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万見
- PDB-3u9u: Crystal Structure of Extracellular Domain of Human ErbB4/Her4 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u9u
タイトルCrystal Structure of Extracellular Domain of Human ErbB4/Her4 in complex with the Fab fragment of mAb1479
要素
  • Fab Heavy Chain
  • Fab Light Chain
  • Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4
キーワードTRANSFERASE / Cell Surface Receptor / Tyrosine Kinase Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of planar polarity involved in nephron morphogenesis / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / olfactory bulb interneuron differentiation / central nervous system morphogenesis / neuregulin receptor activity / cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of neuron migration / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process ...establishment of planar polarity involved in nephron morphogenesis / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / olfactory bulb interneuron differentiation / central nervous system morphogenesis / neuregulin receptor activity / cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of neuron migration / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / PI3K events in ERBB4 signaling / mammary gland epithelial cell differentiation / embryonic pattern specification / GABA receptor binding / positive regulation of protein localization to cell surface / neural crest cell migration / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / ERBB2 Regulates Cell Motility / Long-term potentiation / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / mammary gland alveolus development / cell fate commitment / epidermal growth factor receptor activity / SHC1 events in ERBB4 signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / synapse assembly / lactation / Signaling by ERBB2 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downregulation of ERBB4 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / basal plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / regulation of cell migration / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / postsynaptic density membrane / receptor protein-tyrosine kinase / neuromuscular junction / GABA-ergic synapse / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Downregulation of ERBB2 signaling / epidermal growth factor receptor signaling pathway / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of protein phosphorylation / cell migration / nervous system development / PIP3 activates AKT signaling / presynaptic membrane / heart development / protein autophosphorylation / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / basolateral plasma membrane / Estrogen-dependent gene expression / postsynaptic membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / signal transduction / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / 24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe ...Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / 24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Ribbon / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Hollmen, M. / Liu, P. / Wildiers, H. / Reinvall, I. / Vandorpe, T. / Smeets, A. / Deraedt, K. / Vahlberg, T. / Joensuu, H. / Leahy, D.J. ...Hollmen, M. / Liu, P. / Wildiers, H. / Reinvall, I. / Vandorpe, T. / Smeets, A. / Deraedt, K. / Vahlberg, T. / Joensuu, H. / Leahy, D.J. / Schoffski, P. / Elenius, K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Proteolytic processing of ErbB4 in breast cancer.
著者: Hollmen, M. / Liu, P. / Kurppa, K. / Wildiers, H. / Reinvall, I. / Vandorpe, T. / Smeets, A. / Deraedt, K. / Vahlberg, T. / Joensuu, H. / Leahy, D.J. / Schoffski, P. / Elenius, K.
履歴
登録2011年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
C: Fab Heavy Chain
D: Fab Light Chain
E: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4
F: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,5376
ポリマ－236,5376
非ポリマー00
水00
1
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4012
ポリマ－48,4012
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
2
C: Fab Heavy Chain
D: Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4012
ポリマ－48,4012
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
3
E: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8681
ポリマ－69,8681
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
F: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8681
ポリマ－69,8681
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.121, 110.914, 362.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab Heavy Chain


分子量: 24195.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Hybridoma Cells / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab Light Chain


分子量: 24205.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Hybridoma Cells / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4 / Proto-oncogene-like protein c-ErbB-4 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER4 / p180erbB4 ...Proto-oncogene-like protein c-ErbB-4 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER4 / p180erbB4 / ERBB4 intracellular domain / 4ICD / E4ICD / s80HER4


分子量: 69867.766 Da / 分子数: 2 / Fragment: Extracellular region 1-625, JM-a isoform / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB4, HER4 / プラスミド: PSGHV0
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO (Lec1) / 参照: UniProt: Q15303, receptor protein-tyrosine kinase
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% PEG4000, 0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月16日
放射モノクロメーター: Doulbe Crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 44255 / Num. obs: 44255 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 73.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.4-3.522.30.612195.8
3.52-3.662.50.502197.6
3.66-3.832.80.411197.9
3.83-4.032.90.317197.7
4.03-4.2830.229197.4
4.28-4.6130.154196.3
4.61-5.0830.118196.3
5.08-5.8130.113194.7
5.81-7.323.10.083193.3
7.32-5030.042186.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AHX, 1N8Z

2ahx

1n8z


解像度: 3.42→45.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.831 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7841 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2724 2230 5.05 %RANDOM
Rwork0.2341 ---
obs0.236 44127 95.26 %-
all-44127 --
原子変位パラメータBiso mean: 112.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--64.2676 Å20 Å20 Å2
2--34.444 Å20 Å2
3---29.8236 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.864 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.42→45.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15819 0 0 0 15819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00916230HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1622070HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5460SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes398HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2345HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16230HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 3.42→3.51 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2919 183 5.71 %
Rwork0.2574 3020 -
all0.2593 3203 -
obs--95.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1561-0.29990.19032.61870.90892.8439-0.013-0.04790.1494-0.19790.01560.03420.0547-0.0172-0.00260.1130.0157-0.0093-0.18260.0113-0.08-17.334517.623130.2094
20.4738-1.0522-0.83062.78551.37190.95830.0048-0.02420.126-0.03810.02280.19310.1433-0.0399-0.02750.0801-0.0034-0.1073-0.16760.00960.0724-28.83877.840739.6063
30.25240.2030.10473.1046-1.27920.6276-0.0215-0.03180.0356-0.05930.0260.1017-0.05110.0347-0.00450.01760.0325-0.0588-0.0857-0.02010.0061-18.2832-38.37542.5255
40.59320.6586-1.21141.0546-1.59382.06380.01160.00870.0048-0.13330.059-0.12180.06940.1023-0.07060.12970.0498-0.0177-0.115-0.0068-0.0491-6.2572-47.600432.8577
500.2844-0.09820.91551.03060.240.08190.0382-0.12790.1495-0.0013-0.0680.0955-0.0713-0.0806-0.15480.1469-0.00570.0584-0.08220.001121.2652-20.677.1798
60.2341-0.19010.49431.3479-1.1670.6544-0.02590.2634-0.0770.25820.02910.05360.0319-0.0686-0.00320.05140.0234-0.0071-0.0119-0.1085-0.1343-18.618-19.88-31.9436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|224 }A1 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|219 }B1 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|220 }C1 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|1 - D|219 }D1 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|2 - E|612 }E2 - 612
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|2 - F|611 }F2 - 611

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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