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万見
- PDB-5b5r: Crystal structure of GSDMA3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b5r
タイトルCrystal structure of GSDMA3
要素Gasdermin-A3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / pyroptosis excutioner
機能・相同性
機能・相同性情報


sebaceous gland cell differentiation / avascular cornea development in camera-type eye / negative regulation of timing of anagen / hair cycle / wide pore channel activity / programmed cell death / mammary gland development / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / hair follicle morphogenesis ...sebaceous gland cell differentiation / avascular cornea development in camera-type eye / negative regulation of timing of anagen / hair cycle / wide pore channel activity / programmed cell death / mammary gland development / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / hair follicle morphogenesis / skin development / phosphatidylserine binding / pyroptotic inflammatory response / somatic stem cell population maintenance / hair follicle development / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / mitochondrial membrane / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gasdermin / Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.902 Å
データ登録者Ding, J. / Shao, F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Pore-forming activity and structural autoinhibition of the gasdermin family.
著者: Ding, J. / Wang, K. / Liu, W. / She, Y. / Sun, Q. / Shi, J. / Sun, H. / Wang, D.C. / Shao, F.
履歴
登録2016年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gasdermin-A3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8541
ポリマ－52,8541
非ポリマー00
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.453, 103.414, 49.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Gasdermin-A3 / Gasdermin-3


分子量: 52854.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsdma3, Gsdm3 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5Y4Y6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.16 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris (pH 6.5), 19% polyethylene glycol 3550, 10 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 44110 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.876 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.902→37.914 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.31
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 2210 5.01 %
Rwork0.1871 --
obs0.1893 44110 69.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.902→37.914 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3256 0 0 218 3474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8484476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0081273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003562
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9019-1.94320.3344510.2626976X-RAY DIFFRACTION26
1.9432-1.98840.3126640.25961240X-RAY DIFFRACTION32
1.9884-2.03810.2619740.251391X-RAY DIFFRACTION37
2.0381-2.09320.2568820.24421585X-RAY DIFFRACTION43
2.0932-2.15480.2785980.23531841X-RAY DIFFRACTION48
2.1548-2.22440.25361040.21951951X-RAY DIFFRACTION52
2.2244-2.30390.28221230.22222377X-RAY DIFFRACTION63
2.3039-2.39610.2481420.20622695X-RAY DIFFRACTION71
2.3961-2.50510.20361600.20492927X-RAY DIFFRACTION79
2.5051-2.63720.27651740.19423308X-RAY DIFFRACTION87
2.6372-2.80230.26041810.20393375X-RAY DIFFRACTION89
2.8023-3.01860.24661910.20043566X-RAY DIFFRACTION95
3.0186-3.32220.23082000.19393768X-RAY DIFFRACTION98
3.3222-3.80260.22541900.16423648X-RAY DIFFRACTION97
3.8026-4.78940.21171870.14843591X-RAY DIFFRACTION95
4.7894-37.92150.18351890.16713661X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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