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万見
- PDB-3n89: KH domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n89
タイトルKH domains
要素Defective in germ line development protein 3, isoform a
キーワードCELL CYCLE / KH domains / RNA binding / germline development
機能・相同性
機能・相同性情報


germ-line sex determination / polynucleotide adenylyltransferase activator activity / masculinization of hermaphroditic germ-line / vulval development / germ-line stem cell division / nematode larval development / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of meiosis I / nuclear division / positive regulation of meiotic nuclear division ...germ-line sex determination / polynucleotide adenylyltransferase activator activity / masculinization of hermaphroditic germ-line / vulval development / germ-line stem cell division / nematode larval development / RNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of meiosis I / nuclear division / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of multicellular organism growth / cytosolic mRNA polyadenylation / P granule / embryo development ending in birth or egg hatching / RNA polymerase complex / mitotic cytokinesis / positive regulation of mitotic nuclear division / meiotic cell cycle / mRNA processing / regulation of translation / spermatogenesis / protein domain specific binding / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein - #270 / GLD-3, KH5 domain / : / : / : / : / GLD-3 4th KH domain (aka KH5) / GLD-3 2nd KH domain (aka KH3) / GLD-3 3rd KH domain (aka KH4) / GLD-3 1st KH domain (aka KH2) ...TATA-Binding Protein - #270 / GLD-3, KH5 domain / : / : / : / : / GLD-3 4th KH domain (aka KH5) / GLD-3 2nd KH domain (aka KH3) / GLD-3 3rd KH domain (aka KH4) / GLD-3 1st KH domain (aka KH2) / TATA-Binding Protein - #210 / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Defective in germ line development protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.789 Å
データ登録者Nakel, K. / Hartung, S.A. / Bonneau, F. / Eckmann, C.R. / Conti, E.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2010
タイトル: Four KH domains of the C. elegans Bicaudal-C ortholog GLD-3 form a globular structural platform.
著者: Nakel, K. / Hartung, S.A. / Bonneau, F. / Eckmann, C.R. / Conti, E.
履歴
登録2010年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defective in germ line development protein 3, isoform a
B: Defective in germ line development protein 3, isoform a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7542
ポリマ－85,7542
非ポリマー00
水77543
1
A: Defective in germ line development protein 3, isoform a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8771
ポリマ－42,8771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Defective in germ line development protein 3, isoform a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8771
ポリマ－42,8771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Defective in germ line development protein 3, isoform a

B: Defective in germ line development protein 3, isoform a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7542
ポリマ－85,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1830 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area31810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.504, 102.241, 83.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Defective in germ line development protein 3, isoform a


分子量: 42876.961 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 88-460 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: gld-3, T07F8.3 / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold pLyS / 参照: UniProt: Q95ZK7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Ammoniumsulfate, Hepes, Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA10.979
シンクロトロンSLS X06SA21
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2009年3月26日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2009年2月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromatorMADMx-ray1
2LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
211
反射解像度: 2.79→48.1 Å / Num. obs: 28664 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 8.61
反射 シェル解像度: 2.79→3.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7600 / Rsym value: 0.593

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.789→48.113 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1489 5.1 %RANDOM
Rwork0.259 ---
all-28616 --
obs-28617 97.8 %-
溶媒の処理Bsol: 50.023 Å2
原子変位パラメータBiso max: 59.8 Å2 / Biso mean: 31.207 Å2 / Biso min: 10.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.754 Å20 Å23.445 Å2
2---0.579 Å20 Å2
3---2.333 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.789→48.113 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5274 0 0 43 5317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.214
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1921.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7122
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.3762.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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