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万見
- PDB-5nm0: Nb36 Ser85Cys with Hg, crystal form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nm0
タイトルNb36 Ser85Cys with Hg, crystal form 1
要素Nb36
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig domain llama single domain antibody nanobody Hg derivative
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hansen, S.B. / Andersen, K.R. / Laursen, N.S. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
The Danish Research Council for Independent ResearchDanscatt デンマーク
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Introducing site-specific cysteines into nanobodies for mercury labelling allows de novo phasing of their crystal structures.
著者: Hansen, S.B. / Laursen, N.S. / Andersen, G.R. / Andersen, K.R.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nb36
B: Nb36
C: Nb36
D: Nb36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7786
ポリマ－54,3774
非ポリマー4012
水6,828379
1
A: Nb36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7952
ポリマ－13,5941
非ポリマー2011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6260 Å2
手法PISA
2
B: Nb36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7952
ポリマ－13,5941
非ポリマー2011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6260 Å2
手法PISA
3
C: Nb36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5941
ポリマ－13,5941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5910 Å2
手法PISA
4
D: Nb36


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5941
ポリマ－13,5941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.610, 93.070, 142.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 22 or resid 24...
21(chain B and (resid 3 through 22 or resid 24...
31(chain C and (resid 3 through 22 or resid 24 through 95 or resid 97 through 118))
41(chain D and (resid 3 through 22 or resid 24...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALSERSER(chain A and (resid 3 through 22 or resid 24...AA3 - 223 - 22
12VALVALPHEPHE(chain A and (resid 3 through 22 or resid 24...AA24 - 9524 - 95
13ASNASNTHRTHR(chain A and (resid 3 through 22 or resid 24...AA97 - 10297 - 102
14VALVALSERSER(chain A and (resid 3 through 22 or resid 24...AA108 - 118108 - 118
21VALVALSERSER(chain B and (resid 3 through 22 or resid 24...BB3 - 223 - 22
22VALVALPHEPHE(chain B and (resid 3 through 22 or resid 24...BB24 - 9524 - 95
23ASNASNTHRTHR(chain B and (resid 3 through 22 or resid 24...BB97 - 10297 - 102
24VALVALSERSER(chain B and (resid 3 through 22 or resid 24...BB108 - 118108 - 118
31VALVALSERSER(chain C and (resid 3 through 22 or resid 24 through 95 or resid 97 through 118))CC3 - 223 - 22
32VALVALPHEPHE(chain C and (resid 3 through 22 or resid 24 through 95 or resid 97 through 118))CC24 - 9524 - 95
33ASNASNSERSER(chain C and (resid 3 through 22 or resid 24 through 95 or resid 97 through 118))CC97 - 11897 - 118
41VALVALSERSER(chain D and (resid 3 through 22 or resid 24...DD3 - 223 - 22
42VALVALPHEPHE(chain D and (resid 3 through 22 or resid 24...DD24 - 9524 - 95
43ASNASNTHRTHR(chain D and (resid 3 through 22 or resid 24...DD97 - 10297 - 102
44VALVALSERSER(chain D and (resid 3 through 22 or resid 24...DD108 - 118108 - 118

-
要素

#1: 抗体
Nb36


分子量: 13594.275 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M Citric acid, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→71.255 Å / Num. obs: 153776 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.39 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 12.59
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.543.321.0751.06113320.451.2999.5
1.54-1.583.50.7881.51108540.630.93999.6
1.58-1.633.50.6331.97108540.750.7599.6
1.63-1.683.430.4872.51104770.830.57699.6
1.68-1.733.310.3653.3101950.890.4399.7
1.73-1.793.20.264.498930.930.3199.6
1.79-1.863.550.1885.894410.960.2399.5
1.86-1.943.550.1438.291480.9810.16899.5
1.94-2.023.520.10311.187280.9880.12299.5
2.02-2.123.480.08413.483840.9910.09999.5
2.12-2.233.380.06516.679690.9940.07799.4
2.23-2.373.140.05717.974710.9950.06899
2.37-2.533.570.04822.470580.9970.05799.4
2.53-2.743.510.04225.465780.9970.04999.2
2.74-33.40.03628.860300.9980.04399
3-3.353.10.03130.654190.9980.03898.3
3.35-3.873.470.02736.448240.9980.03299.2
3.87-4.743.50.02538.440670.9990.02999.4
4.74-6.73.160.02536.330930.9980.0398.1
6.7-71.2553.560.02440.317090.9990.02897.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→71.255 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.18
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2113 2018 2.49 %in resolution shells
Rwork0.1886 ---
obs0.1892 81007 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.34 Å2 / Biso mean: 34.5866 Å2 / Biso min: 10.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→71.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3459 0 2 379 3840
Biso mean--38.53 37.28 -
残基数----462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7814811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5542123
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2498X-RAY DIFFRACTION7.522TORSIONAL
12B2498X-RAY DIFFRACTION7.522TORSIONAL
13C2498X-RAY DIFFRACTION7.522TORSIONAL
14D2498X-RAY DIFFRACTION7.522TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.53750.291010.309755505651
1.5375-1.57910.31092020.27755355737
1.5791-1.62560.26121010.245756125713
1.6256-1.6780.26432020.221255055707
1.678-1.7380.25981010.202356245725
1.738-1.80760.21321010.190956545755
1.8076-1.88990.21072020.180555515753
1.8899-1.98950.18481010.188756485749
1.9895-2.11420.18942020.179955625764
2.1142-2.27740.20521010.17656575758
2.2774-2.50660.20482010.181456345835
2.5066-2.86940.21291010.189357315832
2.8694-3.61510.22371010.187257765877
3.6151-71.33550.20042010.178559506151
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18720.2416-0.42911.63420.29421.7385-0.0434-0.05450.01-0.01820.0421-0.012-0.18990.0777-0.00030.173-0.0084-0.0260.1766-0.00190.17826.188747.4452101.0159
20.4646-0.09130.10352.39830.4091.7788-0.0287-0.0629-0.0211-0.0672-0.00750.05110.0371-0.0582-0.00360.0810.0024-0.00120.14170.00310.1569-3.9027-19.470898.3425
31.4774-0.34210.88511.24860.44262.08330.01730.0326-0.119-0.0208-0.01750.07560.071-0.1747-00.134-0.00720.00160.2013-0.00510.1646-2.7726.78383.3553
41.0811-0.153-0.52531.9667-0.91312.3692-0.0052-0.05050.055-0.2679-0.074-0.1635-0.04590.0866-0.01760.2314-0.01210.02270.16120.00210.17257.05962.990282.6921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA3 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB2 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC3 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD3 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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