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- PDB-3opd: Crystal Structure of the N-terminal domain of an HSP90 from Trypa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3opd
タイトルCrystal Structure of the N-terminal domain of an HSP90 from Trypanosoma Brucei, Tb10.26.1080 in the presence of a benzamide derivative
要素Heat shock protein 83
キーワードCHAPERONE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


response to unfolded protein / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / response to heat / protein refolding / centrosome / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E0G / Heat shock protein 83
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Pizarro, J.C. / Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Chamberlain, K. / Weadge, J. / Cossar, D. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Bochkarev, A. ...Pizarro, J.C. / Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Chamberlain, K. / Weadge, J. / Cossar, D. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Wyatt, P.G. / Fairlamb, A.H. / MacKenzie, C. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Hills, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2013
タイトル: Exploring the Trypanosoma brucei Hsp83 potential as a target for structure guided drug design.
著者: Pizarro, J.C. / Hills, T. / Senisterra, G. / Wernimont, A.K. / Mackenzie, C. / Norcross, N.R. / Ferguson, M.A. / Wyatt, P.G. / Gilbert, I.H. / Hui, R.
履歴
登録2010年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02025年4月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 83
B: Heat shock protein 83
C: Heat shock protein 83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9956
ポリマ－78,6013
非ポリマー1,3933
水6,467359
1
A: Heat shock protein 83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6652
ポリマ－26,2001
非ポリマー4641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heat shock protein 83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6652
ポリマ－26,2001
非ポリマー4641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Heat shock protein 83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6652
ポリマ－26,2001
非ポリマー4641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.915, 72.103, 152.147
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein 83


分子量: 26200.381 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal domain residues 1-213 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: HSP83 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12861
#2: 化合物 ChemComp-E0G / 4-[6,6-dimethyl-4-oxidanylidene-3-(trifluoromethyl)-5,7-dihydroindazol-1-yl]-2-[(4-oxidanylcyclohexyl)amino]benzamide / SNX-2112


分子量: 464.481 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27F3N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE 2% PEG400 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月24日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.6 Å / Num. obs: 24726 / % possible obs: 99.7 % / Biso Wilson estimate: 60.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.0678 / Net I/σ(I): 112.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3H80

3h80


解像度: 2.6→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9341 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2468 1255 5.09 %RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.1892 24658 --
原子変位パラメータBiso mean: 56.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.3158 Å20 Å20 Å2
2---8.0333 Å20 Å2
3----1.2824 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.345 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4629 0 99 359 5087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0148182
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1965452
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16222
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1452
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes7375
X-RAY DIFFRACTIONt_it481820
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd45
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion6735
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact56754
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2901 149 5.06 %
Rwork0.2325 2797 -
all0.2354 2946 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3478-0.6502-0.67131.55850.56861.74480.11050.25010.007-0.0306-0.0019-0.1051-0.0029-0.0529-0.1085-0.16390.0171-0.02130.0382-0.0565-0.1311.066421.39018.0081
22.051.0258-1.1523.1482-2.34852.74590.0366-0.07560.10380.51440.18660.0603-0.374-0.0798-0.2232-0.0390.0678-0.0217-0.05180.0632-0.211-8.29889.227240.3013
33.5497-0.1894-1.06961.3380.51532.85740.25920.21380.5442-0.0588-0.0280.1058-0.1743-0.4007-0.2311-0.16170.08810.081-0.090.0327-0.0442-31.106343.45621.932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - A|162 A|165 - A|209 }A0 - 162
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - A|162 A|165 - A|209 }A165 - 209
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|0 - B|161 B|166 - B|208 }B0 - 161
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|0 - B|161 B|166 - B|208 }B166 - 208
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|54 C|59 - C|196 C|200 - C|209 }C1 - 54
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|54 C|59 - C|196 C|200 - C|209 }C59 - 196
7X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|54 C|59 - C|196 C|200 - C|209 }C200 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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