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- PDB-6h6k: The structure of the FKR mutant of the archaeal translation initi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h6k
タイトルThe structure of the FKR mutant of the archaeal translation initiation factor 2 gamma subunit in complex with GDPCP, obtained in the absence of magnesium salts in the crystallization solution.
要素Translation initiation factor 2 subunit gamma
キーワードTRANSLATION / translation initiation / aIF2 / aIF2gamma / aIF2gamma switches / G-protein / GTP-binding domain / translation GTPases / GTP hydrolysis / conformational changes / magnesium ions
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / tRNA binding / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 2, gamma subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...Translation initiation factor 2, gamma subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Translation initiation factor 2 subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nikonov, O. / Kravchenko, O. / Nevskaya, N. / Stolboushkina, E. / Gabdulkhakov, A. / Garber, M. / Nikonov, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: The third structural switch in the archaeal translation initiation factor 2 (aIF2) molecule and its possible role in the initiation of GTP hydrolysis and the removal of aIF2 from the ribosome.
著者: Nikonov, O. / Kravchenko, O. / Nevskaya, N. / Stolboushkina, E. / Garber, M. / Nikonov, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2004
タイトル: Coot: model-building tools for molecular graphics.
著者: Paul Emsley / Kevin Cowtan /
要旨: CCP4mg is a project that aims to provide a general-purpose tool for structural biologists, providing tools for X-ray structure solution, structure comparison and analysis, and publication-quality ...CCP4mg is a project that aims to provide a general-purpose tool for structural biologists, providing tools for X-ray structure solution, structure comparison and analysis, and publication-quality graphics. The map-fitting tools are available as a stand-alone package, distributed as 'Coot'.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2005
タイトル: Likelihood-enhanced fast translation functions.
著者: McCoy, A.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Storoni, L.C. / Read, R.J.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2010
タイトル: Integration, scaling, space-group assignment and post-refinement.
著者: Kabsch, W.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2002
タイトル: PHENIX: building new software for automated crystallographic structure determination.
著者: Adams, P.D. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Hung, L.W. / Ioerger, T.R. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Read, R.J. / Sacchettini, J.C. / Sauter, N.K. / Terwilliger, T.C.
履歴
登録2018年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor 2 subunit gamma
B: Translation initiation factor 2 subunit gamma
C: Translation initiation factor 2 subunit gamma
D: Translation initiation factor 2 subunit gamma
E: Translation initiation factor 2 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,13720
ポリマ－228,1455
非ポリマー2,99215
水14,970831
1
A: Translation initiation factor 2 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2195
ポリマ－45,6291
非ポリマー5904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Translation initiation factor 2 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2195
ポリマ－45,6291
非ポリマー5904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Translation initiation factor 2 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3365
ポリマ－45,6291
非ポリマー7074
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Translation initiation factor 2 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2123
ポリマ－45,6291
非ポリマー5832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Translation initiation factor 2 subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1502
ポリマ－45,6291
非ポリマー5211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.710, 76.750, 146.790
Angle α, β, γ (deg.)101.463, 92.077, 95.974
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Translation initiation factor 2 subunit gamma / aIF2-gamma / eIF-2-gamma


分子量: 45628.918 Da / 分子数: 5 / 変異: Phe221Ala, Lys225Ala, Arg280Ala / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutations: Phe221Ala, Lys225Ala, Arg280Ala
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: eif2g, SSO0412 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q980A5
#2: 化合物
ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.14 %
結晶化温度: 301.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Sodium chloride, 2-mercaptoethanol, Tris-HCl, sodium malonate, GDPCP, ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→20.03 Å / Num. obs: 235926 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 1.84 % / Biso Wilson estimate: 43.02 Å2 / Net I/σ(I): 7.53
反射 シェル解像度: 1.91→2 Å / 冗長度: 1.17 % / Mean I/σ(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 20932 / % possible all: 62.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4rjl

4rjl


解像度: 2→20.03 Å / SU ML: 0.2785 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.3853
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 10794 5.02 %
Rwork0.2157 --
obs0.2173 214954 97.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 61.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15789 0 182 831 16802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002316265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.585222089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04812586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00412763
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.11049889
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.35913560.35886343X-RAY DIFFRACTION90.42
2.02-2.050.37293610.34366686X-RAY DIFFRACTION97.05
2.05-2.070.35683680.33116856X-RAY DIFFRACTION97.27
2.07-2.10.32293650.31816715X-RAY DIFFRACTION97.31
2.1-2.130.37173720.31716793X-RAY DIFFRACTION97.51
2.13-2.150.30043300.29496788X-RAY DIFFRACTION97.29
2.15-2.190.30013840.28716800X-RAY DIFFRACTION97.6
2.19-2.220.32273700.28876725X-RAY DIFFRACTION97.5
2.22-2.250.29633730.27686833X-RAY DIFFRACTION97.68
2.25-2.290.30483430.27436772X-RAY DIFFRACTION97.72
2.29-2.330.32413490.27086934X-RAY DIFFRACTION97.89
2.33-2.370.28743290.25876747X-RAY DIFFRACTION97.75
2.37-2.420.28483450.25756808X-RAY DIFFRACTION97.96
2.42-2.470.32463820.26056794X-RAY DIFFRACTION98.06
2.47-2.520.29963300.2616846X-RAY DIFFRACTION98.05
2.52-2.580.2873620.25566889X-RAY DIFFRACTION98.2
2.58-2.640.30453690.25256903X-RAY DIFFRACTION98.31
2.64-2.710.28953890.25216777X-RAY DIFFRACTION98.26
2.71-2.790.3063520.23716826X-RAY DIFFRACTION98.37
2.79-2.880.27193480.23226864X-RAY DIFFRACTION98.38
2.88-2.990.2693930.22876815X-RAY DIFFRACTION98.59
2.99-3.10.25893850.22776846X-RAY DIFFRACTION98.66
3.1-3.250.25783970.21366859X-RAY DIFFRACTION98.65
3.25-3.420.24493490.21416879X-RAY DIFFRACTION98.7
3.42-3.630.23773490.20086897X-RAY DIFFRACTION98.83
3.63-3.910.21553440.18926918X-RAY DIFFRACTION98.84
3.91-4.30.21543480.17736909X-RAY DIFFRACTION99.03
4.3-4.910.20273530.1726907X-RAY DIFFRACTION99.07
4.91-6.160.19733840.18646888X-RAY DIFFRACTION99.32
6.16-20.030.21173150.19336543X-RAY DIFFRACTION93.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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