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- PDB-3tje: Crystal structure of Fas receptor extracellular domain in complex... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tje | ||||||
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Title | Crystal structure of Fas receptor extracellular domain in complex with Fab E09 | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Agonistic antibody / Fab fragment / antibody-receptor complex / tumor necrosis factor receptor / cysteine-rich domain / Fas | ||||||
Function / homology | ![]() Fas signaling pathway / cellular response to hyperoxia / FasL/ CD95L signaling / tumor necrosis factor receptor activity / CD95 death-inducing signaling complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand ...Fas signaling pathway / cellular response to hyperoxia / FasL/ CD95L signaling / tumor necrosis factor receptor activity / CD95 death-inducing signaling complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / necroptotic signaling pathway / death-inducing signaling complex / motor neuron apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of stress-activated MAPK cascade / activation-induced cell death of T cells / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / kinase binding / cellular response to mechanical stimulus / signaling receptor activity / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / nuclear body / calmodulin binding / positive regulation of protein phosphorylation / immune response / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / external side of plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zuger, S. / Stirnimann, C. / Briand, C. / Grutter, M.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: A series of Fas receptor agonist antibodies that demonstrate an inverse correlation between affinity and potency. Authors: Chodorge, M. / Zuger, S. / Stirnimann, C. / Briand, C. / Jermutus, L. / Grutter, M.G. / Minter, R.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 265.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 463.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3thmC ![]() 1gigS ![]() 2h9gS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules F
#3: Protein | Mass: 17500.758 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules LH
#1: Antibody | Mass: 23358.947 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 25790.799 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 403 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 20% PEG4000, 5 mM CdCl2, 100 mM Tris/HOAc, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 30, 2007 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.93→50.848 Å / Num. obs: 61296 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 41.611 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 22.51 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRIES 2H9G, 1GIG Resolution: 1.93→46.09 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / SU ML: 0.7 / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.962 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 183.24 Å2 / Biso mean: 50.9624 Å2 / Biso min: 20.07 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.93→46.09 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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