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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uas | ||||||
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タイトル | Cytochrome P450 2B4 covalently bound to the mechanism-based inactivator 9-ethynylphenanthrene | ||||||
![]() | Cytochrome P450 2B4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / P450 / cytochrome P450 2B4 / monooxygenase / membrane protein / CYP 2B4 / CYP LM2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / unspecific monooxygenase / aromatase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gay, S.C. / Zhang, H. / Shah, M.B. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. / Hollenberg, P.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Potent Mechanism-Based Inactivation of Cytochrome P450 2B4 by 9-Ethynylphenanthrene: Implications for Allosteric Modulation of Cytochrome P450 Catalysis. 著者: Zhang, H. / Gay, S.C. / Shah, M. / Foroozesh, M. / Liu, J. / Osawa, Y. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. / Hollenberg, P.F. #1: ![]() タイトル: Structure of microsomal cytochrome P450 2B4 complexed with the antifungal drug bifonazole: insight into P450 conformational plasticity and membrane interaction. 著者: Zhao, Y. / White, M.A. / Muralidhara, B.K. / Sun, L. / Halpert, J.R. / Stout, C.D. #2: ![]() タイトル: Structure of mammalian cytochrome P450 2B4 complexed with 4-(4-chlorophenyl)imidazole at 1.9-A resolution: insight into the range of P450 conformations and the coordination of redox partner binding. 著者: Scott, E.E. / White, M.A. / He, Y.A. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #3: ![]() タイトル: An open conformation of mammalian cytochrome P450 2B4 at 1.6-A resolution. 著者: Scott, E.E. / He, Y.A. / Wester, M.R. / White, M.A. / Chin, C.C. / Halpert, J.R. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. #4: ![]() タイトル: Structural and thermodynamic consequences of 1-(4-chlorophenyl)imidazole binding to cytochrome P450 2B4. 著者: Zhao, Y. / Sun, L. / Muralidhara, B.K. / Kumar, S. / White, M.A. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #5: ![]() タイトル: Crystal structures of cytochrome P450 2B4 in complex with the inhibitor 1-biphenyl-4-methyl-1H-imidazole: ligand-induced structural response through alpha-helical repositioning. 著者: Gay, S.C. / Sun, L. / Maekawa, K. / Halpert, J.R. / Stout, C.D. #6: ![]() タイトル: Structures of cytochrome P450 2B4 complexed with the antiplatelet drugs ticlopidine and clopidogrel . 著者: Gay, S.C. / Roberts, A.G. / Maekawa, K. / Talakad, J.C. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #7: ![]() タイトル: Plasticity of cytochrome P450 2B4 as investigated by hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry and X-ray crystallography. 著者: Wilderman, P.R. / Shah, M.B. / Liu, T. / Li, S. / Hsu, S. / Roberts, A.G. / Goodlett, D.R. / Zhang, Q. / Woods, V.L. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #8: ![]() タイトル: Structural Analysis of Mammalian Cytochrome P450 2B4 Covalently Bound to the Mechanism-Based Inactivator tert-Butylphenylacetylene: Insight into Partial Enzymatic Activity 著者: C Gay, S. / Zhang, H. / Wilderman, P.R. / Roberts, A.G. / Liu, T. / Li, S. / Lin, H.L. / Woods Jr., V.L. / Stout, C.D. / Hollenberg, P.F. / Halpert, J.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 996.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1000.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1suoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer. There is one biological unit in the asymmetric unit (chain A). |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 54169.082 Da / 分子数: 1 / 変異: H226Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 77分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/0BV.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/CM5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/0BV.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/CM5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-0BV / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CM5 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | P221S MUTATION IS DUE TO AN ERROR IN THE O00178 SEQUENCE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Tris, 20% (w/v) PEG 3000, 0.2 M calcium acetate, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: QUAZAR MX MICROFOCUS SOURCE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.939→78.08 Å / Num. all: 15475 / Num. obs: 15444 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 12.73 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 40.33 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1SUO 解像度: 2.939→78.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.866 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.804 / WRfactor Rfree: 0.2634 / WRfactor Rwork: 0.2146 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7869 / SU B: 19.568 / SU ML: 0.363 / SU Rfree: 0.4576 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.458 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.73 Å2 / Biso mean: 28.641 Å2 / Biso min: 20 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.939→78.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.939→3.016 Å / Total num. of bins used: 20
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