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Yorodumi- PDB-6apu: Crystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine phos... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6apu | ||||||
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Title | Crystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine phosphoribosyltranferase in complex with (2-{[2-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl](3-aminopropyl)amino}ethyl)phosphonic acid | ||||||
Components | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Purine salvage / acyclic nucleoside phosphonate | ||||||
Function / homology | Function and homology information hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / glycosome / nuclear lumen / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding ...hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / glycosome / nuclear lumen / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.842 Å | ||||||
Authors | Teran, D. / Guddat, L. | ||||||
Citation | Journal: PLoS Negl Trop Dis / Year: 2018 Title: Evaluation of the Trypanosoma brucei 6-oxopurine salvage pathway as a potential target for drug discovery. Authors: Dolezelova, E. / Teran, D. / Gahura, O. / Kotrbova, Z. / Prochazkova, M. / Keough, D. / Spacek, P. / Hockova, D. / Guddat, L. / Zikova, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6apu.cif.gz | 176.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6apu.ent.gz | 139.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6apu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6apu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6apu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6apsC 6aptC 6apvC 6aqoC 6ar9C 5jsqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 24221.775 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) / Gene: HGPRT / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q07010, hypoxanthine phosphoribosyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 440 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Bis-Tris PH range: 5-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.95369 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95369 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→47.44 Å / Num. obs: 41021 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.1 % / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.88 Å / Redundancy: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2386 / Rpim(I) all: 0.371 / % possible all: 96 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5JSQ Resolution: 1.842→43.493 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.842→43.493 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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