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Yorodumi- PDB-6mxc: Crystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine-xant... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6mxc | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltranferase in complex with GMP | ||||||
Components | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / 6-oxopurine PRTs / Trypanosoma brucei / Purine salvage | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationxanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / nuclear lumen / phosphate ion binding ...xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / nuclear lumen / phosphate ion binding / magnesium ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.993 Å | ||||||
Authors | Teran, D. / Guddat, L. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2019Title: Crystal structures of Trypanosoma brucei hypoxanthine - guanine - xanthine phosphoribosyltransferase in complex with IMP, GMP and XMP. Authors: Teran, D. / Dolezelova, E. / Keough, D.T. / Hockova, D. / Zikova, A. / Guddat, L.W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 6mxc.cif.gz | 563.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6mxc.ent.gz | 461.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6mxc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6mxc_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6mxc_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
| Data in XML | 6mxc_validation.xml.gz | 64 KB | Display | |
| Data in CIF | 6mxc_validation.cif.gz | 92.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxc | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6mxbC ![]() 6mxdC ![]() 6mxgC ![]() 6ap2 C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 30638.998 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb10.70.6660 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-5GP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.65 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulphate and 0.1 M Bis-Tris pH 5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 6, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.99→44.744 Å / Num. obs: 102156 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 11.3 |
| Reflection shell | Resolution: 1.99→2.03 Å / Redundancy: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4961 / Rpim(I) all: 0.213 / % possible all: 98.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6AP2 ![]() 6ap2 Resolution: 1.993→44.744 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.02 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.993→44.744 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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X-RAY DIFFRACTION
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