PDB-3u46: CH04H/CH02L P212121

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u46

タイトル

CH04H/CH02L P212121

要素

CH02 Light chain Fab
CH04 Heavy chain Fab

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IGG / Immunogloblulin / HIV-1 Antibodies / V1V2-Directed

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.906 Å

データ登録者

Louder, R. / Pancera, M. / McLellan, J.S. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9.
著者: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, ...

履歴

登録	2011年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月21日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u46.cif.gz	349.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u46.ent.gz	299.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tclC 3u1sC 3u2sC 3u36C 3u4bC 3u4eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d11-2 4tqe-d 6b3d-d 3mnv-1 3u4b-d 6kdh-d 3n9g-d 6hgu-1 3idm-d 1him-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: CH04 Heavy chain Fab

L: CH02 Light chain Fab

A: CH04 Heavy chain Fab

B: CH02 Light chain Fab

98.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: CH04 Heavy chain Fab

L: CH02 Light chain Fab

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CH04 Heavy chain Fab

B: CH02 Light chain Fab

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.607, 105.539, 163.976
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: 抗体	CH04 Heavy chain Fab 分子量: 25546.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CH02 Light chain Fab 分子量: 23674.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 16% PEG 400, 8% PEG 8000, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月22日
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 22893
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.906→32.373 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2448	1176	5.15 %
R_work	0.2147	-	-
obs	0.2162	22836	82.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.836 Å² / k_sol: 0.303 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	37.0769 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-20.4986 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-16.5783 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.906→32.373 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6762	0	0	22	6784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6936
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.582	9406
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.874	2474
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1017
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1225

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9064-3.0386	0.4298	108	0.3627	1647	X-RAY DIFFRACTION	51
3.0386-3.1986	0.3952	90	0.3046	2001	X-RAY DIFFRACTION	61
3.1986-3.3988	0.3149	110	0.2711	2305	X-RAY DIFFRACTION	71
3.3988-3.6609	0.2705	145	0.2504	2621	X-RAY DIFFRACTION	81
3.6609-4.0287	0.2619	168	0.2322	3032	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0287-4.6103	0.2347	157	0.1747	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6103-5.803	0.1879	198	0.178	3294	X-RAY DIFFRACTION	100
5.803-32.3752	0.2168	200	0.1985	3455	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.264	1.3374	0.4823	6.1742	1.2887	3.9616	-0.0018	-0.0913	-0.3297	0.1115	0.0014	-0.2498	0.3461	-0.0978	-0.0192	0.1212	-0.0313	0.1011	0.0521	0.0401	0.0727	-18.5709	34.7147	3.0723
2	1.2843	0.3628	-0.5515	0.2512	-0.8637	3.6052	0.0889	0.3718	0.0026	-0.8304	0.0663	-0.7721	-0.009	0.5634	-0.0835	1.0986	-0.142	0.5114	0.4693	-0.1672	0.7017	-9.7294	19.0577	-26.8495
3	2.9541	0.1623	-1.67	2.991	0.4177	2.8171	-0.2603	0.0979	0.0695	-0.3574	-0.1022	-0.3868	-0.3544	0.1819	0.316	0.4593	-0.0356	0.0896	0.275	-0.0044	0.3556	-14.8269	54.6042	-5.0953
4	1.5694	0.2374	-1.1972	1.5827	-2.4281	4.5237	0.0988	0.2044	0.1829	-0.8422	0.2594	-0.1205	-0.0335	-0.2641	0.1438	1.2652	-0.193	0.3738	0.4537	-0.0363	0.4535	-20.7734	29.7835	-33.4647
5	4.6327	-2.5251	-0.2686	7.9926	-0.5562	1.1276	0.0995	0.0109	0.5413	-0.0901	-0.0618	-0.6676	-0.4634	0.0464	0.0082	0.6154	0.1774	-0.0429	0.3325	-0.0399	0.3369	4.6093	18.4262	-64.8966
6	3.4905	1.1246	-1.9428	2.4061	-1.0507	5.8762	0.2251	-0.1614	0.2935	1.01	-0.0279	0.682	-0.1114	-0.5437	-0.133	0.7468	0.0543	0.1962	0.2718	0.1144	0.2912	-25.5597	34.2555	-57.1967
7	5.8183	-0.6211	-1.5332	2.4733	0.5851	1.3975	0.1825	-0.3083	-0.9619	0.4875	0.0344	0.2785	0.2694	0.1301	-0.2015	0.8576	0.1951	-0.0831	0.3167	0.0564	0.5676	-3.5055	-1.2299	-60.2756
8	4.6058	0.7233	0.4569	7.4527	0.4716	6.0449	0.1732	1.2591	0.0353	-0.6644	0.4529	0.7861	-0.0099	-1.065	-0.4872	0.4128	0.0277	0.0495	0.7406	0.126	0.3284	-32.1542	22.5157	-67.2865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain L and resid 1:110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain L and resid 111:214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain H and resid 1:134
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain H and resid 135:233
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resid 1:110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 111:214
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 1:134
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 135:233

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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