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万見
- PDB-3fg4: Crystal structure of Delta413-417:GS I805A LOX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fg4
タイトルCrystal structure of Delta413-417:GS I805A LOX
要素Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / lipoxygenase / arichidonic metabolism / Dioxygenase / Fatty acid biosynthesis / Heme / Iron / Lipid synthesis / Lyase / Membrane / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Oxylipin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / arachidonate metabolic process / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / heme binding ...arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / arachidonate metabolic process / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / heme binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase-1 ...Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Catalase superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARACHIDONIC ACID / ACETIC ACID / : / Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plexaura homomalla (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Neau, D.B. / Newcomer, M.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: The 1.85 A structure of an 8R-lipoxygenase suggests a general model for lipoxygenase product specificity.
著者: Neau, D.B. / Gilbert, N.C. / Bartlett, S.G. / Boeglin, W. / Brash, A.R. / Newcomer, M.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Improving protein crystal quality by selective removal of a Ca(2+)-dependent membrane-insertion loop.
著者: Neau, D.B. / Gilbert, N.C. / Bartlett, S.G. / Dassey, A. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2008年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
B: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
C: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
D: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,38264
ポリマ－317,4684
非ポリマー4,91560
水28,5001582
1
A: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,04022
ポリマ－79,3671
非ポリマー1,67321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,31912
ポリマ－79,3671
非ポリマー95211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,70418
ポリマ－79,3671
非ポリマー1,33717
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,31912
ポリマ－79,3671
非ポリマー95211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area97750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.361, 170.382, 104.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Allene oxide synthase-lipoxygenase protein / Allene oxide synthase / Hydroperoxidehydrase / Arachidonate 8-lipoxygenase


分子量: 79366.914 Da / 分子数: 4 / 断片: Arachidonate 8R-lipoxygenase: UNP residues 374-1066 / 変異: delta 413-417:GS, I805A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: lipoxygenase portion of an allen-oxide synthase/lipoxygenase fusion protein, expressed with an N-terminal His-Tag.
由来: (組換発現) Plexaura homomalla (無脊椎動物) / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O16025, arachidonate 8-lipoxygenase

-
非ポリマー , 7種, 1642分子

#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸


分子量: 304.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O2
#5: 化合物...
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS CLEARLY SEE ISOLEUCINES IN ELECTRON DENSITY INSTEAD OF VALINES PROVIDED IN THE DATABASE ...AUTHORS CLEARLY SEE ISOLEUCINES IN ELECTRON DENSITY INSTEAD OF VALINES PROVIDED IN THE DATABASE SEQUENCE. IT IS UNCLEAR WHETHER THESE DIFFERENCES REPRESENT SPONTANEOUS MUTATIONS OR AN ERROR IN THE DATABASE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8
詳細: 6-8% PEG 8000, 5% Glycerol, 0.2M CaCl2, 0.1M Imidazole acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月30日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30.03 Å / Num. obs: 158438 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 12.818
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.4.0066位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3FG1

3fg1


解像度: 2.31→30.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 6.031 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 7906 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.171 150209 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20 Å21.79 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→30.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21483 0 248 1582 23313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02122682
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6991.94230796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68252804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.21424.481145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.874153483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.25515116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.23265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02117808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.2321.513810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.716222115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.34438872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.9954.58634
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 532 -
Rwork0.209 10129 -
obs--90.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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