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- PDB-6vji: Structure of mammalian NEIL2 from Monodelphis domestica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vji
タイトルStructure of mammalian NEIL2 from Monodelphis domestica
要素Nei like DNA glycosylase 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NEIL2 / base excision repair
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / mitotic spindle / microtubule binding / damaged DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Ribosomal protein S13-like, H2TH
類似検索 - ドメイン・相同性
Endonuclease 8-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 多重同系置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Eckenroth, B.E. / Doublie, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA098993 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA233185 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Unique Structural Features of Mammalian NEIL2 DNA Glycosylase Prime Its Activity for Diverse DNA Substrates and Environments.
著者: Eckenroth, B.E. / Cao, V.B. / Averill, A.M. / Dragon, J.A. / Doublie, S.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nei like DNA glycosylase 2
B: Nei like DNA glycosylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9984
ポリマ－78,8672
非ポリマー1312
水1086
1
A: Nei like DNA glycosylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4992
ポリマ－39,4341
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nei like DNA glycosylase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4992
ポリマ－39,4341
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.887, 67.887, 149.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 38 or resid 40...
21(chain B and (resid 5 through 38 or resid 40...
12(chain A and (resid 188 through 201 or (resid 202...
22(chain B and (resid 188 through 193 or (resid 194...
13(chain A and (resid 206 through 210 or (resid 211...
23(chain B and (resid 206 through 260 or (resid 261...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROGLUGLU(chain A and (resid 5 through 38 or resid 40...AA5 - 385 - 38
121LEULEUPROPRO(chain A and (resid 5 through 38 or resid 40...AA40 - 6540 - 65
131GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 5 through 38 or resid 40...AA6666
141PROPROZNZN(chain A and (resid 5 through 38 or resid 40...AA - C5 - 4015
151PROPROZNZN(chain A and (resid 5 through 38 or resid 40...AA - C5 - 4015
161PROPROZNZN(chain A and (resid 5 through 38 or resid 40...AA - C5 - 4015
171PROPROZNZN(chain A and (resid 5 through 38 or resid 40...AA - C5 - 4015
211PROPROGLUGLU(chain B and (resid 5 through 38 or resid 40...BB5 - 385 - 38
221LEULEUPHEPHE(chain B and (resid 5 through 38 or resid 40...BB40 - 6840 - 68
231LEULEULEULEU(chain B and (resid 5 through 38 or resid 40...BB6969
241PROPROZNZN(chain B and (resid 5 through 38 or resid 40...BB - D5 - 4015
251PROPROZNZN(chain B and (resid 5 through 38 or resid 40...BB - D5 - 4015
261PROPROZNZN(chain B and (resid 5 through 38 or resid 40...BB - D5 - 4015
271PROPROZNZN(chain B and (resid 5 through 38 or resid 40...BB - D5 - 4015
112CYSCYSSERSER(chain A and (resid 188 through 201 or (resid 202...AA188 - 201188 - 201
122GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 188 through 201 or (resid 202...AA202 - 203202 - 203
132PROPROZNZN(chain A and (resid 188 through 201 or (resid 202...AA - C5 - 4015
142PROPROZNZN(chain A and (resid 188 through 201 or (resid 202...AA - C5 - 4015
152PROPROZNZN(chain A and (resid 188 through 201 or (resid 202...AA - C5 - 4015
162PROPROZNZN(chain A and (resid 188 through 201 or (resid 202...AA - C5 - 4015
212CYSCYSVALVAL(chain B and (resid 188 through 193 or (resid 194...BB188 - 193188 - 193
222LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 188 through 193 or (resid 194...BB194194
232PROPROZNZN(chain B and (resid 188 through 193 or (resid 194...BB - D5 - 4015
242PROPROZNZN(chain B and (resid 188 through 193 or (resid 194...BB - D5 - 4015
252PROPROZNZN(chain B and (resid 188 through 193 or (resid 194...BB - D5 - 4015
262PROPROZNZN(chain B and (resid 188 through 193 or (resid 194...BB - D5 - 4015
113ARGARGLEULEU(chain A and (resid 206 through 210 or (resid 211...AA206 - 210206 - 210
123GLUGLUALAALA(chain A and (resid 206 through 210 or (resid 211...AA211 - 212211 - 212
133PROPROZNZN(chain A and (resid 206 through 210 or (resid 211...AA - C5 - 4015
143PROPROZNZN(chain A and (resid 206 through 210 or (resid 211...AA - C5 - 4015
153PROPROZNZN(chain A and (resid 206 through 210 or (resid 211...AA - C5 - 4015
163PROPROZNZN(chain A and (resid 206 through 210 or (resid 211...AA - C5 - 4015
213ARGARGLEULEU(chain B and (resid 206 through 260 or (resid 261...BB206 - 260206 - 260
223GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 206 through 260 or (resid 261...BB261261
233PROPROZNZN(chain B and (resid 206 through 260 or (resid 261...BB - D5 - 4015
243PROPROZNZN(chain B and (resid 206 through 260 or (resid 261...BB - D5 - 4015
253PROPROZNZN(chain B and (resid 206 through 260 or (resid 261...BB - D5 - 4015
263PROPROZNZN(chain B and (resid 206 through 260 or (resid 261...BB - D5 - 4015

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Nei like DNA glycosylase 2


分子量: 39433.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム)
遺伝子: NEIL2 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F7AMK3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40 mM hepes pH 7.5, 50 mM sodium succinate, 1% propylene glycol, 1 mM TCEP, 14% PEG 3350 and cryoprotected with increase to 20% PEG 3350 and 30% glucose

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
31001N
41001N
61001N
21001N
51001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-B11.281
シンクロトロンAPS 23-ID-B31.771
シンクロトロンAPS 23-ID-B40.9794
シンクロトロンAPS 23-ID-D60.979
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.039
シンクロトロンAPS 23-ID-D51.033
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2014年7月3日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD3CCD2015年2月11日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD4CCD2015年10月16日mirrors
DECTRIS PILATUS3 6M6PIXEL2016年6月30日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2015年2月11日mirrors
DECTRIS PILATUS3 6M5PIXEL2016年6月30日mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
6SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray5
5SINGLE WAVELENGTHMx-ray6
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2811
21.7711
30.97941
40.9791
51.0391
61.0331
反射解像度: 2.539→59.154 Å / Num. obs: 50608 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 4

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.54-2.6893.3940.937150.4681.2133.76199.9
8.03-37.9611.10.069568170.9960.0220.07299.3

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
XDS2017-05-29データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.54→37.96 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 34.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2749 4926 9.73 %
Rwork0.2503 45682 -
obs0.2527 50608 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.16 Å2 / Biso mean: 98.1896 Å2 / Biso min: 49.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→37.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3797 0 2 6 3805
Biso mean--121.37 84.16 -
残基数----508
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A965X-RAY DIFFRACTION9.034TORSIONAL
12B965X-RAY DIFFRACTION9.034TORSIONAL
21A150X-RAY DIFFRACTION9.034TORSIONAL
22B150X-RAY DIFFRACTION9.034TORSIONAL
31A976X-RAY DIFFRACTION9.034TORSIONAL
32B976X-RAY DIFFRACTION9.034TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5404-2.58420.38731640.3766230399
2.5842-2.63120.34712880.37642329100
2.6312-2.68180.45391880.38812338100
2.6818-2.73650.37822720.3782236100
2.7365-2.7960.39932440.36712276100
2.796-2.8610.33582280.36812293100
2.861-2.93250.40282560.34852292100
2.9325-3.01180.37722560.35962260100
3.0118-3.10040.37293310.33352230100
3.1004-3.20040.32292600.31372217100
3.2004-3.31470.29842520.30592264100
3.3147-3.44730.37793000.29322290100
3.4473-3.60410.31332800.2892256100
3.6041-3.7940.34551860.25362358100
3.794-4.03140.26321760.25052339100
4.0314-4.34230.21392320.22172262100
4.3423-4.77850.26882520.19792320100
4.7785-5.46820.22992160.21212296100
5.4682-6.88270.27242960.24232248100
6.8827-37.960.19822490.19682275100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4587-0.75852.68951.1734-2.17193.9758-0.52390.0130.1969-0.0207-0.0247-0.0647-0.32660.0102-00.80250.0163-0.06890.4714-0.00380.6565-24.427873.854276.3324
20.47861.62463.4340.8074-0.45051.026-0.02610.1932-0.08510.1904-0.3504-0.0251-0.83640.7859-00.84810.04450.05180.61130.07180.7696-21.984370.529877.6199
31.62330.95481.32012.1610.8150.7666-0.36660.26130.3907-0.3299-0.03910.0145-0.07690.900500.73650.0092-0.02470.5540.11050.5836-25.057175.618563.5618
41.03560.22291.95593.1892-0.59991.3130.39860.91540.1312-0.3479-0.7865-0.07190.16151.0258-00.74490.39590.16060.98510.09260.5621-7.795651.793378.2214
50.349-0.28610.68250.0787-2.2945-0.1652-0.05280.2525-0.0135-0.28210.00980.397-0.03480.382301.41940.35630.12440.7695-0.06581.1174-14.346239.91784.7469
61.8982-0.7091.34351.2396-2.84544.2499-0.2019-0.3447-0.0163-0.1223-0.3062-0.01080.11070.3614-00.51260.11540.03720.67290.07190.6112-16.063759.2979103.9713
70.0449-0.0714-0.1983-0.087-0.25810.22170.95620.8176-0.361.8977-0.0223-1.1305-0.5628-0.303700.9040.1667-0.01310.676-0.01380.9351-26.988359.910186.7387
80.68551.1267-0.22951.16010.16730.5602-0.0123-0.2115-0.1792-0.1017-0.3209-0.5267-0.66641.2718-00.61810.0008-0.1240.96330.13520.7866-12.674761.346117.7172
91.3257-0.6292-0.8992-0.1466-0.22680.58950.0726-0.0588-0.13220.1608-0.4287-0.2126-0.70930.2385-00.61450.1270.00120.58190.06240.5333-16.46959.3857111.4967
102.7181-0.5588-0.85660.0766-1.223-3.7257-0.32940.2854-0.11221.6435-0.599-0.2803-2.06111.8261-01.64560.2349-0.14910.057-0.1120.5312-26.705284.8185101.929
111.67810.72231.65690.7375-2.02961.0477-0.27620.1731-0.30730.20570.28160.3726-0.21990.2891-01.32580.43890.15370.7271-0.03641.0649-40.729384.786895.6493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 63 )A5 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 64 through 147 )A64 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 148 through 187 )A148 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 188 through 279 )A188 - 279
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 280 through 326 )A280 - 326
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 63 )B5 - 63
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 64 through 132 )B64 - 132
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 133 through 168 )B133 - 168
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 169 through 188 )B169 - 188
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 189 through 279 )B189 - 279
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 280 through 325 )B280 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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