PDB-3t3u: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t3u

タイトル

Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with Bumped Kinase Inhibitor, RM-1-130

要素

Calmodulin-domain protein kinase 1

キーワード

transferase/transferase inhibitor / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / calmodulin / EF hand / bumped kinase inhibitor / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Multiple determinants for selective inhibition of apicomplexan calcium-dependent protein kinase CDPK1.
著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / ...

履歴

登録	2011年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t3u.cif.gz	201.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t3u.ent.gz	160.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/3t3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/3t3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sx9C 3sxfC 3t3vC 3upxC 3upzC 3uqfC 3uqgC 3v51C 3v5pC 3v5tC 3i7bS 3i79 3i7c 3mwu 3n51 3ncg 3nyv S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n51-d 4m97-d 3sxf-d 3nyv-d 6oq3-d 3ku2-d 3eb7-3 5cer-6 3i7b-d 6rpj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calmodulin-domain protein kinase 1

ヘテロ分子

55.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.626, 72.664, 66.104
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is the same as AU

#1: タンパク質	Calmodulin-domain protein kinase 1 / Calmodulin-domain protein kinase / putative 分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 1-29 were replaced with a cleavable His-tag plus linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: AAG53993, CDPK1, TGGT1_059880, TGVEG_042030 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-BK6 / 3-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1-(piperidin-4-ylmethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / RM-1-130 分子量: 388.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄N₆O
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 24% PEG 3350, 0.275 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2.3 mM RM-1-130; mother liquor supplemented with 15% ethylene glycol prior to freezing in LN2, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月8日
回折測定	詳細: 1.00 degrees, 8.2 sec, detector distance 300.00 mm
放射	モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
Reflection	Av R equivalents: 0.095 / 数: 99477
反射	解像度: 2.1→60 Å / Num. obs: 26082 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 14.401
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 1.457 / R_sym value: 0.887 / % possible all: 100
Cell measurement	Reflection used: 99477

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.6.0095	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3i7b

3i7b

解像度: 2.1→39.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / WR_factor R_free: 0.224 / WR_factor R_work: 0.182 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 11.567 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2372	1328	5.1 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.1963	26055	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.33 Å² / B_iso mean: 42.208 Å² / B_iso min: 15.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0.85 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3629	0	45	111	3785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3773
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.078	1.972	5067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.003	3.002	6395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.66	5	460
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	741

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.101-2.156	0.329	105	0.286	1751	1867	99.411
2.156-2.214	0.311	90	0.259	1720	1810	100
2.214-2.278	0.291	73	0.258	1711	1784	100
2.278-2.348	0.227	73	0.223	1625	1698	100
2.348-2.425	0.271	85	0.221	1554	1639	100
2.425-2.51	0.265	72	0.225	1519	1591	100
2.51-2.604	0.241	75	0.218	1458	1533	100
2.604-2.71	0.305	67	0.214	1416	1483	100
2.71-2.83	0.205	74	0.194	1356	1430	100
2.83-2.967	0.246	69	0.192	1278	1347	100
2.967-3.127	0.254	61	0.205	1235	1296	100
3.127-3.315	0.248	56	0.191	1148	1204	100
3.315-3.542	0.255	73	0.193	1071	1144	100
3.542-3.823	0.237	49	0.183	1018	1067	100
3.823-4.184	0.232	66	0.164	910	977	99.898
4.184-4.672	0.19	53	0.154	830	883	100
4.672-5.382	0.263	48	0.165	729	777	100
5.382-6.561	0.237	37	0.193	624	661	100
6.561-9.153	0.146	28	0.165	468	496	100
9.153-39.484	0.168	19	0.158	257	276	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3223	-0.3805	0.4547	2.1009	-0.8914	3.8245	-0.1326	-0.0602	0.1652	0.2003	0.0001	-0.0091	-0.3125	0.0688	0.1325	0.0985	0.0157	-0.0009	0.046	0.0114	0.0984	13.4223	14.1993	71.053
2	0.8282	-0.1818	0.5463	1.1886	-1.0692	2.0354	0.0467	0.0647	0.0104	-0.0194	-0.1306	-0.0787	0.1452	0.2457	0.0838	0.1007	0.0381	0.0005	0.1056	0.0105	0.1251	16.7956	15.4666	55.777
3	1.7127	-0.3091	0.2306	1.7199	0.0645	2.1079	0.0747	0.2463	-0.0326	-0.3278	-0.1037	-0.0185	0.265	0.2165	0.029	0.1296	0.0568	-0.0233	0.1477	0.0026	0.0822	11.9707	20.6522	40.7197
4	1.554	0.0134	1.1579	6.375	6.9119	12.5021	-0.0703	0.2235	-0.0589	0.3813	-0.1642	0.2008	0.49	0.0703	0.2345	0.039	0.0255	0.0373	0.248	0.0582	0.1796	29.2218	26.6058	53.0303
5	6.0164	-4.6351	-2.7345	15.5531	1.0317	11.0677	-0.0128	0.1716	-0.5276	0.4007	-0.2684	0.2048	-0.1632	-0.9735	0.2813	0.1707	-0.0069	0.0398	0.097	-0.0234	0.0669	35.4502	32.9437	90.2456
6	4.1934	-3.1478	-2.3917	6.5532	2.6545	8.807	0.0802	0.28	-0.1538	-0.1648	-0.2007	0.3443	0.3268	-0.3496	0.1205	0.2659	0.0287	-0.0431	0.0985	-0.0269	0.0312	42.6203	27.4982	83.6349
7	3.1464	-0.6225	-1.5672	3.5833	0.3651	3.8824	0.1108	0.0584	0.2193	0.0918	0.2007	0.0952	-0.2845	-0.1244	-0.3114	0.0459	0.0255	-0.0194	0.1278	0.052	0.1652	35.9101	37.7336	54.4988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	214 - 317
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	318 - 357
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	358 - 388
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	389 - 435
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	436 - 507

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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