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- PDB-5e5w: Hemagglutinin-esterase-fusion mutant structure of influenza D virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e5w
タイトルHemagglutinin-esterase-fusion mutant structure of influenza D virus
要素(Hemagglutinin- ...) x 2
キーワードHYDROLASE / influenza virus / HEF
機能・相同性
機能・相同性情報


sialate O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #20 / Haemagglutinin stalk, influenza C / Influenza C hemagglutinin stalk / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, haemagglutinin domain / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, core / Hemagglutinin domain of haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / Hemagglutinin esterase / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B ...Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #20 / Haemagglutinin stalk, influenza C / Influenza C hemagglutinin stalk / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, haemagglutinin domain / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, core / Hemagglutinin domain of haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / Hemagglutinin esterase / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Single Sheet / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Song, H. / Qi, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2016
タイトル: An Open Receptor-Binding Cavity of Hemagglutinin-Esterase-Fusion Glycoprotein from Newly-Identified Influenza D Virus: Basis for Its Broad Cell Tropism
著者: Song, H. / Qi, J. / Khedri, Z. / Diaz, S. / Yu, H. / Chen, X. / Varki, A. / Shi, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2015年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-esterase
B: Hemagglutinin-esterase
C: Hemagglutinin-esterase
D: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,20114
ポリマ－126,2554
非ポリマー5,94510
水9,800544
1
A: Hemagglutinin-esterase
B: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin-esterase
B: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin-esterase
B: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,03121
ポリマ－189,3836
非ポリマー9,64815
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation10_554-y,z+1/2,-x-1/21
Buried area45470 Å2
ΔGint76 kcal/mol
Surface area67100 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin-esterase
D: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin-esterase
D: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin-esterase
D: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,57121
ポリマ－189,3836
非ポリマー8,18915
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area42220 Å2
ΔGint51 kcal/mol
Surface area67580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.335, 164.335, 164.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

-
要素

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Hemagglutinin- ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemagglutinin-esterase


分子量: 46456.988 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-445 / 変異: S57A, D356A, H359A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza D virus (D/swine/Oklahoma/1334/2011) (インフルエンザウイルス)
株: D/swine/Oklahoma/1334/2011 / 遺伝子: HEF / プラスミド: PFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): HI5 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: K9LG83
#2: タンパク質 Hemagglutinin-esterase


分子量: 16670.598 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 456-612 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza D virus (D/swine/Oklahoma/1334/2011) (インフルエンザウイルス)
株: D/swine/Oklahoma/1334/2011 / 遺伝子: HEF
発現宿主: Spodoptera frugiperda ascovirus 1a (ウイルス)
参照: UniProt: K9LG83

-
糖 , 4種, 10分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 544分子

#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M PCTP (Propionic acid, Cacodylate, Bis-tris propane system) buffer pH 8.5, 22.5%(w/v) PEG1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.55 Å / Num. obs: 57383 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 2.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.769 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.769 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FLC

1flc


解像度: 2.4→49.55 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 2913 5.08 %
Rwork0.205 --
obs0.207 57383 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8700 0 395 544 9639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0189330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48812654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.283429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4027-2.44210.33821520.25332589X-RAY DIFFRACTION100
2.4421-2.48420.33921310.25022569X-RAY DIFFRACTION100
2.4842-2.52940.29381410.24172593X-RAY DIFFRACTION100
2.5294-2.5780.27531440.232584X-RAY DIFFRACTION100
2.578-2.63060.32041280.23572566X-RAY DIFFRACTION100
2.6306-2.68780.3171340.2332589X-RAY DIFFRACTION100
2.6878-2.75040.31091200.22662599X-RAY DIFFRACTION100
2.7504-2.81910.28241560.22852581X-RAY DIFFRACTION100
2.8191-2.89530.31551440.22882595X-RAY DIFFRACTION100
2.8953-2.98050.26721620.22372602X-RAY DIFFRACTION100
2.9805-3.07670.26431290.23012567X-RAY DIFFRACTION100
3.0767-3.18670.29271300.23022620X-RAY DIFFRACTION100
3.1867-3.31420.2681570.22362571X-RAY DIFFRACTION100
3.3142-3.4650.29171470.20082593X-RAY DIFFRACTION100
3.465-3.64770.20271380.20062596X-RAY DIFFRACTION100
3.6477-3.87610.21261230.18642618X-RAY DIFFRACTION100
3.8761-4.17530.24651380.17762600X-RAY DIFFRACTION99
4.1753-4.59520.20791300.16832603X-RAY DIFFRACTION99
4.5952-5.25940.19981290.1642620X-RAY DIFFRACTION99
5.2594-6.62380.24551250.19722606X-RAY DIFFRACTION98
6.6238-49.55940.22711550.20632609X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.0205 Å / Origin y: -2.1715 Å / Origin z: -42.6502 Å
111213212223313233
T0.195 Å2-0.0037 Å20.0025 Å2-0.1965 Å20.0107 Å2--0.2109 Å2
L0.0543 °2-0.02 °20.0296 °2-0.0965 °2-0.0532 °2--0.0339 °2
S0.0006 Å °-0.0137 Å °-0.01 Å °0.0079 Å °-0.0073 Å °-0.0194 Å °-0.0143 Å °0.0238 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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