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万見
- PDB-5xsu: novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xsu
タイトルnovel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / complex structure / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / positive regulation of single strand break repair / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep ...NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / positive regulation of single strand break repair / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / vRNA Synthesis / carbohydrate biosynthetic process / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of adipose tissue development / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / mitochondrial DNA metabolic process / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / replication fork reversal / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / positive regulation of necroptotic process / transcription regulator activator activity / response to aldosterone / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / NAD+ ADP-ribosyltransferase / signal transduction involved in regulation of gene expression / protein auto-ADP-ribosylation / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / mitochondrial DNA repair / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of mitochondrial depolarization / cellular response to zinc ion / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / nuclear replication fork / protein autoprocessing / decidualization / R-SMAD binding / macrophage differentiation / site of DNA damage / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / positive regulation of SMAD protein signal transduction / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / protein localization to chromatin / nucleotidyltransferase activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / telomere maintenance / negative regulation of innate immune response / nuclear estrogen receptor binding / response to gamma radiation / mitochondrion organization / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / enzyme activator activity / protein-DNA complex / cellular response to nerve growth factor stimulus / protein modification process / DNA Damage Recognition in GG-NER / positive regulation of protein localization to nucleus / Dual Incision in GG-NER / histone deacetylase binding / Formation of Incision Complex in GG-NER / cellular response to insulin stimulus / cellular response to amyloid-beta / NAD binding / cellular response to UV / nuclear envelope / double-strand break repair / regulation of protein localization / site of double-strand break / cellular response to oxidative stress / transcription regulator complex / damaged DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / nuclear body / innate immune response / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / protein kinase binding / chromatin / nucleolus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily ...Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger, PARP-type / : / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8E3 / Poly [ADP-ribose] polymerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liu, Q. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: Design and synthesis of 2-(4,5,6,7-tetrahydrothienopyridin-2-yl)-benzoimidazole carboxamides as novel orally efficacious Poly(ADP-ribose)polymerase (PARP) inhibitors
著者: Chen, X. / Huan, X. / Liu, Q. / Wang, Y. / He, Q. / Tan, C. / Chen, Y. / Ding, J. / Xu, Y. / Miao, Z. / Yang, C.
履歴
登録2017年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22025年9月17日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,05924
ポリマ－158,3214
非ポリマー2,73820
水2,954164
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4578
ポリマ－39,5801
非ポリマー8777
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4578
ポリマ－39,5801
非ポリマー8777
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0734
ポリマ－39,5801
非ポリマー4923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0734
ポリマ－39,5801
非ポリマー4923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.670, 107.270, 142.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 4 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 4 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 4 and (name N or name...
41(chain D and (resid 4 through 49 or (resid 50...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEU(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA49
12LYSLYSLYSLYS(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA1 - 3496 - 354
13LYSLYSLYSLYS(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA1 - 3496 - 354
14LYSLYSLYSLYS(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA1 - 3496 - 354
15LYSLYSLYSLYS(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA1 - 3496 - 354
21LEULEULEULEU(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB49
22LYSLYSLYSLYS(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB1 - 3496 - 354
23LYSLYSLYSLYS(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB1 - 3496 - 354
24LYSLYSLYSLYS(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB1 - 3496 - 354
25LYSLYSLYSLYS(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB1 - 3496 - 354
31LEULEULEULEU(chain C and ((resid 4 and (name N or name...CC49
32LYSLYSTHRTHR(chain C and ((resid 4 and (name N or name...CC1 - 3506 - 355
33LYSLYSTHRTHR(chain C and ((resid 4 and (name N or name...CC1 - 3506 - 355
34LYSLYSTHRTHR(chain C and ((resid 4 and (name N or name...CC1 - 3506 - 355
35LYSLYSTHRTHR(chain C and ((resid 4 and (name N or name...CC1 - 3506 - 355
41LEULEUTYRTYR(chain D and (resid 4 through 49 or (resid 50...DD4 - 499 - 54
42SERSERSERSER(chain D and (resid 4 through 49 or (resid 50...DD5055
43LEULEUPHEPHE(chain D and (resid 4 through 49 or (resid 50...DD4 - 3489 - 353
44LEULEUPHEPHE(chain D and (resid 4 through 49 or (resid 50...DD4 - 3489 - 353
45LEULEUPHEPHE(chain D and (resid 4 through 49 or (resid 50...DD4 - 3489 - 353
46LEULEUPHEPHE(chain D and (resid 4 through 49 or (resid 50...DD4 - 3489 - 353

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要素

#1: タンパク質
Poly [ADP-ribose] polymerase 1 / PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ...PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ADPRT 1 / Poly[ADP-ribose] synthase 1


分子量: 39580.262 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 660-1011 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP1, ADPRT, PPOL / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: P09874, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-8E3 / 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrofuro[2,3-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide


分子量: 300.288 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13FN4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH 7.5, 1% PEG400, 2.1M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.714 Å / Num. obs: 120032 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.859 % / Biso Wilson estimate: 40.42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 463165 / Scaling rejects: 23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.463.8620.532.8334312888788850.7750.617100
2.46-2.533.8660.4583.2433459865786550.8250.533100
2.53-2.63.8640.3843.8432551842884250.8730.446100
2.6-2.683.870.3234.4831689818981880.9160.376100
2.68-2.773.8740.2695.3130567789278910.9310.312100
2.77-2.873.8710.2116.6429823770477040.9580.245100
2.87-2.983.8710.1757.9128749742774260.9680.203100
2.98-3.13.8690.13110.0627365707370730.9820.153100
3.1-3.243.8680.10112.5726461684168410.9880.117100
3.24-3.393.8660.07715.6325158650865080.9930.09100
3.39-3.583.8640.06318.5424043622462230.9950.073100
3.58-3.793.8430.05221.5422468584658460.9960.061100
3.79-4.063.8230.04823.4621056550855080.9970.056100
4.06-4.383.7930.04326.5319553515651550.9970.05100
4.38-4.83.6750.03928.0617354472947220.9970.04699.9
4.8-5.373.9190.03929.3716759427642760.9980.045100
5.37-6.23.9380.04128.3714804376037590.9970.047100
6.2-7.593.9330.03830.0812435316231620.9980.044100
7.59-10.733.890.03434.639577246324620.9980.039100
10.73-48.7143.7660.03435.194982134513230.9980.0498.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.09 Å48.71 Å
Translation6.09 Å48.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.16モデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HHY

4hhy


解像度: 2.4→48.714 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 28.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 3598 3 %
Rwork0.2211 116420 -
obs0.2227 120018 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.41 Å2 / Biso mean: 45.8354 Å2 / Biso min: 14.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→48.714 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9562 0 168 164 9894
Biso mean--46.61 36.84 -
残基数----1338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01713506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071723
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3715842
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5006X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
12B5006X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
13C5006X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
14D5006X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.43160.35661390.275744524591
2.4316-2.46490.30811390.268944734612
2.4649-2.50010.30581400.267344884628
2.5001-2.53740.36571430.263944964639
2.5374-2.57710.35021370.255544644601
2.5771-2.61930.30811380.257145144652
2.6193-2.66450.29391330.248944544587
2.6645-2.71290.35431380.26445104648
2.7129-2.76510.32441390.267444324571
2.7651-2.82150.36941380.254345094647
2.8215-2.88290.27031410.257444694610
2.8829-2.94990.27831360.253244744610
2.9499-3.02370.3821360.256244574593
3.0237-3.10540.3061390.259344984637
3.1054-3.19680.33811420.255744634605
3.1968-3.29990.3381400.25244954635
3.2999-3.41790.31141370.241144634600
3.4179-3.55470.23771400.218245284668
3.5547-3.71640.26591370.214544634600
3.7164-3.91220.22471390.191244734612
3.9122-4.15720.25011360.184944804616
4.1572-4.4780.17591400.170444964636
4.478-4.92830.2331350.176644444579
4.9283-5.64050.24331380.200644844622
5.6405-7.10290.32171360.241244874623
7.1029-48.7240.22721420.193844544596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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