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Yorodumi- PDB-6aqo: Crystal structure of hypoxanthine-guanine-xanthine phosphorybosyl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6aqo | ||||||
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Title | Crystal structure of hypoxanthine-guanine-xanthine phosphorybosyltranferase in complex with {[(2S)-3-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)propane-1,2-diyl]bis(oxyethane-2,1-diyl)}bis(phosphonic acid) | ||||||
Components | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/INHIBITOR / Purine salvage / Trypanosoma brucei / acyclic nucleoside phosphonates / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / GMP salvage / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding ...xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / GMP salvage / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.64 Å | ||||||
Authors | Teran, D. / Gudday, L.W. | ||||||
Citation | Journal: PLoS Negl Trop Dis / Year: 2018 Title: Evaluation of the Trypanosoma brucei 6-oxopurine salvage pathway as a potential target for drug discovery. Authors: Dolezelova, E. / Teran, D. / Gahura, O. / Kotrbova, Z. / Prochazkova, M. / Keough, D. / Spacek, P. / Hockova, D. / Guddat, L. / Zikova, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6aqo.cif.gz | 522.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6aqo.ent.gz | 432.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6aqo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6apsC 6aptC 6apuC 6apvC 6ar9C 6ap3 S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30654.998 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (eukaryote) Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb10.70.6660 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q38CA1 #2: Chemical | ChemComp-45T / {[( #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Bis-Tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9536 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Mar 18, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9536 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.638→41.32 Å / Num. obs: 44654 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.64→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rpim(I) all: 0.411 / % possible all: 94 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6AP3 6ap3 Resolution: 2.64→41.32 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.01
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.64→41.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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