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Yorodumi- PDB-6ar9: Crystal structure of hypoxanthine-guanine-xanthine phosphorybosyl... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6ar9 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of hypoxanthine-guanine-xanthine phosphorybosyltranferase in complex with [(2-{[2-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl][(E)-2-phosphonoethenyl]amino}ethoxy)methyl]phosphonic acid | ||||||
Components | (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Purine salvage / acyclic nucleoside phosphonates | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationxanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding ...xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.28 Å | ||||||
Authors | Teran, D. / Gudday, L.W. | ||||||
Citation | Journal: PLoS Negl Trop Dis / Year: 2018Title: Evaluation of the Trypanosoma brucei 6-oxopurine salvage pathway as a potential target for drug discovery. Authors: Dolezelova, E. / Teran, D. / Gahura, O. / Kotrbova, Z. / Prochazkova, M. / Keough, D. / Spacek, P. / Hockova, D. / Guddat, L. / Zikova, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6ar9.cif.gz | 539.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6ar9.ent.gz | 442.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6ar9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6ar9_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6ar9_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
| Data in XML | 6ar9_validation.xml.gz | 56.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6ar9_validation.cif.gz | 75.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6ar9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6ar9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6apsC ![]() 6aptC ![]() 6apuC ![]() 6apvC ![]() 6aqoC ![]() 6ap3 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 30654.998 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb10.70.6660 / Production host: ![]() #2: Protein | | Mass: 30638.998 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb10.70.6660 / Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-3L4 / [( #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.41 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Bis-Tris |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.95369 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 28, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.95369 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.28→48.75 Å / Num. obs: 68796 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.6 % / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 12.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.28→2.33 Å / Redundancy: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4561 / Rpim(I) all: 0.309 / % possible all: 98.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6AP3 ![]() 6ap3 Resolution: 2.28→44.762 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.64 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.28→44.762 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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