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- PDB-6ar9: Crystal structure of hypoxanthine-guanine-xanthine phosphorybosyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ar9
タイトルCrystal structure of hypoxanthine-guanine-xanthine phosphorybosyltranferase in complex with [(2-{[2-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl][(E)-2-phosphonoethenyl]amino}ethoxy)methyl]phosphonic acid
要素(Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative) x 2
キーワードTRANSFERASE / Purine salvage / acyclic nucleoside phosphonates
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding ...xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3L4 / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Teran, D. / Gudday, L.W.
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2018
タイトル: Evaluation of the Trypanosoma brucei 6-oxopurine salvage pathway as a potential target for drug discovery.
著者: Dolezelova, E. / Teran, D. / Gahura, O. / Kotrbova, Z. / Prochazkova, M. / Keough, D. / Spacek, P. / Hockova, D. / Guddat, L. / Zikova, A.
履歴
登録2017年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
E: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
F: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,71419
ポリマ－183,9146
非ポリマー2,80013
水11,205622
1
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2848
ポリマ－61,3102
非ポリマー9746
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
2
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1955
ポリマ－61,2942
非ポリマー9013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17420 Å2
手法PISA
3
E: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
F: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2356
ポリマ－61,3102
非ポリマー9254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.309, 107.338, 117.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative


分子量: 30654.998 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb10.70.6660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38CA1
#2: タンパク質 Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative


分子量: 30638.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb10.70.6660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38CA1
#3: 化合物
ChemComp-3L4 / [(2-{[2-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl][(E)-2-phosphonoethenyl]amino}ethoxy)methyl]phosphonic acid


分子量: 438.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N6O8P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→48.75 Å / Num. obs: 68796 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.28→2.33 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4561 / Rpim(I) all: 0.309 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AP3

6ap3
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.28→44.762 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2176 1999 2.91 %
Rwork0.1759 --
obs0.1771 68745 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→44.762 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10083 0 175 623 10881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310519
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5214247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.8678847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2801-2.33710.29771400.24524693X-RAY DIFFRACTION99
2.3371-2.40030.28071420.21724733X-RAY DIFFRACTION100
2.4003-2.47090.28841430.20374775X-RAY DIFFRACTION100
2.4709-2.55070.23431430.19794759X-RAY DIFFRACTION100
2.5507-2.64180.28361410.19854711X-RAY DIFFRACTION100
2.6418-2.74760.24331430.20264786X-RAY DIFFRACTION100
2.7476-2.87260.271430.20384749X-RAY DIFFRACTION100
2.8726-3.0240.24631420.19554760X-RAY DIFFRACTION100
3.024-3.21340.21281430.1894756X-RAY DIFFRACTION100
3.2134-3.46150.24831440.17514797X-RAY DIFFRACTION100
3.4615-3.80960.18291420.15664781X-RAY DIFFRACTION100
3.8096-4.36050.17271440.14274790X-RAY DIFFRACTION100
4.3605-5.49220.17881440.14194796X-RAY DIFFRACTION100
5.4922-44.77110.19131450.17874860X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.2717-3.7613-0.96422.15842.1479.1198-0.44170.2824-0.18260.27080.14190.15020.4415-0.40520.3770.3321-0.01550.06120.2945-0.00430.3144-21.0598-21.8232-51.0895
26.46942.34760.37392.50750.35460.9514-0.07820.2348-0.5448-0.03980.012-0.12680.119-0.21070.07250.22780.0443-0.02230.192-0.01420.166-6.7884-15.1676-51.8235
38.23981.11681.5821.51570.54815.8105-0.01660.15580.13460.01550.0502-0.25440.01120.3639-0.07640.22240.01420.03520.17840.02130.39922.7203-0.5695-45.9366
44.1431.4798-0.4151.5553-0.24532.7408-0.0310.14730.193-0.1549-0.04710.0892-0.0091-0.11050.06250.21760.03210.00840.195-0.01350.2331.5127-5.9338-44.7708
54.22760.87710.98613.3543-0.954.32220.17110.02330.30840.1122-0.17950.2018-0.1231-0.28750.03060.147-0.0085-0.00770.1824-0.00530.23596.9405-4.1575-43.6002
62.32890.16272.18141.7963-1.31774.20760.0372-0.26690.74490.3632-0.1210.674-1.0201-0.67020.10340.40650.08720.07940.2964-0.06470.5256.50818.3934-42.7715
77.13523.27872.00261.5831.25512.53910.15120.03370.3333-0.2474-0.1859-0.11130.0262-0.18620.1230.28890.01620.00860.1712-0.01620.32510.22090.1151-52.5115
84.94755.89734.33247.97394.55164.2158-0.14470.44121.5455-0.3539-0.27130.5934-0.3623-0.17090.44890.39320.04620.03280.31570.07490.48523.068210.6771-52.9003
95.86191.34721.911.16891.2681.4031-0.28960.57450.0826-0.34420.21020.0898-0.32160.07840.03540.32140.0404-0.0210.23360.04180.222-3.0628-1.0359-58.1204
100.9979-0.7157-0.73643.18941.74263.7764-0.0734-0.12210.1975-0.1553-0.0820.4326-0.3087-0.33670.13780.21790.0799-0.0360.3065-0.03570.2965-18.5375-5.2777-45.8174
117.94741.18965.08953.10350.48186.1717-0.2837-0.12790.8539-0.49150.09140.4352-0.5488-0.8040.2920.61560.2813-0.01930.7085-0.07770.6063-39.9874-7.3608-73.7029
124.1158-0.29622.23551.9424-1.05493.2846-0.21760.19020.48060.05190.16110.3321-0.3813-0.40450.07450.27780.0870.04010.3605-0.01540.2972-26.1234-13.1212-69.6406
134.0884-0.51472.17043.2488-0.0783.90750.12250.1267-0.1014-0.1044-0.1026-0.19110.05550.1301-0.00890.169-0.00720.07310.1525-0.00810.1508-5.2449-23.6674-70.9208
144.9116-0.19560.55825.9481-0.03164.2982-0.03320.3524-0.5251-0.5398-0.1685-0.0260.467-0.31630.14860.24480.00070.04710.247-0.040.2259-9.1208-30.2493-75.1963
158.6675-2.3602-0.68841.43520.15511.34390.03250.0984-0.53620.1189-0.13230.2850.2051-0.35440.0810.2468-0.04470.00190.2917-0.01670.2649-17.4089-32.1309-65.9117
162.5505-0.92260.83492.1858-0.28881.14090.01-0.1704-0.1579-0.02920.04210.41540.1784-0.5265-0.07080.224-0.04530.04670.4515-0.00060.3088-28.6238-25.4934-68.2217
172.219-0.8626-1.01231.81760.62132.0081-0.3742-0.1141-0.4623-0.20980.09030.71670.1098-0.4530.30810.3098-0.0168-0.04040.62940.01210.5565-37.3223-22.9748-78.677
183.9932.14460.98172.32560.73051.8038-0.2371-0.34390.24930.04510.01320.1147-0.3503-0.00850.25330.43740.0291-0.04230.2520.01030.234-9.2785-6.0783-85.8098
194.6333-0.53161.66512.8110.54514.4181-0.03660.0504-0.2719-0.21340.05760.52880.041-0.6397-0.00710.3249-0.0379-0.07440.33440.00370.3379-29.7517-21.9131-90.4378
203.49911.46830.79351.92940.82771.06730.05020.0236-0.2755-0.1943-0.0159-0.00510.1749-0.0569-0.02810.4126-0.015-0.0480.2366-0.00350.2071-16.6796-23.5265-98.143
211.06080.48670.63553.166-1.36062.1374-0.08910.0435-0.0806-0.2362-0.1715-0.1877-0.05310.21720.2480.24090.0360.00840.28250.0230.1948-0.668-18.3895-82.5409
224.6483-0.7460.034.47571.944.683-0.27790.0277-0.226-0.01450.1012-0.36020.08510.36810.19840.31240.03540.0610.21660.06560.268415.7613-22.0182-33.9204
235.9884-3.35860.44673.5455-0.90030.9247-0.1042-0.3136-0.28060.21320.11820.4153-0.0451-0.2852-0.02040.26880.0007-0.01690.3026-0.01810.2457-18.4525-10.3149-30.2716
242.96781.86210.22251.14280.33681.74250.0053-0.189-0.1760.1563-0.0437-0.13140.2347-0.01070.01060.23310.0427-0.00840.2084-0.01220.2393-6.0797-8.0671-34.3012
254.96882.11510.56518.83371.17263.86570.0126-0.51610.3215-0.120.04080.3079-0.0808-0.1278-0.03880.17660.06620.03330.3227-0.0010.1976-11.2788-5.8389-34.5747
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294.5080.21992.69810.8786-0.03351.8742-0.0976-0.47990.04440.1521-0.0114-0.0044-0.3-0.40470.1310.31140.0441-0.0270.30340.01690.211.9361-10.2504-19.3068
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315.60120.81992.76441.75050.31232.813-0.20530.154-0.2189-0.22270.20010.0971-0.1104-0.12790.03370.3435-0.007-0.00920.23060.05570.22724.3738-31.0291-23.7997
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352.17693.82123.31188.4113.07869.3938-0.08180.36580.7236-0.6272-0.0533-0.31740.15690.2640.22660.4001-0.01250.08530.26860.03620.302632.6929-47.1175-26.4058
369.68072.1641-2.01551.5747-0.02651.4495-0.20940.39850.0318-0.15070.14120.00490.1614-0.04270.06250.32790.0069-0.01510.1821-0.00550.226918.4773-50.381-21.0634
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384.9620.9707-1.39981.54440.16364.26430.0707-0.1268-0.0653-0.0234-0.07980.1240.1495-0.23920.00380.2764-0.01050.01560.18320.00260.20063.0724-46.6705-11.0524
395.2341-3.5912-1.71172.8620.81671.7666-0.082-0.42380.4440.40490.2356-0.16120.12350.0086-0.15530.4484-0.06210.05740.32760.01460.32065.6476-50.9643-1.969
404.4453-3.8039-3.27043.53562.39422.8853-0.0496-1.5049-0.6840.2430.26290.45930.32190.3417-0.19610.5921-0.07240.07260.42780.10140.35756.6021-57.84193.1051
414.42040.6757-0.81730.9632-0.20481.145-0.052-0.1752-0.20370.2203-0.0070.08070.24510.06990.08050.38810.01990.00020.2170.0150.263716.7328-56.2346-8.6998
420.43930.2602-0.32292.8713.79576.527-0.228-0.1090.03420.20370.4434-0.33930.24931.0434-0.25790.27690.0503-0.05050.31860.00910.296430.419-45.6342-9.3837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 55 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 79 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 80 through 101 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 113 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 114 through 141 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 142 through 153 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 154 through 167 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 168 through 203 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 204 through 234 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 8 through 19 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 20 through 55 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 56 through 102 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 103 through 141 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 142 through 183 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 184 through 213 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 214 through 234 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 9 through 55 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 56 through 113 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 114 through 203 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 204 through 234 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 9 through 36 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 37 through 79 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 80 through 101 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 102 through 113 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 114 through 153 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 154 through 167 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 168 through 183 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 184 through 203 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 204 through 234 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 9 through 55 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 56 through 135 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 136 through 193 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 194 through 234 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 8 through 19 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 20 through 55 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 56 through 70 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 71 through 113 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 114 through 153 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 154 through 167 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 168 through 213 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 214 through 234 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る