PDB-3omu: Crystal Structure of the N-terminal domain of an HSP90 from Trypa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3omu

タイトル

Crystal Structure of the N-terminal domain of an HSP90 from Trypanosoma Brucei, Tb10.26.1080 in the presence of a thienopyrimidine derivative

要素

Heat shock protein 83

キーワード

CHAPERONE / hsp90 / Trypanosoma bruceii / structural genomics / drug discovery / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Weadge, J. / Cossar, D. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2013
タイトル: Exploring the Trypanosoma brucei Hsp83 potential as a target for structure guided drug design.
著者: Pizarro, J.C. / Hills, T. / Senisterra, G. / Wernimont, A.K. / Mackenzie, C. / Norcross, N.R. / Ferguson, M.A. / Wyatt, P.G. / Gilbert, I.H. / Hui, R.

履歴

登録	2010年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3omu.cif.gz	176.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3omu.ent.gz	140.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3omu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/3omu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/3omu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o6oSC 3opdC 3u67C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qf6-4 4eeh-d 2qf6-3 6u9a-d 7k9s-6 2ye9-d 2xjj-2 3hyy-d 4fcr-d 2yjw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Heat shock protein 83

B: Heat shock protein 83

ヘテロ分子

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heat shock protein 83

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heat shock protein 83

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.044, 60.941, 126.996
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Heat shock protein 83 分子量: 26200.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb10.26.1080 / プラスミド: PET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q389P1
#2: 化合物	ChemComp-IBD / 2-amino-4-{2,4-dichloro-5-[2-(diethylamino)ethoxy]phenyl}-N-ethylthieno[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide 分子量: 482.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₅Cl₂N₅O₂S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350 0.2 M Ammonium Acetate 0.1 M Hepes pH 7.5 4 mM MgCl2 2 mM TCEP 2 mM DDU101329, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→35 Å / Num. all: 26165 / Num. obs: 25590 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 38.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 1.594 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.15-2.19	6.6	0.724	3.05	1252	1.299	97.1
2.19-2.23	6.6	0.657		1226	1.332	96.2
2.23-2.27	6.5	0.566		1262	1.344	98
2.27-2.32	6.6	0.52		1248	1.361	96.5
2.32-2.37	6.5	0.444		1243	1.331	98
2.37-2.42	6.5	0.394		1241	1.41	96.7
2.42-2.48	6.5	0.303		1256	1.4	97
2.48-2.55	6.5	0.267		1244	1.425	96.7
2.55-2.62	6.5	0.234		1232	1.432	96.1
2.62-2.71	6.5	0.204		1259	1.503	96.5
2.71-2.81	6.6	0.167		1242	1.51	96.4
2.81-2.92	6.6	0.138		1262	1.524	96.9
2.92-3.05	6.7	0.106		1302	1.635	98.4
3.05-3.21	6.9	0.084		1280	1.72	98.8
3.21-3.41	7.1	0.068		1292	1.792	99.1
3.41-3.68	7.1	0.054		1308	1.939	99.5
3.68-4.04	7	0.043		1329	1.843	99.3
4.04-4.63	6.9	0.038		1322	1.989	99.5
4.63-5.83	6.8	0.037		1349	1.974	99.9
5.83-35	6.2	0.031		1441	1.861	99

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 56.93 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	28.16 Å
Translation	2.5 Å	28.16 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3O6O

3o6o

解像度: 2.15→28.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / WR_factor R_free: 0.2619 / WR_factor R_work: 0.2147 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8281 / SU B: 12.683 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.2737 / SU R_free: 0.2235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	1298	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2239	-	-	-
obs	0.2264	25447	97.27 %	-
all	-	26160	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 45.31 Å² / B_iso mean: 41.707 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3108	0	62	96	3266

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.236	1.977	4455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.517	5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.388	24.83	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.404	15	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.939	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.37	1.5	2055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.712	2	3297
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.208	3	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.981	4.5	1158

LS精密化シェル

解像度: 2.147→2.202 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	95	-
R_work	0.282	1675	-
all	-	1770	-
obs	-	1252	93.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3995	0.3261	0.4489	0.6636	0.0947	1.889	0.0354	0.0075	0.0234	-0.0275	-0.0662	0.061	-0.0333	-0.1266	0.0308	0.2887	-0.0132	-0.009	0.296	0.0177	0.3162	3.364	-2.5739	5.9843
2	2.6002	0.5051	1.5763	2.0156	3.5784	6.5907	0.1121	-0.6638	-0.0301	-0.0728	-0.1149	0.0808	-0.0848	-0.3951	0.0028	0.2893	-0.0845	0.0655	0.4977	0.0476	0.343	-5.8678	-5.7346	21.3703
3	3.2222	-0.1337	-0.1012	0.5569	0.5961	0.6951	0.1538	-0.1937	0.5081	-0.0258	-0.1374	0.0758	-0.0367	-0.107	-0.0165	0.3078	0.0136	0.0042	0.3255	-0.0119	0.3526	-0.5885	3.1025	9.263
4	2.3914	-0.1949	-0.3048	1.6256	0.4366	1.4163	0.0674	0.0819	0.1181	-0.0781	-0.0852	0.0811	-0.0503	-0.0879	0.0178	0.3008	0.0043	0.0022	0.2619	0.0173	0.316	2.7236	-1.2419	4.7121
5	1.5735	1.1708	0.1225	1.6597	0.0391	0.9436	0.0916	-0.1158	-0.1731	-0.0184	-0.0398	0.1172	0.1415	-0.3342	-0.0518	0.2771	-0.0306	-0.0209	0.3531	-0.0028	0.346	-5.9435	-9.2418	6.9569
6	4.8849	0.7668	1.5389	6.4667	4.8432	4.2498	0.3543	-0.7546	-0.4552	0.2171	-0.0102	-0.3214	0.2662	-0.1542	-0.344	0.3573	-0.1133	-0.0311	0.3281	0.19	0.3158	3.8076	-15.2016	19.1382
7	4.451	2.9184	-2.2738	1.9402	-1.715	4.587	-0.215	0.1812	0.2358	-0.2121	0.1702	0.1326	0.217	-0.2543	0.0448	0.3915	-0.0713	0.031	0.2612	0.0284	0.4187	21.0874	18.8435	9.2664
8	4.2921	-2.9228	1.8375	2.2578	-0.5443	4.9434	-0.4226	-0.376	0.5364	0.3596	0.014	-0.1918	-0.1841	0.1562	0.4087	0.296	-0.0382	0.06	0.7801	-0.1572	0.3811	11.177	16.5431	26.1013
9	3.412	-0.7254	0.2504	7.624	4.0772	2.8582	0.0364	-0.4444	-1.0069	0.2522	-0.144	0.0782	0.1968	-0.1843	0.1076	0.3332	-0.0584	0.0876	0.3133	0.1303	0.5731	17.962	-6.6333	17.1547
10	10.0117	-4.7374	2.6427	9.5345	1.3204	3.9015	-0.6874	-2.8883	-1.3064	2.3507	0.9278	-0.8795	1.0319	-0.2813	-0.2404	1.2718	0.1146	-0.2469	1.0572	0.6531	0.6536	26.6585	0.3697	27.7291
11	5.2969	-0.4527	0.3379	1.4102	0.582	0.4759	0.0146	-0.1134	0.3599	-0.1458	-0.0336	0.0542	-0.0543	-0.1321	0.0191	0.359	0.0014	0.0301	0.2904	0.0184	0.3165	14.5837	10.7955	15.1495
12	6.6186	-1.1933	-1.3384	3.0686	0.6735	0.5846	0.0153	-0.2985	0.2692	-0.058	0.0675	-0.1679	-0.1102	-0.0131	-0.0828	0.3467	0.0062	-0.0095	0.3209	0.0011	0.2614	22.3213	9.9173	17.5235
13	3.8459	-0.2025	-0.3001	3.029	0.1041	0.9567	-0.0652	-0.6079	0.0985	-0.1045	0.0262	-0.4217	0.0555	0.1776	0.039	0.3158	-0.014	0.0015	0.3397	-0.0092	0.3124	28.8328	8.7626	19.563
14	7.7208	1.7319	0.8789	13.449	7.1413	3.8114	-0.4	-1.8869	-0.1021	0.1039	0.4422	-0.1108	0.1058	0.1759	-0.0422	0.4406	0.0573	0.0949	0.8053	0.0498	0.047	16.7194	5.9355	34.4959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	74 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	104 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	153 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	189 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 15
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	16 - 33
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	34 - 53
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	54 - 73
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	74 - 117
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	118 - 150
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	154 - 177
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	178 - 207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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