bound Form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vol
タイトルX-ray Crystal Structure of PAS-HAMP Aer2 in the CN-bound Form
要素Aerotaxis transducer Aer2
キーワードSIGNALING PROTEIN / heme / oxygen sensor protein / PAS / HAMP / cyanomet / CN-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


positive aerotaxis / aerotaxis / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAMP N-terminal domain 3 / : / : / HAMP N-terminal domain 3 / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, second HAMP domain / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, first HAMP domain / HAMP domain / PAS domain / : / Chemotaxis methyl-accepting receptor ...HAMP N-terminal domain 3 / : / : / HAMP N-terminal domain 3 / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, second HAMP domain / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB, first HAMP domain / HAMP domain / PAS domain / : / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Methyl-accepting chemotaxis protein McpB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Sawai, H. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Aono, S.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2012
タイトル: Structural basis for oxygen sensing and signal transduction of the heme-based sensor protein Aer2 from Pseudomonas aeruginosa
著者: Sawai, H. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Ishikawa, H. / Mizutani, Y. / Aono, S.
履歴
登録2012年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4423
ポリマ－25,8001
非ポリマー6432
水19811
1
A: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子

A: Aerotaxis transducer Aer2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8856
ポリマ－51,6002
非ポリマー1,2854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+7/61
Buried area2770 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.020, 83.020, 107.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Aerotaxis transducer Aer2


分子量: 25799.926 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 173-384 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO-1 / 遺伝子: aer2, PA0176 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I6V6
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M Trizma/HCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月23日
回折測定詳細: 1.00 degrees, 2.6 sec, detector distance 200.00 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.048 / 数: 196341
反射解像度: 2.399→50 Å / Num. obs: 9116 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.5 % / Biso Wilson estimate: 67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 66.58
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 5.723 / Rsym value: 0.569 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 196341

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.79 Å43.12 Å
Translation2.79 Å43.12 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 9083
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.65-100390.841503
5.18-6.6544.50.851502
4.49-5.1833.10.891501
4.06-4.4928.40.881510
3.75-4.0632.50.859503
3.52-3.7535.70.836512
3.33-3.5236.60.828504
3.18-3.3345.10.741512
3.05-3.1845.50.705507
2.94-3.0549.10.635504
2.84-2.9462.30.478504
2.76-2.8470.90.407515
2.68-2.7680.80.282501
2.61-2.6887.90.106503
2.55-2.6189.60.145506
2.5-2.5595.4507
2.4-2.589.10.192989

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
直接法6.1位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 2.399→29.904 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.751 / SU ML: 0.42 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2677 433 4.77 %
Rwork0.2233 8640 -
obs0.2253 9073 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.182 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 137.04 Å2 / Biso mean: 64.8455 Å2 / Biso min: 29.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9285 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.9285 Å20 Å2
3----1.8571 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.399→29.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1067 0 45 11 1123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0081543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.482409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.119163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.3995-2.74650.39141570.34812776
2.7465-3.45950.28571260.24552857
3.4595-29.90610.23911500.19663007
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7130.2072-0.15180.2458-0.04370.1567-0.00660.1451-0.406-0.00930.0411-0.2654-0.0270.1263-0.0030.4173-0.1438-0.05360.6987-0.02240.73536.380812.265562.086
20.62870.4570.05570.6211-0.29180.713-0.92930.004-0.1977-1.18560.01551.0532-0.3580.11680.1770.6174-0.0759-0.57340.2754-0.13290.469811.824522.878451.8577
30.0263-0.0664-0.06280.3909-0.19940.39350.03030.1297-0.0248-0.7095-0.07620.3096-0.13950.17120.00330.9158-0.3513-0.5085-0.0294-0.4706-0.255419.846820.909345.0215
41.34830.6146-0.12320.90180.66940.80160.0615-0.1642-0.2333-0.3218-0.1485-0.066-0.04080.05430.04090.3252-0.0263-0.15110.27080.0460.369621.768321.649559.6333
50.3941-0.3575-0.11230.40680.3040.65870.31970.15320.1347-0.1440.1396-0.36490.2690.1242-0.27280.5454-0.0222-0.05640.377-0.02920.517326.578648.099356.6254
60.0017-0.0066-0.00080.00020.00250.00130.0046-0.0946-0.00160.00710.0254-0.0227-0.08770.072-00.3547-0.0243-0.00750.447-0.03350.38623.431623.712753.1367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 169:179)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 180:215)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 216:236)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 237:286)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 287:306)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 401:401)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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