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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mtj | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of a Homoserine Dehydrogenase from Thiobacillus denitrificans to 2.15A | ||||||
要素 | Homoserine dehydrogenaseホモセリンデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann-fold / PSI / MCSG / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ホモセリンデヒドロゲナーゼ / homoserine dehydrogenase activity / threonine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thiobacillus denitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Stein, A.J. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The Crystal Structure of a Homoserine Dehydrogenase from Thiobacillus denitrificans to 2.15A 著者: Stein, A.J. / Cui, H. / Chin, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mtj.cif.gz | 177.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mtj.ent.gz | 150.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mtj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mtj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mtj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48389.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thiobacillus denitrificans (バクテリア) 株: ATCC 25259 / 遺伝子: Tbd_0843 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q3SKI5, ホモセリンデヒドロゲナーゼ | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 29384 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.787 / Net I/σ(I): 8.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.15→46.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 13.271 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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