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Yorodumi- PDB-6aps: Trypanosoma brucei hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6aps | ||||||
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Title | Trypanosoma brucei hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with [(2-((Guanine-9H-yl)methyl)propane-1,3 diyl)bis(oxy)]bis(methylene))diphosphonic acid | ||||||
Components | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Trypanosoma brucei / Purine salvage / acyclic nucleoside biphosphonate | ||||||
Function / homology | Function and homology information hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / glycosome / nuclear lumen / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding ...hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / glycosome / nuclear lumen / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.762 Å | ||||||
Authors | Teran, D. / Guddat, L.W. | ||||||
Citation | Journal: PLoS Negl Trop Dis / Year: 2018 Title: Evaluation of the Trypanosoma brucei 6-oxopurine salvage pathway as a potential target for drug discovery. Authors: Dolezelova, E. / Teran, D. / Gahura, O. / Kotrbova, Z. / Prochazkova, M. / Keough, D. / Spacek, P. / Hockova, D. / Guddat, L. / Zikova, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6aps.cif.gz | 172.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6aps.ent.gz | 135.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6aps.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6aps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6aps | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6aptC 6apuC 6apvC 6aqoC 6ar9C 5jsqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 24221.775 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) / Gene: HGPRT / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q07010, hypoxanthine phosphoribosyltransferase |
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-Non-polymers , 6 types, 380 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate and 0.1 M Bis-Tris PH range: 5-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95369 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95369 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.76→46.94 Å / Num. obs: 44556 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.7 % / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.76→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2210 / Rpim(I) all: 0.561 / % possible all: 85.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5JSQ Resolution: 1.762→42.575 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.762→42.575 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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