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- PDB-3thm: Crystal structure of Fas receptor extracellular domain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3thm
タイトルCrystal structure of Fas receptor extracellular domain in complex with Fab EP6b_B01
要素
  • (Fab EP6b_B01, ...) x 2
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6
キーワードIMMUNE SYSTEM / Agonistic antibody / Fab fragment / antibody-receptor complex / tumor necrosis factor receptor / cysteine-rich domain / Fas
機能・相同性
機能・相同性情報


Fas signaling pathway / cellular response to hyperoxia / FasL/ CD95L signaling / tumor necrosis factor receptor activity / CD95 death-inducing signaling complex / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / necroptotic signaling pathway ...Fas signaling pathway / cellular response to hyperoxia / FasL/ CD95L signaling / tumor necrosis factor receptor activity / CD95 death-inducing signaling complex / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / necroptotic signaling pathway / death-inducing signaling complex / motor neuron apoptotic process / activation-induced cell death of T cells / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / kinase binding / cellular response to mechanical stimulus / signaling receptor activity / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / calmodulin binding / nuclear body / immune response / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / external side of plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fas receptor / Fas receptor, death domain / Fas receptor, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region ...Fas receptor / Fas receptor, death domain / Fas receptor, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zuger, S. / Stirnimann, C. / Briand, C. / Grutter, M.G.
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2012
タイトル: A series of Fas receptor agonist antibodies that demonstrate an inverse correlation between affinity and potency.
著者: Chodorge, M. / Zuger, S. / Stirnimann, C. / Briand, C. / Jermutus, L. / Grutter, M.G. / Minter, R.R.
履歴
登録2011年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab EP6b_B01, light chain
H: Fab EP6b_B01, heavy chain
F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7059
ポリマ－66,8243
非ポリマー8816
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area24140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.510, 94.510, 139.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Fab EP6b_B01, light chain


分子量: 23247.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): CHO cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab EP6b_B01, heavy chain


分子量: 26075.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): CHO cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 F

#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6 / Apo-1 antigen / Apoptosis-mediating surface antigen FAS / FASLG receptor


分子量: 17500.758 Da / 分子数: 1 / Fragment: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APT1, FAS, FAS1, TNFRSF6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25445
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 342分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG4000, 10% isopropanol, 100 mM HEPES/NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年4月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.255 Å / Num. all: 42596 / Num. obs: 42586 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 16.04
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.1510.30.6374.131100
2.15-2.2110.10.5464.781100
2.21-2.289.80.495.191100
2.28-2.359.80.4056.131100
2.35-2.4210.40.3756.781100
2.42-2.5110.40.3078.11100
2.51-2.610.20.2599.271100
2.6-2.71100.20511.171100
2.71-2.839.30.16113.151100
2.83-2.9710.40.13216.821100
2.97-3.1310.30.10919.851100
3.13-3.3210.20.08923.111100
3.32-3.559.90.07526.621100
3.55-3.839.60.06629.85199.9
3.83-4.210.30.05935.061100
4.2-4.710.10.05138.331100
4.7-5.429.10.05535.831100
5.42-6.64100.06132.931100
6.64-9.399.40.05635.411100
9.398.60.04838.71198.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å47.26 Å
Translation2.1 Å47.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3TJE

3tje


解像度: 2.1→47.255 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 2128 5 %
Rwork0.1832 --
obs0.1851 42568 99.98 %
all-42568 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.6 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.345 Å20 Å20 Å2
2---0.345 Å20 Å2
3---5.0633 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3915 0 58 337 4310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0075548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7991482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.17510.26372080.2073954X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.26220.27872090.1963972X-RAY DIFFRACTION100
2.2622-2.36510.2382130.18244043X-RAY DIFFRACTION100
2.3651-2.48980.21912100.17873995X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.64580.24832100.18973993X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.850.25482120.18264026X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.13680.21172130.17144032X-RAY DIFFRACTION100
3.1368-3.59060.2242140.18434068X-RAY DIFFRACTION100
3.5906-4.52320.20062150.16574096X-RAY DIFFRACTION100
4.5232-47.26690.19972240.19764261X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.7106-1.3446-2.18096.0496-3.61643.2208-0.36770.764-0.778-1.0985-0.1054-0.09931.092-0.18420.44860.5066-0.12850.04160.2092-0.00660.2921-9.8358-30.598111.8322
27.19170.0639-0.27873.3945-0.43883.745-0.1732-0.0541-0.97080.02810.1035-0.410.8960.3370.06550.41630.0965-0.00670.213-0.00910.33460.4183-29.828116.0013
31.6971-0.84220.21854.03021.60890.8445-0.28970.27190.1987-0.94730.0414-1.549-0.04011.54960.21940.4180.10620.22610.90630.04250.876520.7809-23.41487.4522
45.70931.34330.5835.8501-1.20473.2371-0.0061-0.14350.3409-0.5669-0.6561-1.7645-0.16071.42110.63430.40350.09710.12130.7673-0.03990.768817.5767-20.778210.1059
52.48110.68610.41612.9484-0.58111.2718-0.09750.21990.0332-0.20030.2290.29450.2248-0.3419-0.08140.266-0.1341-0.01580.21610.03890.1996-25.3454-21.503816.5512
61.8956-0.3253-0.80621.31160.18811.7544-0.0070.25-0.0629-0.06350.09930.23170.1668-0.2853-0.10510.236-0.1062-0.01710.15980.03650.2293-21.612-17.009315.1141
73.2550.1853-0.05070.7247-0.57921.50960.07760.48930.65170.00550.07570.0093-0.4609-0.1462-0.07130.08130.04530.04380.40840.16230.4566-40.152415.057231.7228
87.0196-4.9476-3.31639.6231-0.5162.8938-0.3676-1.50250.61581.9146-0.02260.7524-0.2437-0.83050.38510.3406-0.02840.04430.4199-0.10920.2105-10.631-7.537328.0339
90.7080.0941-0.38373.08450.0190.8924-0.0510.04950.0593-0.14280.12830.07940.0562-0.1058-0.07050.1215-0.0608-0.01890.1651-0.00380.1464-9.0085-3.879214.2852
103.04180.7538-2.13291.7896-1.37484.46110.1385-0.21840.07790.1866-0.0363-0.0297-0.15130.1256-0.10990.1082-0.0239-0.02640.17540.00680.2177-24.78510.922836.1874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN F AND RESID 36:45)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN F AND RESID 46:87)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN F AND RESID 88:104)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN F AND RESID 105:127)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN H AND RESID 1:81)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN H AND RESID 82:131)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN H AND RESID 132:233)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN L AND RESID 1:4)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN L AND RESID 5:112)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN L AND RESID 113:214)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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