PDB-3v4u: Structure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v4u

タイトル

Structure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen

要素

ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 H CHAIN
ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 L CHAIN
H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Ig-fold / 3-10 helix

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / immune response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Margulies, D.H. / Mage, M.G. / Wang, R. / Natarajan, K.

引用

ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: The Peptide-receptive transition state of MHC class I molecules: insight from structure and molecular dynamics.
著者: Mage, M.G. / Dolan, M.A. / Wang, R. / Boyd, L.F. / Revilleza, M.J. / Robinson, H. / Natarajan, K. / Myers, N.B. / Hansen, T.H. / Margulies, D.H.

履歴

登録	2011年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v4u.cif.gz	189.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v4u.ent.gz	151 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v4u_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v4u_full_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示
XML形式データ	3v4u_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	3v4u_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/3v4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/3v4u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uo1C 3uyrC 3v52C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p9i-1 1rzg-1 1ru9-d 4ncc-2 5dlm-1 3clf-d 4kkc-2 2ai0-2 4onf-d 3ejy-3 4kkl-2 6ug9-2 5ywf-1 6co3-d 5vh3-1 4wht-5 6wos-d 6mee-1 6d0x-d 5x5x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

H: ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 H CHAIN

L: ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 L CHAIN

P: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

48.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.140, 40.643, 59.069
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.07, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 H CHAIN 分子量: 23163.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: タンパク質	ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 L CHAIN 分子量: 23967.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain 分子量: 1115.213 Da / 分子数: 1 / Fragment: H-2L(d) PEPTIDE SEGMENT 46-54 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01897
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M LiSO4, 0.1M Tris, 30%(w/v)PEG 3000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→41.67 Å / Num. all: 56165 / Num. obs: 55324 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 29 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 28.1
反射シェル	解像度: 1.68→1.72 Å / % possible all: 88.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→41.67 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2505	2734	5.08 %
R_work	0.2128	-	-
obs	0.2146	53846	95.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.34 Å² / k_sol: 0.324 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1695 Å²	-0 Å²	3.7943 Å²
2-	-	3.4375 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.6071 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→41.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3376	0	0	355	3731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3577
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.208	4713
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.78	1233
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	600

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.6667	0.3954	107	0.369	1991	X-RAY DIFFRACTION	75
1.6667-1.697	0.4207	147	0.3599	2356	X-RAY DIFFRACTION	88
1.697-1.7297	0.3764	113	0.3223	2349	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7297-1.765	0.3854	133	0.3383	2498	X-RAY DIFFRACTION	93
1.765-1.8034	0.3258	135	0.3221	2421	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8034-1.8453	0.3151	116	0.3112	2531	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8453-1.8915	0.3621	144	0.2922	2508	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8915-1.9426	0.2834	143	0.2808	2548	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9426-1.9998	0.2978	142	0.2487	2560	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9998-2.0643	0.3223	120	0.2693	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0643-2.1381	0.2673	122	0.2502	2671	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1381-2.2237	0.3085	141	0.2422	2606	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2237-2.3249	0.2838	148	0.2363	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3249-2.4474	0.2642	160	0.2429	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4474-2.6008	0.3129	156	0.233	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6008-2.8015	0.2686	155	0.2182	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8015-3.0834	0.2399	133	0.2203	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0834-3.5293	0.2462	147	0.2006	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5293-4.4458	0.2144	135	0.1668	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4458-41.6875	0.1639	137	0.1621	2812	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2424	-0.3451	-0.132	0.5269	0.1029	0.437	-0.0538	0.0574	-0.3087	0.0114	0.0854	-0.0258	-0.0976	-0.1485	-0.036	0.2706	0.0576	-0.0477	0.1813	-0.1294	0.4667	11.2791	-0.8298	18.1985
2	0.174	-0.4823	-0.1636	1.42	0.5363	0.2164	0.1133	-0.0163	-0.678	-0.2351	-0.1314	0.4092	0.0873	-0.0687	-0.0306	0.1676	-0.0425	-0.0208	0.1893	0.092	0.4891	16.7118	-8.429	24.2622
3	1.0538	-0.6026	0.5182	0.5572	0.2476	1.641	-0.1066	-0.4235	-0.1846	0.0384	0.0132	0.0133	-0.3703	-0.3514	0.0156	0.2476	0.029	0.0531	0.2808	0.0523	0.2889	18.1005	-2.0927	28.8497
4	0.482	-0.2911	-0.1212	0.4404	-0.1007	0.1093	-0.0821	0.2724	0.2173	0.1009	-0.1432	-0.2976	-0.2349	0.0687	-0.057	0.1999	0.0152	0.0201	0.1987	0.0404	0.2674	15.9505	2.6526	6.324
5	0.3568	0.0907	-0.2025	0.3224	0.426	0.7911	0.0351	0.4198	0.1688	0.0546	-0.0563	0.0874	0.1016	-0.1239	-0.0043	0.201	0.0495	0.0237	0.4537	0.0803	0.2476	11.4537	0.5155	-6.0169
6	1.1548	-0.0865	0.0483	0.6844	-0.4089	0.4158	0.1138	0.332	0.0261	0.1473	-0.142	-0.0112	-0.1539	0.131	-0.0202	0.2199	0.0546	-0.0165	0.1935	0.008	0.2047	41.5064	-4.7703	18.5422
7	0.8449	-0.1341	0.3585	0.3744	-0.4682	0.2363	0.2138	0.5332	-0.0603	0.1456	-0.1069	-0.0731	0.1425	0.2671	0.0195	0.1312	0.102	-0.0081	0.307	-0.0549	0.1773	32.4018	-6.0956	8.32
8	0.0767	0.1363	0.0572	0.3757	0.358	0.7126	-0.0492	0.2945	0.074	-0.0696	0.2659	-0.2275	-0.1136	0.8639	0.4377	0.2034	-0.1019	0.0314	0.7373	0.137	0.0615	24.413	12.2279	-12.7838
9	0.5057	0.2351	0.3654	0.3397	0.2402	0.5338	0.1056	-0.1065	-0.1371	0.0623	0.0322	0.006	0.1848	-0.0787	-0.1372	0.4472	0.0849	0.0631	0.3496	0.1497	0.3416	29.3022	-9.9517	34.9157

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resseq 1:17)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resseq 18:40)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resseq 41:83)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resseq 84:149)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resseq 150:216)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resseq 1:37)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resseq 38:132)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resseq 133:218)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'P'

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)