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- PDB-2h9g: Crystal structure of phage derived Fab BdF1 with human Death Rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h9g
タイトルCrystal structure of phage derived Fab BdF1 with human Death Receptor 5 (DR5)
要素
  • Fab BdF1, heavy chain
  • Fab BdF1, light chain
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B precursor
キーワードIMMUNE SYSTEM/APOPTOSIS / PHAGE DISPLAY / PROTEIN ENGINEERING / COMBINATORIAL MUTAGENESIS / ANTIBODY LIBRARY / DEATH RECEPTOR-5 / agonists / IMMUNE SYSTEM-APOPTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / defense response to tumor cell ...TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / defense response to tumor cell / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / RIPK1-mediated regulated necrosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / response to endoplasmic reticulum stress / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to mechanical stimulus / signaling receptor activity / regulation of apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. ...Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Hymowitz, S.G. / Compaan, D.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Activation of the Proapoptotic Death Receptor DR5 by Oligomeric Peptide and Antibody Agonists.
著者: Li, B. / Russell, S.J. / Compaan, D.M. / Totpal, K. / Marsters, S.A. / Ashkenazi, A. / Cochran, A.G. / Hymowitz, S.G. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2006年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_sheet.number_strands
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab BdF1, light chain
B: Fab BdF1, heavy chain
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B precursor
L: Fab BdF1, light chain
H: Fab BdF1, heavy chain
S: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B precursor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,0116
ポリマ－124,0116
非ポリマー00
水2,576143
1
A: Fab BdF1, light chain
B: Fab BdF1, heavy chain
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B precursor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0053
ポリマ－62,0053
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25150 Å2
手法PISA
2
L: Fab BdF1, light chain
H: Fab BdF1, heavy chain
S: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B precursor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0053
ポリマ－62,0053
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.814, 61.389, 108.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21L
12B
22H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPARGARGAA1 - 2111 - 211
21ASPASPARGARGLD1 - 2111 - 211
12GLUGLUPROPROBB1 - 2131 - 220
22GLUGLUPROPROHE1 - 2131 - 220

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological assembly consists of one light chain, one heavy chain bound to one receptor chain. The crystallographic assymetric unit contains two biologically relevent assemblies (chains A,B,R and chain H,L,S)

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要素

#1: 抗体 Fab BdF1, light chain


分子量: 23287.793 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: protein selected by phage display / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab BdF1, heavy chain


分子量: 24139.262 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: protein selected by phage display / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B precursor / Death receptor 5 / TNF-related apoptosis-inducing ligand receptor 2 / TRAIL receptor 2 / TRAIL-R2 / ...Death receptor 5 / TNF-related apoptosis-inducing ligand receptor 2 / TRAIL receptor 2 / TRAIL-R2 / CD262 antigen


分子量: 14578.320 Da / 分子数: 2 / 断片: extra cellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF10B, DR5, KILLER, TRAILR2, TRICK2, ZTNFR9 / プラスミド: pacgp67-b
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: O14763
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals from drops containing an equal volume of protein and well solution consisting of 20% PEG 3350, 0.2M Na2HPO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1-6.8. The crystals were cryo-protected with well ...詳細: Crystals from drops containing an equal volume of protein and well solution consisting of 20% PEG 3350, 0.2M Na2HPO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1-6.8. The crystals were cryo-protected with well solution supplemented with 20% PEG 200., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 54784 / Num. obs: 54784 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5470 / Rsym value: 0.419 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Chain S from 1d0g Chain AB from 1FVE

1d0g

1fve


解像度: 2.32→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 16.749 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic with TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS for refinement only
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28164 5486 10.1 %RANDOM
Rwork0.22846 ---
all0.2338 54443 --
obs0.2338 48957 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20.66 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7756 0 0 143 7899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31.95310678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.766315969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5751007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.30324.08299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.824151226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8411535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.26513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.23591
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24661
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.190.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.472.56413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5152.52066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.32658177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4132.53284
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4552501
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3046medium positional0.280.5
2B3066medium positional0.180.5
1A3046medium thermal0.432
2B3066medium thermal0.442
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.367 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 346 -
Rwork0.268 2811 -
obs--95.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77080.7908-0.65291.8098-2.08383.4433-0.0408-0.00640.1586-0.15060.19870.41530.139-0.392-0.1579-0.051-0.0577-0.0737-0.06690.0395-0.0916-18.4009-0.169822.8133
23.53911.52870.8472.9070.00263.04520.0063-0.26910.05540.2737-0.0204-0.0378-0.150.13170.0141-0.17010.00170.0243-0.14660.0379-0.1734-8.9291-7.537756.9674
30.99480.30080.89111.4157-0.14373.9268-0.03360.02150.0695-0.4458-0.0185-0.13230.1381-0.08440.0521-0.09780.00350.0484-0.20050.0136-0.17941.147511.51921.5751
42.79741.8041-1.09975.4922-0.27682.1278-0.153-0.1989-0.52030.1991-0.0163-0.41960.29540.14080.1693-0.22030.01470.0081-0.16670.0243-0.09124.5405-9.210847.8886
54.82241.7348-0.777911.67271.14954.001-0.07190.1359-0.255-0.50260.0975-0.1264-0.0483-0.2276-0.02560.3120.0065-0.037-0.0168-0.0076-0.2178-9.5015-3.00551.0375
612.8026.4466-2.983817.0632-0.08944.9361-0.2832-0.09150.8289-0.89210.25510.6705-0.5284-0.50020.02810.4107-0.02350.02590.15150.15090.5037-25.5699-32.854813.14
71.10212.03651.38594.09272.71762.9561-0.24560.1863-0.4675-0.83540.596-1.0684-0.3680.5143-0.35040.119-0.18490.28250.0491-0.17660.217547.58613.690923.1797
83.91071.3101-0.90462.77420.16572.96660.0594-0.254-0.1240.3086-0.0275-0.03830.1399-0.1448-0.0319-0.1562-0.0134-0.0508-0.1329-0.0359-0.128537.842621.226357.0709
91.4060.699-0.68833.22331.26764.1162-0.08990.1394-0.126-0.85640.146-0.0976-0.37260.1778-0.0561-0.0207-0.0259-0.0224-0.1256-0.0302-0.106427.94452.183621.641
103.02891.69870.77675.2320.41182.3174-0.0547-0.22150.48830.1412-0.10130.2613-0.292-0.10250.156-0.24070.0049-0.0299-0.1491-0.0184-0.076224.388522.906147.8867
119.0546.4332.92097.15513.85335.0698-0.8541.02450.45-2.11620.80580.7056-1.11750.83160.04821.419-0.46450.25710.2928-0.0503-0.023238.783713.79490.787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1121 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2AA113 - 211113 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 1141 - 121
4X-RAY DIFFRACTION4BB115 - 213122 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5RC21 - 8621 - 86
6X-RAY DIFFRACTION6RC87 - 12887 - 128
7X-RAY DIFFRACTION7LD1 - 1121 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8LD113 - 211113 - 211
9X-RAY DIFFRACTION9HE1 - 1141 - 121
10X-RAY DIFFRACTION10HE115 - 213122 - 220
11X-RAY DIFFRACTION11SF21 - 8421 - 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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