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万見
- PDB-3v0v: Fab WN1 222-5 unliganded -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v0v
タイトルFab WN1 222-5 unliganded
要素
  • WN1 222-5 Fab (IgG2a) heavy chain
  • WN1 222-5 Fab (IgG2a) light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Beta sheets / Antibody / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Gomery, K. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Antibody WN1 222-5 mimics Toll-like receptor 4 binding in the recognition of LPS.
著者: Gomery, K. / Muller-Loennies, S. / Brooks, C.L. / Brade, L. / Kosma, P. / Di Padova, F. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2011年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: WN1 222-5 Fab (IgG2a) light chain
H: WN1 222-5 Fab (IgG2a) heavy chain
B: WN1 222-5 Fab (IgG2a) light chain
A: WN1 222-5 Fab (IgG2a) heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6164
ポリマ－93,6164
非ポリマー00
水9,062503
1
L: WN1 222-5 Fab (IgG2a) light chain
H: WN1 222-5 Fab (IgG2a) heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8082
ポリマ－46,8082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
2
B: WN1 222-5 Fab (IgG2a) light chain
A: WN1 222-5 Fab (IgG2a) heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8082
ポリマ－46,8082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.886, 48.201, 140.131
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 WN1 222-5 Fab (IgG2a) light chain


分子量: 23281.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: NZB
#2: 抗体 WN1 222-5 Fab (IgG2a) heavy chain


分子量: 23526.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: NZB
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: HEPES, PEG 3350, Propanol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月29日 / 詳細: Osmic blue mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→19.985 Å / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.18 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 13.1 / Scaling rejects: 545
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.83.120.223.962711999185
2.8-2.913.090.1645.2632520291.0183.9
2.91-3.043.020.1356.6632520761.0686.4
3.04-3.23.010.1087.8650621430.9790.2
3.2-3.42.990.0859.5686022840.8694
3.4-3.663.050.06712.6720223560.8597.9
3.66-4.033.230.06414.3783824130.8699
4.03-4.63.370.05318.3813923930.8999.4
4.6-5.773.450.05120.8844524300.9699.4
5.77-19.893.390.04423.9870725371.0499.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
d*TREK9.7 W8RSSIデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YEF

1yef


解像度: 2.13→19.985 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.97 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2843 2257 5.12 %
Rwork0.2378 --
obs0.2402 44060 92.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.885 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 88.24 Å2 / Biso mean: 41.725 Å2 / Biso min: 22.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2044 Å2-0 Å20.4131 Å2
2---4.4839 Å20 Å2
3---0.2795 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→19.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6519 0 0 503 7022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.733

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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