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万見
- PDB-3mwu: Activated Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Cryptosporidium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mwu
タイトルActivated Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Cryptosporidium parvum (CpCDPK1) in complex with bumped kinase inhibitor RM-1-95
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / calmodulin / bumped kinase inhibitor / BKI / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BK3 / Calmodulin-domain protein kinase 1, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)
引用
ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2010
タイトル: Discovery of Potent and Selective Inhibitors of Calcium-Dependent Protein Kinase 1 (CDPK1) from C. parvum and T. gondii.
著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N.R. / Verlinde, C.L. / White, A.C. / Merritt, E.A. / ...著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N.R. / Verlinde, C.L. / White, A.C. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Toxoplasma gondii calcium-dependent protein kinase 1 is a target for selective kinase inhibitors.
著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. ...著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. / Buckner, F.S. / Parsons, M. / Hol, W.G. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2010年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6866
ポリマ－56,1531
非ポリマー5335
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.020, 55.970, 82.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1


分子量: 56152.793 Da / 分子数: 1 / 断片: CpCDPK1
変異: N-terminal 69 residues replaced with His tag and linker
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: CDPK1, cgd3_920 / プラスミド: PET15MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A3FQ16, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-BK3 / 3-(naphthalen-1-ylmethyl)-1-(piperidin-4-ylmethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 372.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 27% PEG 3350, 0.27 M ammonium tartrate (pH 7.0), 6% PEG 400, 5 mM TCEP, 4 mM MgCl2, 2 mM CaCl2, 2 mM inhibitor, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9797
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月4日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→58.03 Å / Num. obs: 36138 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.71 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 11.1548
反射 シェル解像度: 1.98→2.1 Å / 冗長度: 3.67 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALACCP4_3.3.15データスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0106精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
REFMAC5.5位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3IGO, PROTEIN ONLY

3igo


解像度: 1.98→42.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU B: 8.394 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1808 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 36121 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20.78 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→42.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3607 0 32 125 3764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223763
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2181.9795074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8563.0026395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.585460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.22724.481183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23315720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5311525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02757
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.01142246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6014915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.25763639
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.70461517
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.549101428
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 76 -
Rwork0.266 1662 -
obs--99.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.53991.7032-0.92841.228-0.22171.70910.02250.03640.077-0.0418-0.03-0.1133-0.11610.04940.00750.080.0047-0.01520.04780.00820.042324.863511.7718.8932
24.6070.0160.59655.46941.66214.2080.06250.18930.0011-0.2456-0.0770.3567-0.0224-0.4010.01450.0051-0.0235-0.00580.1113-0.03250.0851.05645.40918.5952
33.6350.6955-0.77684.5247-2.78155.5213-0.0894-0.2023-0.12410.3229-0.4344-0.81440.1160.84840.52380.3258-0.0192-0.04610.21610.0650.180827.54353.048434.588
412.42931.52674.392816.7899-0.907617.9644-0.3367-2.08731.13012.3223-0.0899-1.1219-2.10180.50880.42660.62-0.0447-0.22940.7926-0.13650.496949.589917.415625.8256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 229
2X-RAY DIFFRACTION2A234 - 338
3X-RAY DIFFRACTION3A339 - 465
4X-RAY DIFFRACTION4A466 - 536

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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