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- PDB-6ar9: Crystal structure of hypoxanthine-guanine-xanthine phosphorybosyl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ar9 | ||||||
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Title | Crystal structure of hypoxanthine-guanine-xanthine phosphorybosyltranferase in complex with [(2-{[2-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl][(E)-2-phosphonoethenyl]amino}ethoxy)methyl]phosphonic acid | ||||||
![]() | (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative) x 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Purine salvage / acyclic nucleoside phosphonates | ||||||
Function / homology | ![]() xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / nucleotide binding ...xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Teran, D. / Gudday, L.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Evaluation of the Trypanosoma brucei 6-oxopurine salvage pathway as a potential target for drug discovery. Authors: Dolezelova, E. / Teran, D. / Gahura, O. / Kotrbova, Z. / Prochazkova, M. / Keough, D. / Spacek, P. / Hockova, D. / Guddat, L. / Zikova, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 442.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Data in XML | ![]() | 56.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 75.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6apsC ![]() 6aptC ![]() 6apuC ![]() 6apvC ![]() 6aqoC ![]() 6ap3 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30654.998 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb10.70.6660 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | | Mass: 30638.998 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb10.70.6660 / Production host: ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-3L4 / [( #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Bis-Tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 28, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95369 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.28→48.75 Å / Num. obs: 68796 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.6 % / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.28→2.33 Å / Redundancy: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4561 / Rpim(I) all: 0.309 / % possible all: 98.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6AP3 ![]() 6ap3 Resolution: 2.28→44.762 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.28→44.762 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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