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- PDB-3twr: Crystal structure of ARC4 from human Tankyrase 2 in complex with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3twr | ||||||
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Title | Crystal structure of ARC4 from human Tankyrase 2 in complex with peptide from human 3BP2 | ||||||
![]() |
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![]() | SIGNALING PROTEIN/PEPTIDE / ankyrin repeat / protein-protein interaction / substrate recruitment / poly(ADP-ribosyl)ation / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE complex | ||||||
Function / homology | ![]() XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases ...XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / phosphotyrosine residue binding / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / SH3 domain binding / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / signal transduction / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guettler, S. / Sicheri, F. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis and sequence rules for substrate recognition by tankyrase explain the basis for cherubism disease. Authors: Guettler, S. / Larose, J. / Petsalaki, E. / Gish, G. / Scotter, A. / Pawson, T. / Rottapel, R. / Sicheri, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 35.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 51.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3twqC ![]() 3twsC ![]() 3twtC ![]() 3twuC ![]() 3twvC ![]() 3twwC ![]() 3twxC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 17851.180 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 484-649 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1824.029 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Details: solid-state synthesized peptide / Source: (synth.) ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.1 M MES-NaOH pH 6.0, 2% (v/v) PEG 400, 2.5 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→50 Å / Num. all: 121902 / Num. obs: 121902 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 30.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.61 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.966 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→33.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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