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- PDB-3sk7: Crystal Structure of V. cholerae SeqA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sk7
タイトルCrystal Structure of V. cholerae SeqA
要素Protein SeqA
キーワードREPLICATION INHIBITOR / Sequestration / Negative regulator / DNA replication initiation / DNA binding
機能・相同性Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Chung, Y.S. / Guarne, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Investigating the aggregational property of SeqAvibrio in the absence of the oligomerization domain
著者: Chung, Y.S. / Guarne, A.
履歴
登録2011年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Atomic model
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SeqA
B: Protein SeqA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5712
ポリマ－26,5712
非ポリマー00
水4,288238
1
A: Protein SeqA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2851
ポリマ－13,2851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein SeqA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2851
ポリマ－13,2851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.008, 55.029, 135.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT NO QUATERNARY STRUCTURES WERE DETECTED.

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要素

#1: タンパク質 Protein SeqA


分子量: 13285.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: A5C_2175, seqA / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A3GNC8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X12C11
シンクロトロンNSLS X2521.1
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2010年4月30日Mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2010年11月9日Mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.11
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 35671 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 21.266
反射 シェル解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 4.403 / Rsym value: 0.462 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7_650) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3FMT

3fmt


解像度: 1.5→34.918 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.81 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2036 1797 5.04 %Random
Rwork0.1564 ---
obs0.1587 35671 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.972 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8822 Å20 Å2-0 Å2
2--3.0873 Å2-0 Å2
3----2.205 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.918 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1774 0 0 238 2012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011914
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0682598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.743745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.54060.21551220.15112604X-RAY DIFFRACTION99
1.5406-1.58590.21271460.15232526X-RAY DIFFRACTION99
1.5859-1.63710.19431360.14232558X-RAY DIFFRACTION99
1.6371-1.69560.20671220.13782579X-RAY DIFFRACTION100
1.6956-1.76350.1921330.13852539X-RAY DIFFRACTION100
1.7635-1.84370.20781320.13962607X-RAY DIFFRACTION100
1.8437-1.94090.19411660.14442588X-RAY DIFFRACTION100
1.9409-2.06250.2051520.14652570X-RAY DIFFRACTION100
2.0625-2.22170.18841530.14642596X-RAY DIFFRACTION100
2.2217-2.44530.17231450.14272585X-RAY DIFFRACTION100
2.4453-2.7990.22591260.15282648X-RAY DIFFRACTION100
2.799-3.52590.21611310.16872687X-RAY DIFFRACTION100
3.5259-34.92730.21131330.17852787X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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