PDB-3tjb: Crystal structure of wild-type human peroxiredoxin IV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tjb

タイトル

Crystal structure of wild-type human peroxiredoxin IV

要素

Peroxiredoxin-4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / thioredoxin fold / sulfenylation / endoplasmic reticulum

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to stress / negative regulation of male germ cell proliferation / I-kappaB phosphorylation / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / molecular sequestering activity / thioredoxin peroxidase activity / protein maturation by protein folding / extracellular matrix organization / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Cao, Z. / Tavender, T.J. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Bulleid, N.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Reduced and of Oxidized Peroxiredoxin IV Enzyme Reveals a Stable Oxidized Decamer and a Non-disulfide-bonded Intermediate in the Catalytic Cycle.
著者: Cao, Z. / Tavender, T.J. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Bulleid, N.J.

履歴

登録	2011年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tjb.cif.gz	389.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tjb.ent.gz	320.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tjb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tjb_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tjb_full_validation.pdf.gz	473.4 KB	表示
XML形式データ	3tjb_validation.xml.gz	40.4 KB	表示
CIF形式データ	3tjb_validation.cif.gz	59.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/3tjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/3tjb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tjfC 3tjgC 3tjjC 3tjkC 2pn8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tjj-1 4fh8-d 4kw6-1 4rqx-1 3tjg-1 3vwu-d 6j13-2 6utl-d 6j13-1 6e0g-d 1yf0-1 1yex-1 4kb3-d 4l0u-d 1yf1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxiredoxin-4

B: Peroxiredoxin-4

C: Peroxiredoxin-4

D: Peroxiredoxin-4

E: Peroxiredoxin-4

144 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peroxiredoxin-4

B: Peroxiredoxin-4

C: Peroxiredoxin-4

D: Peroxiredoxin-4

E: Peroxiredoxin-4

A: Peroxiredoxin-4

B: Peroxiredoxin-4

C: Peroxiredoxin-4

D: Peroxiredoxin-4

E: Peroxiredoxin-4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
288 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.980, 139.430, 95.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.81, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Peroxiredoxin-4 / Peroxiredoxin IV / Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / ...Peroxiredoxin IV / Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / Thioredoxin-dependent peroxide reductase A0372 分子量: 28835.494 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 38-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX4 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13162, peroxiredoxin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Peroxiredoxin-4 / Peroxiredoxin IV / Antioxidant enzyme AOE372 / AOE37-2 / Prx-IV / Thioredoxin peroxidase AO372 / ...

分子量: 28835.494 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 38-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDX4 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13162, peroxiredoxin

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.3, 11% PEG8000, 8% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→69.71 Å / Num. all: 55077 / Num. obs: 55077 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 55.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.37→2.44 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 4093 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PN8

2pn8

解像度: 2.38→69.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 15.87 / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22095	2719	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16275	-	-	-
all	0.16563	53768	-	-
obs	0.16563	51049	96.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.119 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.53 Å²	0 Å²	-1.33 Å²
2-	-	1.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→69.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6774	0	0	780	7554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	7113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.968	9675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.447	5	879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.734	23.392	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.416	15	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.586	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.808	1.5	4262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.488	2	6950
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.324	3	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.812	4.5	2710

LS精密化シェル

解像度: 2.38→2.437 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	194	-
R_work	0.288	3861	-
obs	-	4093	98.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4652	-0.4864	1.359	1.1308	-0.2913	2.5056	-0.1098	-0.1587	0.23	0.0634	-0.0286	-0.0573	-0.2676	0.1553	0.1384	0.0428	-0.0552	-0.0078	0.1327	0.0074	0.1337	14.3488	3.9491	9.6593
2	1.6611	-1.075	0.2579	3.1696	-0.1356	2.0878	-0.0524	-0.0102	-0.0137	0.5353	0.0007	0.1045	0.0898	-0.1823	0.0517	0.1336	-0.0489	0.0311	0.0982	-0.0174	0.01	11.2637	-9.7595	33.0238
3	1.3507	-0.8447	-0.221	4.214	0.6318	1.3034	-0.1096	0.0143	-0.0617	0.3306	0.042	-0.4298	-0.0061	0.2437	0.0676	0.1586	-0.0144	-0.0278	0.0494	0.0191	0.0841	28.7688	-38.4992	33.2046
4	1.0227	0.093	-0.3034	1.965	1.1457	3.8182	0.1021	-0.033	0.0319	0.3178	-0.016	-0.0223	-0.0639	-0.1003	-0.086	0.1893	0.0269	0.0212	0.0648	0.0565	0.0537	12.681	-60.3603	34.9925
5	1.6089	0.1468	0.2894	1.5196	0.6202	4.299	0.0203	0.1513	-0.249	0.1467	0.0148	-0.0957	0.3708	-0.0129	-0.0351	0.0533	0.0445	0.0061	0.1518	0.0114	0.1631	12.3565	-78.798	6.3251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	76 - 245
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	76 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	76 - 242
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	76 - 245
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	76 - 242

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)