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- PDB-3u7t: Room temperature ultra-high resolution time-of-flight neutron and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u7t
タイトルRoom temperature ultra-high resolution time-of-flight neutron and X-ray diffraction studies of H/D exchanged crambin
要素Crambin
キーワードPLANT PROTEIN / thionin family
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 0.85 Å
データ登録者Chen, J.C.-H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Room-temperature ultrahigh-resolution time-of-flight neutron and X-ray diffraction studies of H/D-exchanged crambin.
著者: Chen, J.C. / Fisher, Z. / Kovalevsky, A.Y. / Mustyakimov, M. / Hanson, B.L. / Zhurov, V.V. / Langan, P.
履歴
登録2011年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crambin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7281
ポリマ－4,7281
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.795, 18.826, 41.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Crambin


分子量: 4728.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
参照: UniProt: P01542
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Vapor diffusion of protein in 80 % EtOH solution against a 55 % EtOH solution, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 0.71073 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAPID / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月7日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.71073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.85→30 Å / Num. all: 31025 / Num. obs: 30963 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.41 % / Biso Wilson estimate: 6.3 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 0.85→0.88 Å / 冗長度: 3.21 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3065 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CRN

1crn


解像度: 0.85→9.898 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 0 / 位相誤差: 12.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.136 1541 5.03 %Random
Rwork0.1194 ---
all0.1202 31025 --
obs0.1202 30659 98.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.17 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0266 Å2-0 Å20.3426 Å2
2---0.1106 Å2-0 Å2
3---0.084 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.85→9.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数341 0 0 51 392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.975125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.85-0.87750.20591370.19612602X-RAY DIFFRACTION98
0.8775-0.90880.18791430.17562589X-RAY DIFFRACTION98
0.9088-0.94520.18051390.15582652X-RAY DIFFRACTION99
0.9452-0.98810.1751350.142632X-RAY DIFFRACTION99
0.9881-1.04020.13971420.12262633X-RAY DIFFRACTION99
1.0402-1.10530.1091350.11512658X-RAY DIFFRACTION99
1.1053-1.19050.09611380.10152652X-RAY DIFFRACTION99
1.1905-1.310.1221420.09892639X-RAY DIFFRACTION99
1.31-1.49910.1131390.10152667X-RAY DIFFRACTION99
1.4991-1.88650.1241440.10672677X-RAY DIFFRACTION98
1.8865-9.89840.14781470.12382717X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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