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万見
- PDB-3eb7: Crystal Structure of Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1 from Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eb7
タイトルCrystal Structure of Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1 from Bacillus Thuringiensis at 2.2 Angstroms Resolution
要素Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1
キーワードTOXIN / Endotoxin / Cry8E / Bacillus Thuringiensis
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
: / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, C-terminal ...: / Cry1Ac, domain VII / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Delta-Endotoxin; domain 1 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Crystaline entomocidal protoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus Thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Guo, S. / Ye, S. / Song, F. / Zhang, J. / Wei, L. / Shu, C.L.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of Bacillus thuringiensis Cry8Ea1: An insecticidal toxin toxic to underground pests, the larvae of Holotrichia parallela.
著者: Guo, S. / Ye, S. / Liu, Y. / Wei, L. / Xue, J. / Wu, H. / Song, F. / Zhang, J. / Wu, X. / Huang, D. / Rao, Z.
履歴
登録2008年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2008年9月16日ID: 2QKG
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1
B: Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1
C: Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,31219
ポリマ－198,8863
非ポリマー1,42616
水19,8351101
1
A: Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5464
ポリマ－66,2951
非ポリマー2513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0279
ポリマ－66,2951
非ポリマー7318
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7396
ポリマ－66,2951
非ポリマー4435
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA, PQS
4
B: Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1
ヘテロ分子

B: Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,05418
ポリマ－132,5912
非ポリマー1,46316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5550 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area43380 Å2
手法PISA
5
A: Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1
C: Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,28510
ポリマ－132,5912
非ポリマー6948
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area42660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)407.282, 47.956, 103.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Insecticidal Delta-Endotoxin Cry8Ea1


分子量: 66295.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus Thuringiensis (バクテリア)
株: Bt185 / 遺伝子: cry8Ea1 / プラスミド: pSTK / 発現宿主: Bacillus Thuringiensis (バクテリア) / 株 (発現宿主): BtHD-73(Cry-) / 参照: UniProt: B3LEP7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS NOT AVAILABLE IN UNIPROT DATABASE AT THE TIME OF PROCESSING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→204.1 Å / Num. all: 101555 / Num. obs: 98915 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique all: 10105 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CIY

1ciy


解像度: 2.3→43.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.447 / SU ML: 0.158 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.349 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23009 8885 10 %RANDOM
Rwork0.16235 ---
all0.17103 80780 --
obs0.16913 79964 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.555 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.43 Å20 Å20.74 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3---1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14049 0 77 1101 15227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02214499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5751.95219722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.71651770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9123.657670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.285152354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9971591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.22157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211078
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.26799
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.29914
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.21055
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8561.58998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.454214286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.39936330
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6594.55433
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 559 -
Rwork0.197 5524 -
obs--93.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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