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- PDB-1xty: Crystal structure of Sulfolobus solfataricus peptidyl-tRNA hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xty
タイトルCrystal structure of Sulfolobus solfataricus peptidyl-tRNA hydrolase
要素Peptidyl-tRNA hydrolase
キーワードHYDROLASE / mixed beta sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / translation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase, archaea / Peptidyl-tRNA hydrolase, PTH2 / Peptidyl-tRNA hydrolase PTH2 / Bit1 / Bit1 / Peptidyl-tRNA hydrolase II domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fromant, M. / Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Lazennec, C. / Plateau, P. / Blanquet, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal structure at 1.8 A resolution and identification of active site residues of Sulfolobus solfataricus peptidyl-tRNA hydrolase.
著者: Fromant, M. / Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Lazennec, C. / Plateau, P. / Blanquet, S.
履歴
登録2004年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年6月5日Group: Structure summary
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
C: Peptidyl-tRNA hydrolase
D: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,39012
ポリマ－52,6224
非ポリマー7698
水8,971498
1
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6956
ポリマ－26,3112
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
2
C: Peptidyl-tRNA hydrolase
D: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6956
ポリマ－26,3112
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.816, 67.232, 85.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細chain A and B form a dimer chain C and D form dimer

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要素

#1: タンパク質
Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH


分子量: 13155.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: DSM1617 / 遺伝子: pth / プラスミド: pET-pthS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-rosetta / 参照: UniProt: Q980V1, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 2.8
詳細: 0.8Ml SO4, 1.6% PEG 8000, pH 2.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月15日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 48937 / Num. obs: 48937 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rsym value: 0.065
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. unique all: 3544 / Rsym value: 0.112 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→46.6 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.224 2925 RANDOM
Rwork0.205 --
obs0.205 48488 -
all-48488 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.589 Å20 Å2-1.351 Å2
2--1.582 Å20 Å2
3----4.171 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3680 0 40 498 4218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004984
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.12346
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.81 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3009 60
Rwork0.2546 -
obs-876

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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