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Yorodumi- PDB-6aqo: Crystal structure of hypoxanthine-guanine-xanthine phosphorybosyl... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6aqo | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of hypoxanthine-guanine-xanthine phosphorybosyltranferase in complex with {[(2S)-3-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)propane-1,2-diyl]bis(oxyethane-2,1-diyl)}bis(phosphonic acid) | ||||||
Components | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/INHIBITOR / Purine salvage / Trypanosoma brucei / acyclic nucleoside phosphonates / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationxanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding ...xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.64 Å | ||||||
Authors | Teran, D. / Gudday, L.W. | ||||||
Citation | Journal: PLoS Negl Trop Dis / Year: 2018Title: Evaluation of the Trypanosoma brucei 6-oxopurine salvage pathway as a potential target for drug discovery. Authors: Dolezelova, E. / Teran, D. / Gahura, O. / Kotrbova, Z. / Prochazkova, M. / Keough, D. / Spacek, P. / Hockova, D. / Guddat, L. / Zikova, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6aqo.cif.gz | 521.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6aqo.ent.gz | 432.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6aqo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6aqo_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6aqo_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
| Data in XML | 6aqo_validation.xml.gz | 49.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 6aqo_validation.cif.gz | 62.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqo | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6apsC ![]() 6aptC ![]() 6apuC ![]() 6apvC ![]() 6ar9C ![]() 6ap3 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 30654.998 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb10.70.6660 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-45T / {[( #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.54 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Bis-Tris |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9536 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Mar 18, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9536 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.638→41.32 Å / Num. obs: 44654 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 8.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.64→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rpim(I) all: 0.411 / % possible all: 94 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6AP3 ![]() 6ap3 Resolution: 2.64→41.32 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.01
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.64→41.32 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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