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Yorodumi- PDB-3mtj: The Crystal Structure of a Homoserine Dehydrogenase from Thiobaci... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mtj | ||||||
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Title | The Crystal Structure of a Homoserine Dehydrogenase from Thiobacillus denitrificans to 2.15A | ||||||
Components | Homoserine dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Rossmann-fold / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative | ||||||
Function / homology | Function and homology information homoserine dehydrogenase / homoserine dehydrogenase activity / threonine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thiobacillus denitrificans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Stein, A.J. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The Crystal Structure of a Homoserine Dehydrogenase from Thiobacillus denitrificans to 2.15A Authors: Stein, A.J. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mtj.cif.gz | 177.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mtj.ent.gz | 150.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mtj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mtj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mtj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48389.023 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thiobacillus denitrificans (bacteria) / Strain: ATCC 25259 / Gene: Tbd_0843 / Plasmid: pET derivative / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q3SKI5, homoserine dehydrogenase | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 29384 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.787 / Net I/σ(I): 8.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.15→46.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 13.271 / SU ML: 0.156 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.194 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.8 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→46.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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