PDB-6kkk: Crystal structure of Drug:Proton Antiporter-1 (DHA1) Family SotB,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kkk

タイトル

Crystal structure of Drug:Proton Antiporter-1 (DHA1) Family SotB, in the inward open conformation (H115A mutant)

要素

Sugar efflux transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MFS Transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transporter activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Xiao, Q.J. / Deng, D.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Visualizing the nonlinear changes of a drug-proton antiporter from inward-open to occluded state.
著者: Xiao, Q. / Sun, B. / Zhou, Y. / Wang, C. / Guo, L. / He, J. / Deng, D.

履歴

登録	2019年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kkk.cif.gz	223.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kkk.ent.gz	175.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kkk_validation.pdf.gz	891.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kkk_full_validation.pdf.gz	912.1 KB	表示
XML形式データ	6kkk_validation.xml.gz	44.1 KB	表示
CIF形式データ	6kkk_validation.cif.gz	59.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/6kkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/6kkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kkiC 6kkjC 6kklC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1z8o-d 4l36-1 5d3u-2 3khn-d 6pq6-d 5mnv-2 3prw-d 5k19-1 3q7n-d 6prr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sugar efflux transporter

B: Sugar efflux transporter

C: Sugar efflux transporter

ヘテロ分子

137 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sugar efflux transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sugar efflux transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Sugar efflux transporter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	261.618, 61.822, 122.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.420, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 8 through 133 or (resid 134...
2	1	(chain B and (resid 8 through 11 or (resid 12...
3	1	(chain C and (resid 8 through 11 or (resid 12...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain A and (resid 8 through 133 or (resid 134...	A	A	8 - 133	35 - 160
1	2	LYS	LYS	ALA	ALA	(chain A and (resid 8 through 133 or (resid 134...	A	A	134 - 138	161 - 165
1	3	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain A and (resid 8 through 133 or (resid 134...	A	A	8 - 392	35 - 419
1	4	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain A and (resid 8 through 133 or (resid 134...	A	A	8 - 392	35 - 419
1	5	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain A and (resid 8 through 133 or (resid 134...	A	A	8 - 392	35 - 419
1	6	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain A and (resid 8 through 133 or (resid 134...	A	A	8 - 392	35 - 419
2	1	ARG	ARG	ALA	ALA	(chain B and (resid 8 through 11 or (resid 12...	B	B	8 - 11	35 - 38
2	2	TRP	TRP	TRP	TRP	(chain B and (resid 8 through 11 or (resid 12...	B	B	12	39
2	3	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain B and (resid 8 through 11 or (resid 12...	B	B	8 - 392	35 - 419
2	4	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain B and (resid 8 through 11 or (resid 12...	B	B	8 - 392	35 - 419
2	5	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain B and (resid 8 through 11 or (resid 12...	B	B	8 - 392	35 - 419
3	1	ARG	ARG	ALA	ALA	(chain C and (resid 8 through 11 or (resid 12...	C	C	8 - 11	35 - 38
3	2	TRP	TRP	TRP	TRP	(chain C and (resid 8 through 11 or (resid 12...	C	C	12	39
3	3	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain C and (resid 8 through 11 or (resid 12...	C	C	8 - 392	35 - 419
3	4	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain C and (resid 8 through 11 or (resid 12...	C	C	8 - 392	35 - 419
3	5	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain C and (resid 8 through 11 or (resid 12...	C	C	8 - 392	35 - 419

#1: タンパク質

Sugar efflux transporter

分子量: 45423.926 Da / 分子数: 3 / 変異: H115A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: sotB, ydeA, b1528, JW1521 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31122

#2: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.09 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 30% PEG 400, 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.485→50 Å / Num. obs: 25106 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.185 / R_pim(I) all: 0.098 / R_rim(I) all: 0.21 / Χ²: 0.487 / Net I/σ(I): 4.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.5-3.63	3.7	0.604	2466	0.45	0.352	0.703	0.336	97.9
3.63-3.77	3.6	0.545	2444	0.468	0.326	0.639	0.337	98
3.77-3.94	4	0.47	2480	0.673	0.265	0.543	0.376	98.8
3.94-4.15	4.4	0.392	2508	0.796	0.21	0.447	0.392	99.2
4.15-4.41	4.5	0.303	2501	0.899	0.159	0.344	0.43	99.2
4.41-4.75	4.4	0.231	2510	0.927	0.123	0.263	0.503	99.5
4.75-5.23	4.8	0.224	2504	0.941	0.115	0.254	0.454	99.2
5.23-5.98	4.7	0.254	2509	0.929	0.13	0.286	0.416	98.9
5.98-7.53	4.8	0.151	2554	0.981	0.078	0.171	0.459	99.1
7.53-50	5.2	0.058	2630	0.995	0.029	0.065	0.956	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→47.176 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.48

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2674	1987	7.94 %
R_work	0.2311	-	-
obs	0.234	25024	98.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.21 Å² / B_iso mean: 70.0898 Å² / B_iso min: 29.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.5→47.176 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8430	0	63	0	8493
B_iso mean	-	-	71.5	-	-
残基数	-	-	-	-	1143

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3432	X-RAY DIFFRACTION	6.736	TORSIONAL
1	2	B	3432	X-RAY DIFFRACTION	6.736	TORSIONAL
1	3	C	3432	X-RAY DIFFRACTION	6.736	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.5-3.5716	0.3822	139	0.3213	1479	91
3.5716-3.6682	0.3278	127	0.3045	1626	97
3.6682-3.7761	0.311	145	0.2821	1584	97
3.7761-3.8979	0.3228	148	0.2766	1659	98
3.8979-4.0371	0.3156	132	0.2525	1629	99
4.0371-4.1987	0.3265	142	0.2571	1669	99
4.1987-4.3896	0.2921	148	0.2186	1650	99
4.3896-4.6209	0.2489	141	0.1915	1646	100
4.6209-4.9101	0.252	142	0.1878	1658	99
4.9101-5.2888	0.2488	140	0.1948	1671	100
5.2888-5.8201	0.2747	146	0.2134	1650	99
5.8201-6.6603	0.2978	147	0.2356	1676	99
6.6603-8.3836	0.1929	139	0.2087	1690	99
8.3836-47.176	0.2159	151	0.2283	1750	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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