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- PDB-6tak: Crystal structure of Escherichia coli Orotate Phosphoribosyltrans... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tak | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Escherichia coli Orotate Phosphoribosyltransferase in complex with Orotic acid and Sulfate at 1.25 Angstrom resolution | ||||||||||||
![]() | Orotate phosphoribosyltransferase | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / Orotate phosphoribosyltransferase (OPRT) / Orotic acid / Sulfate | ||||||||||||
Function / homology | ![]() pyrimidine ribonucleoside biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Navas-Yuste, S. / Lopez-Estepa, M. / Gomez, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Elucidating the Catalytic Reaction Mechanism of Orotate Phosphoribosyltransferase by Means of X-ray Crystallography and Computational Simulations Authors: Roca, M. / Navas-Yuste, S. / Zinovjev, K. / Lopez-Estepa, M. / Gomez, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. / Tunon, I. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 4.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6taiSC ![]() 6tajC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23594.967 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: pyrE, b3642, JW3617 / Plasmid: pET21b / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P0A7E3, orotate phosphoribosyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.44 % / Description: Cubic, bipyramidal, and rhombohedral plates |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.8 Details: 2.1 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.3 M sodium citrate (pH 4.8) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 21, 2019 / Details: Kirkpatrick-Baez (KB) focusing mirrors |
Radiation | Monochromator: Channel-cut Si(111), cryocooled / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.25→47.72 Å / Num. obs: 452457 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 17.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 13.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.25→1.28 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 1.386 / Num. unique obs: 12799 / CC1/2: 0.292 / Rpim(I) all: 1.001 / Rrim(I) all: 1.722 / % possible all: 68.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: wwPDB 6TAI Resolution: 1.25→47.72 Å / SU ML: 0.2551 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.2545
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.25→47.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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