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- PDB-4qwt: Anaerobic crystal structure of delta413-417:GS LOX in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qwt
タイトルAnaerobic crystal structure of delta413-417:GS LOX in complex with arachidonate
要素Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / iron binding / membrane-associated
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / arachidonate metabolic process / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / heme binding ...arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / arachidonate metabolic process / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / heme binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase-1 ...Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Catalase superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARACHIDONIC ACID / ACETATE ION / : / Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plexaura homomalla (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Neau, D.B. / Newcomer, M.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of a Lipoxygenase in Complex with Substrate: THE ARACHIDONIC ACID-BINDING SITE OF 8R-LIPOXYGENASE.
著者: Neau, D.B. / Bender, G. / Boeglin, W.E. / Bartlett, S.G. / Brash, A.R. / Newcomer, M.E.
履歴
登録2014年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
B: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
C: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
D: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,73965
ポリマ－317,6364
非ポリマー4,10361
水32,3371795
1
A: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,64821
ポリマ－79,4091
非ポリマー1,23920
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,23713
ポリマ－79,4091
非ポリマー82812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,77519
ポリマ－79,4091
非ポリマー1,36618
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,07912
ポリマ－79,4091
非ポリマー67011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.030, 170.670, 104.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Allene oxide synthase-lipoxygenase protein / Arachidonate 8-lipoxygenase


分子量: 79408.992 Da / 分子数: 4 / 断片: lipoxygenase domain (UNP residues 374-1066) / 変異: delta413-417:GS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Plexaura homomalla (無脊椎動物) / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O16025, arachidonate 8-lipoxygenase

-
非ポリマー , 7種, 1856分子

#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物...
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸


分子量: 304.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 6-8% PEG8000, 5% glycerol, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M imidazole acetate, pH 8.0, anaerobic, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 243605 / Num. obs: 242387 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 11.68
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.951 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GF1

3gf1


解像度: 2.002→48.416 Å / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 1988 0.82 %
Rwork0.1618 --
obs0.1622 242312 99.46 %
all-243664 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→48.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21517 0 242 1795 23554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00722643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98130866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1688148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054082
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0021-2.05210.31661340.273816206X-RAY DIFFRACTION95
2.0521-2.10760.28791390.236617220X-RAY DIFFRACTION100
2.1076-2.16960.2731440.217417207X-RAY DIFFRACTION100
2.1696-2.23970.24171490.204317136X-RAY DIFFRACTION100
2.2397-2.31970.31191390.195217221X-RAY DIFFRACTION100
2.3197-2.41260.22211410.186917233X-RAY DIFFRACTION100
2.4126-2.52240.26691390.185617176X-RAY DIFFRACTION100
2.5224-2.65530.21661440.169517261X-RAY DIFFRACTION100
2.6553-2.82170.20091420.16517244X-RAY DIFFRACTION100
2.8217-3.03950.20661460.161217250X-RAY DIFFRACTION100
3.0395-3.34530.23211410.156417231X-RAY DIFFRACTION100
3.3453-3.82930.1791460.141617240X-RAY DIFFRACTION100
3.8293-4.82380.16371400.118217329X-RAY DIFFRACTION100
4.8238-48.42990.20241440.143517370X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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