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万見
- PDB-3h80: Crystal structure of the amino-terminal domain of HSP90 from Leis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h80
タイトルCrystal structure of the amino-terminal domain of HSP90 from Leishmania major, LmjF33.0312:M1-K213
要素Heat shock protein 83-1
キーワードCHAPERONE / Sleeping sickness / leishmania / heat shock protein / structural genomics / Stress response protein / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding ...ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Heat shock protein 83-1
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / Mackenzie, F. / Fairlamb, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. ...Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / Mackenzie, F. / Fairlamb, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Pizarro, J.C. / Hills, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the amino-terminal domain of HSP90 from Leishmania major, LmjF33.0312:M1-K213
著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / Mackenzie, F. / Fairlamb, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, ...著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Hutchinson, A. / Mackenzie, F. / Fairlamb, A. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Pizarro, J.C. / Hills, T.
履歴
登録2009年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,10011
ポリマ－26,1101
非ポリマー98910
水2,828157
1
A: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子

A: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,19922
ポリマ－52,2212
非ポリマー1,97920
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.431, 43.197, 50.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein 83-1


分子量: 26110.465 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-213 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin
遺伝子: LmjF33.0312, LmjF33.0314, LmjF33.0316, LmjF33.0320, LmjF33.0323, LmjF33.0326, LmjF33.0333, LmjF33.0336, LmjF33.0340, LmjF33.0343, LmjF33.0346, LmjF33.0350, LmjF33.0355, LmjF33.0360, LmjF33.0365
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRare2 / 参照: UniProt: Q4Q4I6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 2 mM AMPPNP, 4 mM MgCl2, 2 mM TCEP, 25% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 18169 / Num. obs: 18169 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 21.192 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 34.588
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 5.42 / Num. unique all: 650 / Rsym value: 0.215 / % possible all: 69.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EKO

3eko


解像度: 2→46.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 5.487 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27289 933 5.2 %RANDOM
Rwork0.19371 ---
all0.19762 17013 --
obs0.19762 17013 95.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.215 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1671 0 61 157 1889
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221805
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.9992443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1645231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94124.7580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.04115327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0191511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2768
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2240.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1871.51125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84821768
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6423771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2814.5665
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 57 -
Rwork0.227 958 -
obs--74.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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