PDB-5umu: Crystal structure of the middle double PH domain of human FACT co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5umu

タイトル

Crystal structure of the middle double PH domain of human FACT complex subunit SPT16

要素

FACT complex subunit SPT16

キーワード

TRANSCRIPTION / Histone Chaperone / human FACT / PH domain

機能・相同性

機能・相同性情報

FACT complex / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / nucleosome disassembly / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.903 Å

データ登録者

Hu, Q. / Thompson, J.R. / Heroux, A. / Su, D. / Botuyan, M.V. / Mer, G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA132878	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM116829	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the middle double PH domain of human FACT complex subunit SPT16
著者: Hu, Q. / Su, D. / Thompson, J.R. / Botuyan, M.V. / Mer, G.

履歴

登録	2017年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5umu.cif.gz	339.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5umu.ent.gz	284.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5umu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5umu_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5umu_full_validation.pdf.gz	465.1 KB	表示
XML形式データ	5umu_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	5umu_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5umu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5umu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5umr 5ums 5umt
類似構造データ	4llo-4 4llo-2 4llo-1 5jcp-1 3h6s-3 6iyb-1 3dkg-d 3r5s-d 3rd6-2 3q7q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (11) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (11)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FACT complex subunit SPT16

B: FACT complex subunit SPT16

ヘテロ分子

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FACT complex subunit SPT16

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FACT complex subunit SPT16

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.221, 99.819, 120.314
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	FACT complex subunit SPT16 / Chromatin-specific transcription elongation factor 140 kDa subunit / FACT 140 kDa subunit / ...Chromatin-specific transcription elongation factor 140 kDa subunit / FACT 140 kDa subunit / FACTp140 / Facilitates chromatin transcription complex subunit SPT16 / hSPT16 分子量: 33305.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT16H, FACT140, FACTP140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5B9
#2: 化合物	... ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2% Tacsimate pH 5.0, 100 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 10-20% Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 91465 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.613 / Num. unique obs: 4677 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.903→46.1 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.85 / 位相誤差: 16.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1911	3785	4.14 %
R_work	0.1567	-	-
obs	0.1581	91458	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.903→46.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4231	0	95	469	4795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4510
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.688	6055
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.06	2703
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	659
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	776

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9033-1.9274	0.2211	137	0.2311	3159	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9274-1.9528	0.2408	136	0.2003	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9528-1.9795	0.2022	143	0.2001	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9795-2.0078	0.2479	141	0.1845	3295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0078-2.0378	0.2171	142	0.1858	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0378-2.0696	0.1854	132	0.1788	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0696-2.1036	0.1984	140	0.1749	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1036-2.1398	0.2283	137	0.1641	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1398-2.1788	0.1992	143	0.1597	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1788-2.2207	0.1769	136	0.1571	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2207-2.266	0.1584	145	0.1525	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.266-2.3153	0.2154	142	0.1509	3242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3153-2.3691	0.1811	140	0.1492	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3691-2.4284	0.2175	143	0.1595	3219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4284-2.494	0.2131	140	0.1518	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.5674	0.2207	141	0.154	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5674-2.6503	0.1878	143	0.1488	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6503-2.745	0.1561	141	0.1532	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.745-2.8549	0.2225	139	0.1525	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8549-2.9848	0.1518	144	0.1524	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9848-3.1421	0.2077	138	0.154	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1421-3.3389	0.2039	138	0.1492	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3389-3.5966	0.2025	139	0.1467	3211	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5966-3.9584	0.1827	142	0.1367	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9584-4.5307	0.151	142	0.1219	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5307-5.7065	0.1441	139	0.1387	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7065-46.1139	0.2248	142	0.205	3245	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8287	0.0846	-0.1395	3.1761	0.516	1.9863	-0.0178	0.1579	-0.2492	0.0486	0.0341	0.0369	0.3575	-0.0624	-0.0265	0.1965	-0.0346	0.0638	0.1177	-0.0108	0.1499	23.4266	34.7917	70.1121
2	1.917	-1.4746	-0.6914	5.0809	1.8439	3.6902	-0.0731	-0.0133	-0.0535	-0.013	0.1236	-0.3963	0.2879	0.1215	-0.0725	0.1399	-0.0289	0.0718	0.1023	0.0154	0.1963	25.9909	46.3697	76.1123
3	4.8126	-0.1077	-1.3614	2.4789	0.2802	3.6111	-0.061	0.1072	0.2181	-0.0821	-0.04	0.2292	-0.0929	-0.6272	0.0985	0.089	0.0206	-0.0154	0.1742	-0.0057	0.1274	7.5758	64.1885	84.0399
4	1.7497	-0.6722	-0.154	2.2877	0.4293	2.3348	-0.1376	-0.2132	-0.1957	0.4865	0.0838	0.341	0.5376	-0.0613	0.0469	0.3378	-0.0109	0.1032	0.1334	-0.0089	0.1764	28.3217	33.9625	117.3801
5	1.9915	-0.0013	-0.2052	5.7274	-1.0312	4.2304	0.029	-0.0069	-0.1067	0.0962	0.0505	0.7943	0.2563	-0.2829	-0.0128	0.0857	-0.0204	0.0623	0.118	-0.0485	0.2615	25.3803	44.775	109.2666
6	3.6012	-0.6327	-0.7275	1.8382	-0.0172	4.0816	0.0616	0.1295	0.2784	-0.0169	-0.0642	-0.2516	-0.1611	0.6196	0.0453	0.0957	-0.0382	-0.006	0.1555	0.0038	0.1413	42.739	63.7976	102.504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 649 through 710 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 711 through 832 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 833 through 926 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 649 through 710 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 711 through 832 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 833 through 926 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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