+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tk3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cytochrome P450 2B4 mutant L437A in complex with 4-(4-chlorophenyl)imidazole | ||||||
要素 | Cytochrome P450 2B4 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / P450 / cytochrome P450 2B4 / monooxygenase / membrane protein / CYP 2B4 / CYP LM2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / unspecific monooxygenase / aromatase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8001 Å | ||||||
データ登録者 | Gay, S.C. / Jang, H.H. / Wilderman, P.R. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2012 タイトル: Investigation by site-directed mutagenesis of the role of cytochrome P450 2B4 non-active-site residues in protein-ligand interactions based on crystal structures of the ligand-bound enzyme. 著者: Wilderman, P.R. / Gay, S.C. / Jang, H.H. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structure of microsomal cytochrome P450 2B4 complexed with the antifungal drug bifonazole: insight into P450 conformational plasticity and membrane interaction. 著者: Zhao, Y. / White, M.A. / Muralidhara, B.K. / Sun, L. / Halpert, J.R. / Stout, C.D. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Structure of mammalian cytochrome P450 2B4 complexed with 4-(4-chlorophenyl)imidazole at 1.9-A resolution: insight into the range of P450 conformations and the coordination of redox partner binding. 著者: Scott, E.E. / White, M.A. / He, Y.A. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: An open conformation of mammalian cytochrome P450 2B4 at 1.6-A resolution. 著者: Scott, E.E. / He, Y.A. / Wester, M.R. / White, M.A. / Chin, C.C. / Halpert, J.R. / Johnson, E.F. / Stout, C.D. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: Structural and thermodynamic consequences of 1-(4-chlorophenyl)imidazole binding to cytochrome P450 2B4. 著者: Zhao, Y. / Sun, L. / Muralidhara, B.K. / Kumar, S. / White, M.A. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Crystal structures of cytochrome P450 2B4 in complex with the inhibitor 1-biphenyl-4-methyl-1H-imidazole: ligand-induced structural response through alpha-helical repositioning. 著者: Gay, S.C. / Sun, L. / Maekawa, K. / Halpert, J.R. / Stout, C.D. #6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Structures of cytochrome P450 2B4 complexed with the antiplatelet drugs ticlopidine and clopidogrel . 著者: Gay, S.C. / Roberts, A.G. / Maekawa, K. / Talakad, J.C. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Plasticity of cytochrome P450 2B4 as investigated by hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry and X-ray crystallography. 著者: Wilderman, P.R. / Shah, M.B. / Liu, T. / Li, S. / Hsu, S. / Roberts, A.G. / Goodlett, D.R. / Zhang, Q. / Woods, V.L. / Stout, C.D. / Halpert, J.R. #8: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011 タイトル: Structural Analysis of Mammalian Cytochrome P450 2B4 Covalently Bound to the Mechanism-Based Inactivator tert-Butylphenylacetylene: Insight into Partial Enzymatic Activity 著者: C Gay, S. / Zhang, H. / Wilderman, P.R. / Roberts, A.G. / Liu, T. / Li, S. / Lin, H.L. / Woods Jr., V.L. / Stout, C.D. / Hollenberg, P.F. / Halpert, J.R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tk3.cif.gz | 383.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3tk3.ent.gz | 311.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tk3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3tk3_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3tk3_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3tk3_validation.xml.gz | 76.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3tk3_validation.cif.gz | 102.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/3tk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/3tk3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1suoS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54127.004 Da / 分子数: 4 変異: E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, H226Y, L437A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CYP2B4 / プラスミド: PKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3 / 参照: UniProt: P00178, unspecific monooxygenase #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-CPZ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHORS INFORMED THAT THE GENBANK SEQUENCE IS THOUGHT TO CONTAIN A SEQUENCING | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.14 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 8000, 0.2 M calcium acetate, pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→76.24 Å / Num. all: 85144 / Num. obs: 84142 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 53.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rsym value: 0.201 / Net I/σ(I): 5.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Rfactor: 34.47 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 1SUO 解像度: 2.8001→50.426 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8303 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.95 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.402 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.88 Å2 / Biso mean: 52.2929 Å2 / Biso min: 19.84 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8001→50.426 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|