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- PDB-5a0m: THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-SCEI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA IN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a0m
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF I-SCEI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA IN THE PRESENCE OF MN
要素
  • (INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I- ...) x 2
  • 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*AP)-3'
  • 5'-D(*CP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP)-3'
  • 5'-D(*CP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP *AP*TP)-3'
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / GENE TARGETING / GENETICS / PROTEIN-DNA INTERACTION / HOMING ENDONUCLEASES
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / RNA splicing / mRNA processing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / LAGLIDADG DNA endonuclease family / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Intron-encoded endonuclease I-SceI
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Prieto, J. / Redondo, P. / Merino, N. / Villate, M. / Blanco, F.J. / Molina, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structure of the I-Scei Nuclease Complexed with its DsDNA Target and Three Catalytic Metal Ions.
著者: Prieto, J. / Redondo, P. / Merino, N. / Villate, M. / Montoya, G. / Blanco, F.J. / Molina, R.
履歴
登録2015年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年6月29日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-SCEI
B: INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-SCEI
C: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*AP)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP *AP*TP)-3'
E: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*AP)-3'
H: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP *AP*TP)-3'
I: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP)-3'
J: 5'-D(*CP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP)-3'
K: 5'-D(*CP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP)-3'
L: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,38018
ポリマ－85,94010
非ポリマー4408
水39622
1
A: INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-SCEI
C: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*AP)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP *AP*TP)-3'
K: 5'-D(*CP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP)-3'
L: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2049
ポリマ－42,9845
非ポリマー2204
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-69.6 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
2
B: INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-SCEI
E: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*AP)-3'
H: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP *AP*TP)-3'
I: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP)-3'
J: 5'-D(*CP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1769
ポリマ－42,9565
非ポリマー2204
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-69.9 kcal/mol
Surface area16520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.113, 80.565, 130.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-SCEI / 21S RRNA INTRON MATURASE / HOMING ENDONUCLEASE OMEGA


分子量: 27717.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
遺伝子: SCEI, OMEGA, SECY, Q0160 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET24D / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: P03882, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-SCEI / 21S RRNA INTRON MATURASE / HOMING ENDONUCLEASE OMEGA


分子量: 27689.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
遺伝子: SCEI, OMEGA, SECY, Q0160 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET24D
参照: UniProt: P03882, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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DNA鎖 , 4種, 8分子 CEDHILJK

#3: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*AP*AP)-3'


分子量: 4313.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP *AP*TP)-3'


分子量: 4879.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#5: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP)-3'


分子量: 2691.774 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#6: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*AP*CP)-3'


分子量: 3382.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 30分子

#7: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.89
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→43.62 Å / Num. obs: 36541 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 61.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB NETRY 2VS8

2vs8


解像度: 2.9→42.897 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 28.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 3649 10.19 %
Rwork0.1862 --
obs0.1926 36160 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.897 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3736 1982 8 22 5748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2538587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.2522378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064940
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006747
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.93820.4291500.33561259X-RAY DIFFRACTION100
2.9382-2.97840.37971390.32881266X-RAY DIFFRACTION100
2.9784-3.0210.35771370.29461220X-RAY DIFFRACTION100
3.021-3.06610.32861500.28241250X-RAY DIFFRACTION100
3.0661-3.11390.32341390.26231267X-RAY DIFFRACTION100
3.1139-3.1650.31381440.25481231X-RAY DIFFRACTION100
3.165-3.21950.30091380.23551283X-RAY DIFFRACTION100
3.2195-3.27810.28841370.231231X-RAY DIFFRACTION99
3.2781-3.34110.26261440.20711238X-RAY DIFFRACTION97
3.3411-3.40930.291290.20281212X-RAY DIFFRACTION98
3.4093-3.48340.28631340.19471266X-RAY DIFFRACTION99
3.4834-3.56440.26971370.20181220X-RAY DIFFRACTION100
3.5644-3.65340.24341500.19591296X-RAY DIFFRACTION100
3.6534-3.75220.2491450.19081225X-RAY DIFFRACTION100
3.7522-3.86250.28341390.19181234X-RAY DIFFRACTION100
3.8625-3.98710.26591440.18231247X-RAY DIFFRACTION100
3.9871-4.12950.26361340.18151260X-RAY DIFFRACTION100
4.1295-4.29470.21881370.15531262X-RAY DIFFRACTION100
4.2947-4.48990.23661480.1571261X-RAY DIFFRACTION100
4.4899-4.72640.21331290.15041276X-RAY DIFFRACTION100
4.7264-5.02210.21511410.16131235X-RAY DIFFRACTION100
5.0221-5.40920.23381490.15951259X-RAY DIFFRACTION100
5.4092-5.95220.18541440.151246X-RAY DIFFRACTION100
5.9522-6.81060.18771360.14871240X-RAY DIFFRACTION100
6.8106-8.56940.22831330.16421277X-RAY DIFFRACTION100
8.5694-42.90210.22431420.18741250X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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