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Yorodumi- PDB-6mxd: Crystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine-xant... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mxd | ||||||
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Title | Crystal structure of Trypanosoma brucei hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltranferase in complex with IMP | ||||||
Components | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase, putative | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / 6-oxopurine PRTs / Purine salvage | ||||||
Function / homology | Function and homology information xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / GMP salvage / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding ...xanthine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / GMP salvage / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / glycosome / phosphate ion binding / magnesium ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.96 Å | ||||||
Authors | Teran, D. / Guddat, L. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2019 Title: Crystal structures of Trypanosoma brucei hypoxanthine - guanine - xanthine phosphoribosyltransferase in complex with IMP, GMP and XMP. Authors: Teran, D. / Dolezelova, E. / Keough, D.T. / Hockova, D. / Zikova, A. / Guddat, L.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mxd.cif.gz | 356.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mxd.ent.gz | 290.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mxd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/6mxd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6mxbC 6mxcC 6mxgC 1tc2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30638.998 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (eukaryote) Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb10.70.6660 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q38CA1 #2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulphate and 0.1 M Bis-Tris pH 5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 6, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.96→47.268 Å / Num. obs: 20692 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 3.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.96→3.14 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 6539 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1TC2 Resolution: 2.96→47.27 Å / SU ML: 0.48 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 30.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.96→47.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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