[日本語] English
万見
- PDB-3twq: Crystal structure of ARC4 from human Tankyrase 2 (apo form) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3twq
タイトルCrystal structure of ARC4 from human Tankyrase 2 (apo form)
要素Tankyrase-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / ankyrin repeat / protein-protein interaction / poly(ADP-ribosyl)ation / substrate recruitment
機能・相同性
機能・相同性情報


XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの ...XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Guettler, S. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Structural basis and sequence rules for substrate recognition by tankyrase explain the basis for cherubism disease.
著者: Guettler, S. / Larose, J. / Petsalaki, E. / Gish, G. / Scotter, A. / Pawson, T. / Rottapel, R. / Sicheri, F.
履歴
登録2011年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-2
B: Tankyrase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3659
ポリマ－37,7012
非ポリマー6657
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.524, 47.524, 250.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-156-

HOH

21B-133-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tankyrase-2 / TANK2 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose ...TANK2 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein


分子量: 18850.391 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 484-655 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP5B, TANK2, TNKL, TNKS2 / プラスミド: pETM-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 8.0, 0.2 M Li2SO4, 35% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月18日
放射モノクロメーター: Si (220), Si (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 17759 / Num. obs: 17759 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.151→36.929 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 0.5 / 位相誤差: 22.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 905 5.13 %
Rwork0.1736 --
obs0.1767 17647 97.01 %
all-17647 -
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.763 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3851 Å2-0 Å20 Å2
2---0.3851 Å2-0 Å2
3---0.7701 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.151→36.929 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2496 0 37 157 2690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0463474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.187934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.151-2.28610.28341460.22292750X-RAY DIFFRACTION97
2.2861-2.46250.27171600.192733X-RAY DIFFRACTION97
2.4625-2.71030.25251550.17252746X-RAY DIFFRACTION97
2.7103-3.10230.23091460.17842793X-RAY DIFFRACTION97
3.1023-3.90790.21181490.15212846X-RAY DIFFRACTION98
3.9079-36.93410.2131490.16792874X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3658-1.50290.70896.8191-2.97441.6172-0.18290.17010.05790.01390.31090.17540.027-0.3086-0.13180.1108-0.03520.00530.20410.01220.11794.3883-11.048814.0414
21.37630.7507-0.88232.3726-0.40431.2297-0.17440.1484-0.0784-0.7830.255-0.4982-0.02820.158-0.04590.196-0.04740.06190.1167-0.02820.119611.4338-19.375116.401
32.29521.1591-0.98354.36480.43211.82710.01630.09170.1647-0.09790.07190.23950.0409-0.207-0.00460.10570.01140.01690.08410.0150.0865.8807-14.572825.4311
41.67781.0929-0.18912.47790.22961.9076-0.0382-0.0026-0.16670.03430.0044-0.05850.04850.03-0.01720.1004-0.01330.00370.08750.01370.072712.2437-16.018329.3958
56.07831.8873-1.95464.5295-3.70268.72960.1696-0.304-0.67240.0893-0.0869-0.25270.30560.52120.13390.25850.0666-0.03510.12110.04090.11216.168-22.207736.0329
64.7038-1.37530.42411.4552-1.00321.0544-0.03040.3396-0.1078-0.0214-0.1102-0.00350.04090.10880.04950.0485-0.1221-0.03970.1336-0.03060.132212.9743-6.903337.5316
74.44321.206-1.83096.17260.19984.7226-0.1547-0.1688-0.2598-0.10390.14830.06650.3105-0.105-0.00630.09860.0062-0.00870.103-0.00140.058711.978-16.745445.1291
83.2868-1.3639-0.34143.8197-0.23410.82-0.0563-0.3992-0.07210.21970.04160.08910.13370.06390.02010.10230.014-0.00880.12890.00540.07639.0743-9.640751.467
96.84111.6047-2.44550.426-0.46171.12030.0915-0.06090.46260.09450.01560.1431-0.07090.0129-0.10080.1587-0.00730.00390.0795-0.0260.087812.57484.098528.2241
102.36971.21610.79942.11310.02752.88960.1865-0.0921-0.05470.0518-0.1238-0.00610.0822-0.0359-0.06660.0856-0.00720.00480.07420.00890.085420.95751.158419.7906
112.4430.27031.27017.091-1.99685.03120.01730.1164-0.1898-0.2180.1102-0.36210.01530.3725-0.05250.065-0.0089-0.00010.1411-0.00280.050924.49020.55637.3457
121.5066-0.37180.10971.7278-0.83363.04780.02880.2245-0.0119-0.2128-0.0727-0.19070.28770.3371-0.00150.16640.0282-0.00370.1174-0.02870.102217.1888-2.6229-4.1574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 481:502)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 503:521)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 522:538)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 539:571)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 572:580)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 581:594)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 595:614)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 615:644)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 481:502)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 503:561)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 562:581)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 582:644)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る