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Yorodumi- PDB-4pkh: Complex of ADP-actin With the N-terminal Actin-Binding Domain of ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pkh | ||||||
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Title | Complex of ADP-actin With the N-terminal Actin-Binding Domain of Tropomodulin | ||||||
Components |
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Keywords | Contractile Protein/Actin-Binding Protein / Tmod / Actin Filament / Pointed-End Capping Protein / Tropomyosin / Contractile Protein / Actin-binding Protein / Contractile Protein-Actin-Binding Protein complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information pointed-end actin filament capping / lens fiber cell development / myofibril assembly / striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle ...pointed-end actin filament capping / lens fiber cell development / myofibril assembly / striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / actin cap / sequestering of actin monomers / regulation of podosome assembly / myosin II binding / negative regulation of viral entry into host cell / actin filament severing / actin filament capping / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / actin polymerization or depolymerization / cell projection assembly / cardiac muscle cell contraction / Striated Muscle Contraction / podosome / sarcoplasm / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / relaxation of cardiac muscle / cytoskeletal motor activator activity / phagocytosis, engulfment / cortical actin cytoskeleton / tropomyosin binding / cortical cytoskeleton / myofibril / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / hepatocyte apoptotic process / actin filament bundle / filamentous actin / actin filament bundle assembly / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / cilium assembly / actin monomer binding / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / skeletal muscle fiber development / phagocytic vesicle / stress fiber / titin binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / response to muscle stretch / actin filament polymerization / sarcomere / adult locomotory behavior / filopodium / muscle contraction / central nervous system development / actin filament organization / actin filament / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / protein destabilization / cellular response to type II interferon / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / cell body / actin binding / blood microparticle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / amyloid fibril formation / cytoskeleton / hydrolase activity / Amyloid fiber formation / protein domain specific binding / focal adhesion / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Oryctolagus cuniculus (rabbit) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Rao, J.N. / Dominguez, R. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Science / Year: 2014 Title: Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin. Authors: Rao, J.N. / Madasu, Y. / Dominguez, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4pkh.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4pkh.ent.gz | 988.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4pkh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/4pkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/4pkh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4pkgC 4pkiC 1eqyS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42096.953 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Oryctolagus cuniculus (rabbit) / Tissue: Skeletal Muscle / References: UniProt: P68135 #2: Protein | Mass: 20824.406 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: Gelsolin (UNP residues 12-136), GGSGGSGGS linker, Tmod1 Actin-binding site 1 (UNP residues 50-101) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GSN, TMOD1, D9S57E, TMOD / Plasmid: pTYB11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P06396, UniProt: P28289 #3: Chemical | ChemComp-ADP / #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.18 M sodium fluoride, 11% w/v PEG3350, 1% v/v PEG1000, 1% v/v PEG400 PH range: 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 1.0781 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Mar 6, 2013 |
Radiation | Monochromator: channel cut Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0781 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→46 Å / Num. obs: 138122 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 17.03 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.28 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1EQY Resolution: 2.15→44.9 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.48 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→44.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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