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万見
- PDB-3o6o: Crystal Structure of the N-terminal domain of an HSP90 from Trypa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o6o
タイトルCrystal Structure of the N-terminal domain of an HSP90 from Trypanosoma Brucei, Tb10.26.1080 in the presence of an the inhibitor BIIB021
要素Heat shock protein 83
キーワードCHAPERONE / Trypanosoma / African Sleeping sickness / heat shock protein / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-94M / Heat shock protein 83
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Weadge, J. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Weadge, J. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Wyatt, P. / Fairlamb, A.H. / Ferguson, M.A.J. / Thompson, S. / MacKenzie, C. / Hui, R. / Pizarro, J.C. / Hills, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2013
タイトル: Exploring the Trypanosoma brucei Hsp83 potential as a target for structure guided drug design.
著者: Pizarro, J.C. / Hills, T. / Senisterra, G. / Wernimont, A.K. / Mackenzie, C. / Norcross, N.R. / Ferguson, M.A. / Wyatt, P.G. / Gilbert, I.H. / Hui, R.
履歴
登録2010年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / software / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42022年10月5日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 83
B: Heat shock protein 83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9905
ポリマ－48,1142
非ポリマー8763
水3,477193
1
A: Heat shock protein 83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3762
ポリマ－24,0571
非ポリマー3191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heat shock protein 83
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6143
ポリマ－24,0571
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.650, 65.812, 62.745
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein 83


分子量: 24057.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb10.26.1080 / プラスミド: pet15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)V2rPrare2 / 参照: UniProt: Q389P1
#2: 化合物 ChemComp-94M / 6-chloro-9-[(4-methoxy-3,5-dimethylpyridin-2-yl)methyl]-9H-purin-2-amine / BIIB021 / BIIB-021


分子量: 318.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15ClN6O
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate 2% PEG400 0.1 M Hepes pH 7.5 2 mM TCEP 4 mM MgCl2 2 mM Inhibitor 85705, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 30796 / Num. obs: 30581 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.395 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.033.40.5282.4514001.16793.7
2.03-2.073.60.47515301.20898.6
2.07-2.113.60.42315241.21398.6
2.11-2.153.60.34115031.15499.1
2.15-2.23.70.30415021.23798.9
2.2-2.253.60.27515421.29599.2
2.25-2.313.70.25914971.30999.3
2.31-2.373.70.21915101.19299.5
2.37-2.443.70.19515641.26299.6
2.44-2.523.70.17615301.3499.6
2.52-2.613.70.15815181.34499.8
2.61-2.713.70.13915261.33499.9
2.71-2.843.70.11915561.42100
2.84-2.993.70.09415481.394100
2.99-3.173.70.0715341.403100
3.17-3.423.70.05615411.56299.9
3.42-3.763.70.04215611.499100
3.76-4.313.70.03715541.536100
4.31-5.433.70.03615511.77699.9
5.43-503.60.04115902.15899.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 49.66 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å26.01 Å
Translation2.5 Å26.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→25.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9391 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9158 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2305 1539 5.04 %RANDOM
Rwork0.1947 ---
all0.1965 30735 --
obs0.1965 30554 99.41 %-
原子変位パラメータBiso max: 107.98 Å2 / Biso mean: 32.7171 Å2 / Biso min: 9.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0053 Å20 Å20.9646 Å2
2--1.0834 Å20 Å2
3----0.0781 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.229 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3229 0 54 193 3476
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 156 5.29 %
Rwork0.2037 2792 -
all0.2068 2948 -
obs-2930 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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