PDB-5hzn: Structure of NVP-AEW541 in complex with IGF-1R kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hzn

タイトル

Structure of NVP-AEW541 in complex with IGF-1R kinase

要素

Insulin-like growth factor 1 receptor

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

cardiac atrium development / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / protein kinase complex / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / negative regulation of muscle cell apoptotic process / cellular response to progesterone stimulus ...cardiac atrium development / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / protein kinase complex / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / negative regulation of muscle cell apoptotic process / cellular response to progesterone stimulus / positive regulation of DNA metabolic process / cellular response to zinc ion starvation / cellular response to aldosterone / cellular response to testosterone stimulus / insulin receptor complex / transcytosis / insulin-like growth factor I binding / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of protein-containing complex disassembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / response to alkaloid / regulation of JNK cascade / dendritic spine maintenance / insulin binding / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / response to L-glutamate / establishment of cell polarity / positive regulation of axon regeneration / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of cytokinesis / amyloid-beta clearance / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / insulin receptor substrate binding / cellular response to angiotensin / response to vitamin E / G-protein alpha-subunit binding / negative regulation of MAPK cascade / phosphatidylinositol 3-kinase binding / SHC-related events triggered by IGF1R / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / estrous cycle / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / T-tubule / cerebellum development / cellular response to dexamethasone stimulus / axonogenesis / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / hippocampus development / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to nicotine / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / insulin receptor binding / cellular response to estradiol stimulus / placental growth factor receptor activity / cellular response to glucose stimulus / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / caveola / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to amyloid-beta / cellular senescence / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / response to ethanol / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / immune response / cilium / positive regulation of cell migration / axon / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Cowan-Jacob, S.W.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Identification of a 5-[3-phenyl-(2-cyclic-ether)-methylether]-4-aminopyrrolo[2,3-d]pyrimidine series of IGF-1R inhibitors.
著者: Stauffer, F. / Cowan-Jacob, S.W. / Scheufler, C. / Furet, P.

履歴

登録	2016年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Refinement description
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hzn.cif.gz	484.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hzn.ent.gz	400.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hzn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hzn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hhwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y5f-d 7age-1 7agc-3 1u5r-1 3fv3-1 4y3i-d 2r6h-1 3fqg-d 4j96-1 1ewy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (11) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (8) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (3) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (11)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (8)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (3)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (3)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Insulin-like growth factor 1 receptor

B: Insulin-like growth factor 1 receptor

C: Insulin-like growth factor 1 receptor

D: Insulin-like growth factor 1 receptor

E: Insulin-like growth factor 1 receptor

F: Insulin-like growth factor 1 receptor

G: Insulin-like growth factor 1 receptor

H: Insulin-like growth factor 1 receptor

ヘテロ分子

282 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Insulin-like growth factor 1 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Insulin-like growth factor 1 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Insulin-like growth factor 1 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Insulin-like growth factor 1 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Insulin-like growth factor 1 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Insulin-like growth factor 1 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Insulin-like growth factor 1 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: Insulin-like growth factor 1 receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.435, 190.045, 155.488
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.220, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	CYS	CYS	1	A	A	980 - 1056	1 - 77
2	1	1	ALA	ALA	CYS	CYS	1	E	E	980 - 1056	1 - 77
1	2	1	ARG	ARG	GLY	GLY	1	A	A	1131 - 1149	152 - 170
2	2	1	ARG	ARG	GLY	GLY	1	E	E	1131 - 1149	152 - 170
1	3	1	PHE	PHE	LYS	LYS	1	A	A	1151 - 1283	172 - 304
2	3	1	PHE	PHE	LYS	LYS	1	E	E	1151 - 1283	172 - 304
1	4	1	HIS	HIS	VAL	VAL	1	A	A	1058 - 1129	79 - 150
2	4	1	HIS	HIS	VAL	VAL	1	E	E	1058 - 1129	79 - 150
1	1	2	ALA	ALA	CYS	CYS	1	B	B	980 - 1056	1 - 77
2	1	2	ALA	ALA	CYS	CYS	1	F	F	980 - 1056	1 - 77
1	2	2	ARG	ARG	GLY	GLY	1	B	B	1131 - 1149	152 - 170
2	2	2	ARG	ARG	GLY	GLY	1	F	F	1131 - 1149	152 - 170
1	3	2	PHE	PHE	LYS	LYS	1	B	B	1151 - 1283	172 - 304
2	3	2	PHE	PHE	LYS	LYS	1	F	F	1151 - 1283	172 - 304
1	4	2	HIS	HIS	VAL	VAL	1	B	B	1058 - 1129	79 - 150
2	4	2	HIS	HIS	VAL	VAL	1	F	F	1058 - 1129	79 - 150
1	1	3	ALA	ALA	LYS	LYS	1	C	C	980 - 1283	1 - 304
2	1	3	ALA	ALA	LYS	LYS	1	G	G	980 - 1283	1 - 304
1	1	4	ALA	ALA	CYS	CYS	1	D	D	980 - 1056	1 - 77
2	1	4	ALA	ALA	CYS	CYS	1	H	H	980 - 1056	1 - 77
1	2	4	HIS	HIS	GLY	GLY	1	D	D	1058 - 1149	79 - 170
2	2	4	HIS	HIS	GLY	GLY	1	H	H	1058 - 1149	79 - 170
1	3	4	PHE	PHE	ASN	ASN	1	D	D	1151 - 1282	172 - 303
2	3	4	PHE	PHE	ASN	ASN	1	H	H	1151 - 1282	172 - 303
1	1	5	ASP	ASP	GLY	GLY	4	A	A	982 - 1003	3 - 24
2	1	5	ASP	ASP	GLY	GLY	4	B	B	982 - 1003	3 - 24
3	1	5	ASP	ASP	GLY	GLY	4	C	C	982 - 1003	3 - 24
4	1	5	ASP	ASP	GLY	GLY	4	D	D	982 - 1003	3 - 24
1	2	5	GLY	GLY	VAL	VAL	4	A	A	1005 - 1032	26 - 53
2	2	5	GLY	GLY	VAL	VAL	4	B	B	1005 - 1032	26 - 53
3	2	5	GLY	GLY	VAL	VAL	4	C	C	1005 - 1032	26 - 53
4	2	5	GLY	GLY	VAL	VAL	4	D	D	1005 - 1032	26 - 53
1	1	6	ASP	ASP	GLY	GLY	4	E	E	982 - 1003	3 - 24
2	1	6	ASP	ASP	GLY	GLY	4	F	F	982 - 1003	3 - 24
3	1	6	ASP	ASP	GLY	GLY	4	G	G	982 - 1003	3 - 24
4	1	6	ASP	ASP	GLY	GLY	4	H	H	982 - 1003	3 - 24
1	2	6	GLY	GLY	VAL	VAL	4	E	E	1005 - 1032	26 - 53
2	2	6	GLY	GLY	VAL	VAL	4	F	F	1005 - 1032	26 - 53
3	2	6	GLY	GLY	VAL	VAL	4	G	G	1005 - 1032	26 - 53
4	2	6	GLY	GLY	VAL	VAL	4	H	H	1005 - 1032	26 - 53
1	1	7	ILE	ILE	ARG	ARG	4	A	A	1042 - 1092	63 - 113
2	1	7	ILE	ILE	ARG	ARG	4	B	B	1042 - 1092	63 - 113
3	1	7	ILE	ILE	ARG	ARG	4	C	C	1042 - 1092	63 - 113
4	1	7	ILE	ILE	ARG	ARG	4	D	D	1042 - 1092	63 - 113
1	1	8	ILE	ILE	ARG	ARG	4	E	E	1042 - 1092	63 - 113
2	1	8	ILE	ILE	ARG	ARG	4	F	F	1042 - 1092	63 - 113
3	1	8	ILE	ILE	ARG	ARG	4	G	G	1042 - 1092	63 - 113
4	1	8	ILE	ILE	ARG	ARG	4	H	H	1042 - 1092	63 - 113
1	1	9	ALA	ALA	LEU	LEU	4	A	A	1102 - 1170	123 - 191
2	1	9	ALA	ALA	LEU	LEU	4	B	B	1102 - 1170	123 - 191
3	1	9	ALA	ALA	LEU	LEU	4	C	C	1102 - 1170	123 - 191
4	1	9	ALA	ALA	LEU	LEU	4	D	D	1102 - 1170	123 - 191
1	1	10	ALA	ALA	LEU	LEU	4	E	E	1102 - 1170	123 - 191
2	1	10	ALA	ALA	LEU	LEU	4	F	F	1102 - 1170	123 - 191
3	1	10	ALA	ALA	LEU	LEU	4	G	G	1102 - 1170	123 - 191
4	1	10	ALA	ALA	LEU	LEU	4	H	H	1102 - 1170	123 - 191
1	1	11	LEU	LEU	SER	SER	4	A	A	1171 - 1279	192 - 300
2	1	11	LEU	LEU	SER	SER	4	B	B	1171 - 1279	192 - 300
3	1	11	LEU	LEU	SER	SER	4	C	C	1171 - 1279	192 - 300
4	1	11	LEU	LEU	SER	SER	4	D	D	1171 - 1279	192 - 300
1	1	12	LEU	LEU	SER	SER	4	E	E	1171 - 1279	192 - 300
2	1	12	LEU	LEU	SER	SER	4	F	F	1171 - 1279	192 - 300
3	1	12	LEU	LEU	SER	SER	4	G	G	1171 - 1279	192 - 300
4	1	12	LEU	LEU	SER	SER	4	H	H	1171 - 1279	192 - 300

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質	Insulin-like growth factor 1 receptor / Insulin-like growth factor I receptor / IGF-I receptor 分子量: 34607.758 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF1R / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P08069, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-66A / 7-[cis-3-(azetidin-1-ylmethyl)cyclobutyl]-5-[3-(benzyloxy)phenyl]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 分子量: 439.552 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉N₅O
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25 詳細: 25% PEG8000, 0.1M MES PH6.25, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 4% GLYCEROL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.97779 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97779 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 147785 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/av σ(I): 16.638 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.28	0.413	1	78.5
2.28-2.37	0.304	1	78.6
2.37-2.48	0.238	1	81
2.48-2.61	0.19	1	86.9
2.61-2.77	0.147	1	91.8
2.77-2.99	0.118	1	95.9
2.99-3.29	0.097	1	98.3
3.29-3.76	0.079	1	99.2
3.76-4.74	0.064	1	99.4
4.74-40	0.054	1	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.491 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.36

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	38.87 Å
Translation	4 Å	38.87 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.1.9999	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 9.71 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.2567 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.19

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2178	7403	5 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.1952	140330	90.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.49 Å² / B_iso mean: 45.611 Å² / B_iso min: 17.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.08 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	2.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18975	0	380	551	19906
B_iso mean	-	-	50.34	42.78	-
残基数	-	-	-	-	2383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	19811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.786	1.976	26749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.148	5	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.32	23.947	912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.003	15	3476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.621	15	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	2827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	14988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	9022
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	971
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.221	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.146	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.072	2	12277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.712	3	19094
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.227	4	8824
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.445	6	7623

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2331	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	2331	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
2	B	2331	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	B	2331	TIGHT THERMAL	0.25	0.5
3	C	2359	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	C	2359	TIGHT THERMAL	0.21	0.5
4	D	2396	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
4	D	2396	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
5	A	390	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
5	B	390	MEDIUM POSITIONAL	0.45	0.5
5	C	390	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
5	D	390	MEDIUM POSITIONAL	0.58	0.5
5	A	390	MEDIUM THERMAL	2.12	2
5	B	390	MEDIUM THERMAL	1.46	2
5	C	390	MEDIUM THERMAL	1.8	2
5	D	390	MEDIUM THERMAL	1.58	2
6	E	390	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
6	F	390	MEDIUM POSITIONAL	0.45	0.5
6	G	390	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
6	H	390	MEDIUM POSITIONAL	0.58	0.5
6	E	390	MEDIUM THERMAL	2.19	2
6	F	390	MEDIUM THERMAL	1.52	2
6	G	390	MEDIUM THERMAL	1.69	2
6	H	390	MEDIUM THERMAL	1.54	2
7	A	408	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
7	B	408	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
7	C	408	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
7	D	408	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
7	A	408	MEDIUM THERMAL	1.7	2
7	B	408	MEDIUM THERMAL	1.59	2
7	C	408	MEDIUM THERMAL	1.5	2
7	D	408	MEDIUM THERMAL	1.71	2
8	E	408	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
8	F	408	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
8	G	408	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
8	H	408	MEDIUM POSITIONAL	0.37	0.5
8	E	408	MEDIUM THERMAL	1.64	2
8	F	408	MEDIUM THERMAL	1.63	2
8	G	408	MEDIUM THERMAL	1.31	2
8	H	408	MEDIUM THERMAL	1.62	2
9	A	530	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
9	B	530	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
9	C	530	MEDIUM POSITIONAL	0.37	0.5
9	D	530	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
9	A	530	MEDIUM THERMAL	1.6	2
9	B	530	MEDIUM THERMAL	1.6	2
9	C	530	MEDIUM THERMAL	1.4	2
9	D	530	MEDIUM THERMAL	1.85	2
10	E	530	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
10	F	530	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
10	G	530	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
10	H	530	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
10	E	530	MEDIUM THERMAL	1.65	2
10	F	530	MEDIUM THERMAL	1.54	2
10	G	530	MEDIUM THERMAL	1.43	2
10	H	530	MEDIUM THERMAL	1.74	2
11	A	898	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
11	B	898	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
11	C	898	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
11	D	898	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
11	A	898	MEDIUM THERMAL	1.71	2
11	B	898	MEDIUM THERMAL	1.53	2
11	C	898	MEDIUM THERMAL	1.49	2
11	D	898	MEDIUM THERMAL	1.3	2
12	E	898	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
12	F	898	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
12	G	898	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
12	H	898	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
12	E	898	MEDIUM THERMAL	1.7	2
12	F	898	MEDIUM THERMAL	1.45	2
12	G	898	MEDIUM THERMAL	1.41	2
12	H	898	MEDIUM THERMAL	1.28	2

LS精密化シェル

解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.271	428
R_work	0.237	8563
all	-	8991

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)