PDB-3upz: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3upz

タイトル

Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with bumpless BKI analog UW1243

要素

Calmodulin-domain protein kinase 1

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / serine/threonine protein kinase / calcium-binding / ATP-binding / bumped kinase inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Merritt, E.A. / Larson, E.T.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Multiple Determinants for Selective Inhibition of Apicomplexan Calcium-Dependent Protein Kinase CDPK1.
著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / ...

履歴

登録	2011年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3upz.cif.gz	200.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3upz.ent.gz	160.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3upz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3upz_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3upz_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	3upz_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	3upz_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sx9C 3sxfC 3t3uC 3t3vC 3upxC 3uqfC 3uqgC 3v51C 3v5pC 3v5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t6a-d 4wg3-d 4yjn-d 5t6k-d 3sx9-d 5w91-d 5t6i-d 3i7c-d 4mxa-d 5jms-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calmodulin-domain protein kinase 1

ヘテロ分子

55.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.270, 72.790, 67.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Calmodulin-domain protein kinase 1 / Calmodulin-domain protein kinase / putative 分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 1-29 were replaced with a cleavable His-tag plus linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: AAG53993, CDPK1, TGGT1_059880, TGVEG_042030 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-B5A / 1-(piperidin-4-ylmethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine 分子量: 232.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 24% PEG 3350, 0.250 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2.3 mM UW1243, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97945 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月16日

放射

モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97945 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→37.158 Å / Num. all: 22898 / Num. obs: 22898 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.2-2.32	3.7	0.498	1.3	11374	3116	0.498	93.6
2.32-2.46	4.1	0.41	1.8	13008	3178	0.41	100
2.46-2.63	4.1	0.31	2.4	12230	2990	0.31	100
2.63-2.84	4.1	0.21	3.4	11473	2794	0.21	100
2.84-3.11	4.1	0.129	5.6	10506	2554	0.129	100
3.11-3.48	4.1	0.076	9.3	9606	2341	0.076	100
3.48-4.02	4.1	0.053	12.6	8472	2060	0.053	100
4.02-4.92	4.1	0.039	16.8	7169	1744	0.039	100
4.92-6.96	4.1	0.055	10.6	5516	1356	0.055	100
6.96-37.158	3.9	0.022	26.7	3011	765	0.022	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→37.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / WR_factor R_free: 0.2442 / WR_factor R_work: 0.1809 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8375 / SU B: 15.016 / SU ML: 0.18 / SU R Cruickshank DPI: 0.3249 / SU R_free: 0.2353 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1171	5.1 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.1941	22879	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.42 Å² / B_iso mean: 53.7697 Å² / B_iso min: 22.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	1.49 Å²
2-	-	-1.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3659	0	17	65	3741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.02	3783
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.89	1.975	5096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.761	3.001	6414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.43	5	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.305	24.804	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.597	15	730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.082	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	752

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	79	-
R_work	0.293	1379	-
all	-	1458	-
obs	-	-	89.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7799	-1.0756	1.0516	4.3024	-0.7012	2.0029	-0.0905	-0.0385	0.1772	0.277	0.0575	-0.0019	-0.2876	-0.1138	0.033	0.1419	0.0075	-0.0199	0.086	-0.0184	0.0247	10.45	16.233	72.847
2	0.7988	0.0058	0.6679	1.2224	-0.6241	2.4886	0.0244	-0.0575	-0.0427	-0.0725	-0.0901	-0.1364	0.0967	0.1319	0.0657	0.0508	0.0068	-0.0108	0.0591	0.0124	0.0466	9.935	12.049	57.335
3	2.1643	0.0488	-0.1272	2.9163	0.6458	1.9583	0.079	0.1182	0.0324	-0.4094	-0.0662	-0.194	-0.0203	0.1578	-0.0128	0.0953	0.0208	0.0146	0.0705	0.0124	0.0218	8.541	22.198	42.144
4	0.337	-0.5458	-1.3546	1.8427	4.1187	22.2308	-0.0578	-0.0671	-0.1315	0.2145	0.0985	-0.058	-0.3054	-0.015	-0.0406	0.1019	0.0533	-0.024	0.1208	0.0377	0.14	24.323	34.039	68.202
5	4.5267	-2.5031	0.3357	7.8431	0.5505	4.973	0.0059	-0.0244	0.1364	-0.2091	0.1273	0.0831	-0.0032	-0.1563	-0.1332	0.3139	0.0434	-0.1104	0.1967	0.0083	0.1248	28.449	27.851	86.427
6	8.0024	-2.2079	-2.0231	2.5493	2.0069	3.702	-0.0267	-0.0009	0.2689	0.2207	0.1614	0.0793	-0.1496	0.153	-0.1347	0.1254	-0.004	0.0046	0.0764	0.0262	0.0913	31.03	37.383	54.644
7	12.635	25.9952	-0.8583	114.7056	-45.9558	31.9546	-0.2662	-0.1733	0.2039	-1.2691	-0.5834	-0.749	0.5103	0.1965	0.8496	0.038	0.015	0.0056	0.0672	-0.0073	0.027	17.5641	15.9609	61.7548

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	100 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	204 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	335 - 363
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	364 - 435
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	436 - 507
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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